PDB-7qjs: Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida fusca YX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjs

タイトル

Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida fusca YX (705)

要素

Cutinase 2

キーワード

HYDROLASE / plastic degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase activity / cutinase / periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca YX (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.429 Å

データ登録者

Zahn, M. / Shakespeare, T.J. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qjs.cif.gz	340.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qjs.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qjs_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qjs_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7qjs_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	7qjs_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjmC 7qjnC 7qjoC 7qjpC 7qjqC 7qjrC 7qjtC 5zoaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cutinase 2

B: Cutinase 2

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cutinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cutinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.164, 150.212, 43.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.509, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 263 / Label seq-ID: 2 - 264

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cutinase 2 分子量: 29630.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア) 遺伝子: cut2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9LVH9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M Cesium Chloride, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (v/v) Jeffamine M-600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.429→75.106 Å / Num. obs: 57020 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.429→1.582 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2851 / CC_1/2: 0.567 / R_pim(I) all: 0.493 / % possible all: 55.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5zoa

5zoa

解像度: 1.429→75.106 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.503 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	2826	4.953 %
R_work	0.1817	54231	-
all	0.183	-	-
obs	-	57020	64.38 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	0 Å²	0.019 Å²
2-	-	-0.281 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.429→75.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3982	0	29	372	4383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.651	5619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.539	1.575	8790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.319	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.253	20.455	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.169	15	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.672	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.191	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.173	1.395	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.166	1.393	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.827	2.08	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.828	2.081	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.551	1.59	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.551	1.591	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.417	2.303	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.417	2.305	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.323	17.443	4812
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.184	17.124	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.07	0.05	8994

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07005	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07005	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.429-1.447	0.37	7	0.275	113	X-RAY DIFFRACTION	1.8121
1.447-1.486	0.307	23	0.261	359	X-RAY DIFFRACTION	6.0799
1.486-1.529	0.281	52	0.261	782	X-RAY DIFFRACTION	13.4516
1.529-1.576	0.294	66	0.266	1304	X-RAY DIFFRACTION	22.6185
1.576-1.628	0.308	101	0.256	2110	X-RAY DIFFRACTION	38.0551
1.628-1.685	0.247	141	0.24	2755	X-RAY DIFFRACTION	51.2476
1.685-1.749	0.245	205	0.236	3634	X-RAY DIFFRACTION	70.247
1.749-1.82	0.258	252	0.232	4491	X-RAY DIFFRACTION	90.3601
1.82-1.901	0.24	266	0.209	4637	X-RAY DIFFRACTION	97.3011
1.901-1.994	0.212	216	0.181	4483	X-RAY DIFFRACTION	97.794
1.994-2.101	0.193	207	0.17	4252	X-RAY DIFFRACTION	98.0862
2.101-2.229	0.185	202	0.166	4085	X-RAY DIFFRACTION	98.3482
2.229-2.383	0.209	189	0.16	3815	X-RAY DIFFRACTION	98.4752
2.383-2.573	0.19	188	0.165	3574	X-RAY DIFFRACTION	98.9479
2.573-2.819	0.216	141	0.163	3296	X-RAY DIFFRACTION	99.0205
2.819-3.151	0.196	184	0.17	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.0177
3.151-3.637	0.203	134	0.173	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.5742
3.637-4.452	0.223	120	0.156	2218	X-RAY DIFFRACTION	99.4894
4.452-6.285	0.234	80	0.197	1742	X-RAY DIFFRACTION	99.6173
6.285-75.106	0.211	52	0.205	967	X-RAY DIFFRACTION	99.5117

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1648	0.0678	-0.0011	0.236	0.0822	0.2861	-0.0069	-0.0138	-0.0178	-0.0063	0.0019	-0.0198	0.0083	-0.0146	0.005	0.0027	-0.003	0.0018	0.0065	-0.0003	0.0031	15.1345	8.5054	20.6596
2	0.0978	0.1546	-0.0385	0.4112	-0.1643	0.3858	0.0072	-0.0108	0.0051	0.0069	0.0059	0.0328	-0.0323	0.0222	-0.0131	0.004	-0.0047	-0.0007	0.0077	0.0033	0.004	20.5697	42.6545	-0.8351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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