PDB-7qjr: Crystal structure of cutinase 1 from Thermobifida fusca DSM44342 (703)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjr

タイトル

Crystal structure of cutinase 1 from Thermobifida fusca DSM44342 (703)

要素

Cutinase 1

キーワード

HYDROLASE / plastic degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Zahn, M. / Avilan, L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qjr.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qjr.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qjr_validation.pdf.gz	674 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qjr_full_validation.pdf.gz	674 KB	表示
XML形式データ	7qjr_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	7qjr_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjmC 7qjnC 7qjoC 7qjpC 7qjqC 7qjsC 7qjtC 4cg1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cutinase 1

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.680, 71.680, 102.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cutinase 1 分子量: 29601.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 遺伝子: cut1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9LVI0
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 % PEG 3350, 0.02 M sodium / potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→62.08 Å / Num. obs: 48462 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / R_merge(I) obs: 3.682 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2368 / CC_1/2: 0.35 / R_pim(I) all: 0.852 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CG1

4cg1

解像度: 1.51→62.077 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 3.084 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	2307	4.765 %
R_work	0.1542	46109	-
all	0.156	-	-
obs	-	48416	99.996 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.041 Å²	0.021 Å²	0 Å²
2-	-	0.041 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→62.077 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2018	0	10	222	2250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.044	1.648	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.614	1.571	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.651	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.004	20.455	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.068	15	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.457	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.617	2.045	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.608	2.041	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.431	3.062	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.43	3.065	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.625	2.346	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.627	2.35	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.943	3.402	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.941	3.405	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.624	25.612	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.516	24.891	2329

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.51-1.549	0.308	156	0.299	3358	0.3	3514	0.711	0.737	100	0.297
1.549-1.592	0.262	178	0.272	3271	0.271	3449	0.811	0.803	100	0.264
1.592-1.638	0.267	164	0.25	3175	0.251	3339	0.845	0.845	100	0.235
1.638-1.688	0.27	189	0.234	3091	0.236	3280	0.851	0.877	100	0.214
1.688-1.744	0.208	127	0.204	3024	0.204	3151	0.92	0.919	100	0.178
1.744-1.805	0.233	117	0.189	2954	0.191	3071	0.922	0.928	100	0.163
1.805-1.873	0.197	165	0.161	2807	0.162	2972	0.939	0.952	100	0.135
1.873-1.949	0.177	138	0.157	2678	0.158	2816	0.955	0.957	100	0.13
1.949-2.036	0.192	133	0.149	2624	0.151	2757	0.953	0.963	100	0.124
2.036-2.135	0.184	134	0.141	2492	0.143	2626	0.958	0.969	100	0.12
2.135-2.25	0.152	111	0.133	2374	0.134	2485	0.969	0.973	100	0.115
2.25-2.387	0.223	116	0.139	2255	0.143	2371	0.956	0.971	100	0.123
2.387-2.551	0.235	105	0.151	2152	0.155	2257	0.947	0.966	100	0.138
2.551-2.755	0.227	81	0.153	1987	0.156	2068	0.95	0.966	100	0.144
2.755-3.018	0.163	96	0.161	1824	0.161	1920	0.962	0.962	100	0.154
3.018-3.373	0.187	81	0.15	1677	0.152	1758	0.964	0.971	100	0.15
3.373-3.893	0.138	89	0.137	1466	0.137	1555	0.982	0.979	100	0.147
3.893-4.763	0.137	58	0.116	1282	0.117	1340	0.983	0.985	100	0.133
4.763-6.716	0.208	40	0.148	1014	0.15	1054	0.957	0.979	100	0.171
6.716-62.077	0.169	29	0.145	604	0.146	635	0.977	0.98	99.685	0.173

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -21.8316 Å / Origin y: -10.8902 Å / Origin z: -13.2095 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0409 Å²	0.0219 Å²	-0.0119 Å²	-	0.0184 Å²	0.002 Å²	-	-	0.0187 Å²
L	0.2219 °²	-0.1699 °²	0.2782 °²	-	0.4891 °²	-0.2871 °²	-	-	0.613 °²
S	-0.0366 Å °	-0.0132 Å °	-0.0088 Å °	-0.0003 Å °	-0.0167 Å °	-0.0068 Å °	-0.0614 Å °	0.0153 Å °	0.0533 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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