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- PDB-7qjr: Crystal structure of cutinase 1 from Thermobifida fusca DSM44342 (703) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qjr | ||||||
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Title | Crystal structure of cutinase 1 from Thermobifida fusca DSM44342 (703) | ||||||
![]() | Cutinase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / plastic degradation | ||||||
Function / homology | ![]() poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase activity / cutinase / carboxylic ester hydrolase activity / periplasmic space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zahn, M. / Avilan, L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity Authors: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / ...Authors: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, T.J. / Zahn, M. / Boyd, E.S. / Payne, C.M. / DuBois, J.L. / Pickford, A.R. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 191.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 148.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 674 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 674 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qjmC ![]() 7qjnC ![]() 7qjoC ![]() 7qjpC ![]() 7qjqC ![]() 7qjsC ![]() 7qjtC ![]() 4cg1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29601.182 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-PG4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20 % PEG 3350, 0.02 M sodium / potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.51→62.08 Å / Num. obs: 48462 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 3.682 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2368 / CC1/2: 0.35 / Rpim(I) all: 0.852 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4CG1 Resolution: 1.51→62.077 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 3.084 / SU ML: 0.052 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.063 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.381 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→62.077 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -21.8316 Å / Origin y: -10.8902 Å / Origin z: -13.2095 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |