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万見
- PDB-7qjn: Crystal structure of an alpha/beta-hydrolase enzyme from Candidat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qjn
タイトルCrystal structure of an alpha/beta-hydrolase enzyme from Candidatus Kryptobacter tengchongensis (306)
要素Dienelactone hydrolase
キーワードHYDROLASE / plastic degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Dienelactone hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Kryptobacter tengchongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.885 Å
データ登録者Zahn, M. / Gill, R.S. / Erickson, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)Research England E3 funding 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, T.J. / Zahn, M. / Boyd, E.S. / Payne, C.M. / DuBois, J.L. / Pickford, A.R. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dienelactone hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4214
ポリマ－33,1361
非ポリマー2853
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.92, 74.92, 116.515
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-466-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dienelactone hydrolase / alpha/beta-hydrolase


分子量: 33135.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: alpha/beta-hydrolase
由来: (組換発現) Candidatus Kryptobacter tengchongensis (バクテリア)
遺伝子: JGI24_00892 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A656D8B6
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate / potassium phosphate dibasic pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→64.88 Å / Num. obs: 14490 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 17.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.89→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.465

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 1.885→56.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.347 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 663 -RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.2065 14489 46.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8228 Å20 Å20 Å2
2--5.8228 Å20 Å2
3----11.6457 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.885→56.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 15 108 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082276HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.973074HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d792SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes380HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2276HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion297SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1918SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.54
LS精密化 シェル解像度: 1.89→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3943 18 -
Rwork0.2943 --
obs0.2984 440 6.44 %
精密化 TLSOrigin x: -3.9748 Å / Origin y: -32.1109 Å / Origin z: -11.6147 Å
111213212223313233
T-0.0145 Å20.0619 Å20.0532 Å2-0.0201 Å20.0388 Å2---0.2231 Å2
L1.3011 °2-0.1688 °20.8619 °2-1.3716 °20.7122 °2--3.758 °2
S0.1443 Å °-0.132 Å °0.2076 Å °-0.132 Å °-0.2163 Å °0.3402 Å °0.2076 Å °0.3402 Å °0.072 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 283
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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