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- PDB-7qjt: Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida cellulos... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qjt | ||||||
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Title | Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida cellulosilytica TB100 (711) | ||||||
![]() | cutinase (711) | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zahn, M. / Shakespeare, T.J. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity Authors: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / ...Authors: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, T.J. / Zahn, M. / Boyd, E.S. / Payne, C.M. / DuBois, J.L. / Pickford, A.R. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 185.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qjmC ![]() 7qjnC ![]() 7qjoC ![]() 7qjpC ![]() 7qjqC ![]() 7qjrC ![]() 7qjsC ![]() 5zoaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 29146.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-PG4 / ![]() | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.66 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.777→77.285 Å / Num. obs: 17061 / % possible obs: 87.1 % / Redundancy: 26.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.639 / Rpim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.777→1.965 Å / Redundancy: 22 % / Rmerge(I) obs: 3.127 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 855 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.65 / % possible all: 64.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5zoa Resolution: 1.78→77.285 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 8.471 / SU ML: 0.132 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.19 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.271 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→77.285 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -2.8901 Å / Origin y: 26.549 Å / Origin z: -5.7805 Å
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Refinement TLS group |
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