PDB-7qjq: Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida fusca NT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjq

タイトル

Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida fusca NTU22 (702)

要素

Acetylxylan esterase

アセチルキシランエステラーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / plastic degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase /

cutinase activity /

クチナーゼ /

carboxylic ester hydrolase activity /

ペリプラズム / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Zahn, M. / Gill, R.S. / Avilan, L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qjq.cif.gz	612.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qjq.ent.gz	504.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjmC 7qjnC 7qjoC 7qjpC 7qjrC 7qjsC 7qjtC 5zoaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acetylxylan esterase

B: Acetylxylan esterase

C: Acetylxylan esterase

D: Acetylxylan esterase

E: Acetylxylan esterase

F: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

178 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Acetylxylan esterase

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Acetylxylan esterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.346, 79.753, 120.133
Angle α, β, γ (deg.)	86.280, 87.940, 89.500
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	2 - 263	3 - 264
2	1	LEU	LEU	B	B	2 - 263	3 - 264
1	2	PHE	PHE	A	A	2 - 262	3 - 263
2	2	PHE	PHE	C	C	2 - 262	3 - 263
1	3	PHE	PHE	A	A	2 - 262	3 - 263
2	3	PHE	PHE	D	D	2 - 262	3 - 263
1	4	PHE	PHE	A	A	2 - 262	3 - 263
2	4	PHE	PHE	E	E	2 - 262	3 - 263
1	5	PRO	PRO	A	A	2 - 261	3 - 262
2	5	PRO	PRO	F	F	2 - 261	3 - 262
1	6	LEU	LEU	B	B	1 - 263	2 - 264
2	6	LEU	LEU	C	C	1 - 263	2 - 264
1	7	PRO	PRO	B	B	1 - 261	2 - 262
2	7	PRO	PRO	D	D	1 - 261	2 - 262
1	8	PRO	PRO	B	B	1 - 261	2 - 262
2	8	PRO	PRO	E	E	1 - 261	2 - 262
1	9	PHE	PHE	B	B	1 - 262	2 - 263
2	9	PHE	PHE	F	F	1 - 262	2 - 263
1	10	PHE	PHE	C	C	1 - 262	2 - 263
2	10	PHE	PHE	D	D	1 - 262	2 - 263
1	11	PHE	PHE	C	C	1 - 262	2 - 263
2	11	PHE	PHE	E	E	1 - 262	2 - 263
1	12	PHE	PHE	C	C	1 - 262	2 - 263
2	12	PHE	PHE	F	F	1 - 262	2 - 263
1	13	PHE	PHE	D	D	1 - 262	2 - 263
2	13	PHE	PHE	E	E	1 - 262	2 - 263
1	14	PHE	PHE	D	D	1 - 262	2 - 263
2	14	PHE	PHE	F	F	1 - 262	2 - 263
1	15	PHE	PHE	E	E	1 - 262	2 - 263
2	15	PHE	PHE	F	F	1 - 262	2 - 263

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Acetylxylan esterase / アセチルキシランエステラーゼ分子量: 29548.064 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E0Z5H1
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.637→119.804 Å / Num. obs: 140392 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.637→1.748 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7020 / CC_1/2: 0.567 / R_pim(I) all: 0.481 / % possible all: 53.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5zoa

5zoa

解像度: 1.64→119.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.879 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1991	6780	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1652	-	-	-
obs	0.1668	133556	76.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.54 Å² / B_iso mean: 20.544 Å² / B_iso min: 1.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	-0.05 Å²	0.03 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.64→119.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11924	0	42	1515	13481
B_iso mean	-	-	49.99	31.69	-
残基数	-	-	-	-	1561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	12383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	11422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.645	16927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.483	1.57	26365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.19	21.087	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.925	15	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.874	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	14149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2873

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8836	0.07
1	2	B	8836	0.07
2	1	A	8903	0.06
2	2	C	8903	0.06
3	1	A	8833	0.07
3	2	D	8833	0.07
4	1	A	8855	0.06
4	2	E	8855	0.06
5	1	A	8777	0.07
5	2	F	8777	0.07
6	1	B	8757	0.07
6	2	C	8757	0.07
7	1	B	8960	0.04
7	2	D	8960	0.04
8	1	B	8921	0.05
8	2	E	8921	0.05
9	1	B	8755	0.07
9	2	F	8755	0.07
10	1	C	8776	0.08
10	2	D	8776	0.08
11	1	C	8774	0.08
11	2	E	8774	0.08
12	1	C	8763	0.07
12	2	F	8763	0.07
13	1	D	9006	0.06
13	2	E	9006	0.06
14	1	D	8764	0.07
14	2	F	8764	0.07
15	1	E	8826	0.06
15	2	F	8826	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.683 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	81	-
R_work	0.26	1424	-
all	-	1505	-
obs	-	-	11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1647	-0.1304	-0.0419	0.3188	-0.0465	0.4088	0.0323	-0.0417	-0.0188	-0.043	-0.0198	0.0257	0.0038	0.0482	-0.0125	0.0117	-0.0008	-0.0077	0.0266	-0.0039	0.0382	0.0846	-0.2966	-0.2708
2	0.1126	0.0031	-0.0147	0.4664	0.0078	0.321	0.0217	0.0087	0.0171	0.0246	-0.0374	-0.0043	-0.0153	-0.0149	0.0157	0.0166	0.001	0.0063	0.0046	-0.0027	0.0509	-12.2703	37.3602	10.549
3	0.124	0.2084	-0.0185	0.4075	0.1289	0.5383	0.0273	0.0185	0.0113	0.0462	0.0084	-0.0043	0.0269	-0.0514	-0.0357	0.0127	0.0089	0.0028	0.0184	0.0114	0.046	-28.3315	39.5255	-26.9003
4	0.0513	-0.0449	-0.1349	0.4523	-0.0843	0.7556	0.0162	0.0212	-0.0184	0.0181	-0.0585	0.0397	-0.0614	0.0366	0.0423	0.0086	0.0017	-0.0083	0.0317	-0.0034	0.0268	-16.0716	-2.6828	-37.7414
5	0.264	0.0295	0.1804	0.2941	-0.1989	0.5014	0.0461	-0.0219	-0.0351	-0.0427	-0.0122	0.0082	0.0287	-0.0144	-0.0339	0.0256	0.0061	-0.014	0.0207	-0.0053	0.03	-43.3355	48.2072	-64.5142
6	0.6709	0.0009	0.9164	0.1063	0.0857	1.3191	0.1443	-0.1393	-0.0644	-0.0431	-0.0126	-0.0715	0.1449	-0.2077	-0.1317	0.0471	-0.0271	0.0137	0.0621	0.0378	0.0564	-28.6393	80.0254	-83.0245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 301

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)