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- PDB-7qjp: Crystal structure of a cutinase enzyme from Saccharopolyspora fla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qjp
タイトルCrystal structure of a cutinase enzyme from Saccharopolyspora flava (611)
要素Cutinase
キーワードHYDROLASE / plastic degradation
機能・相同性Cutinase / PET hydrolase-like / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Cutinase
機能・相同性情報
生物種Saccharopolyspora flava (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.561 Å
データ登録者Zahn, M. / Avilan, L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
UK Research and Innovation (UKRI)Research England E3 funding 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, T.J. / Zahn, M. / Boyd, E.S. / Payne, C.M. / DuBois, J.L. / Pickford, A.R. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3112
ポリマ-29,1171
非ポリマー1941
5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.336, 89.336, 74.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-649-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cutinase


分子量: 29117.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora flava (バクテリア)
遺伝子: SAMN05660874_00127 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I6NU60
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8153 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8153 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.561→77.367 Å / Num. obs: 40562 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 17.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.561→1.652 Å / Rmerge(I) obs: 2.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2028 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.548

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jfr
解像度: 1.561→77.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.911 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1653 1981 4.884 %
Rwork0.1406 38581 -
all0.142 --
obs-40562 82.749 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.013 Å20.007 Å20 Å2
2--0.013 Å2-0 Å2
3----0.043 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.561→77.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 13 314 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0132039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0131.6532795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6171.5774253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8045266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09223.81497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.03615297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.956158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1810.21774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.5550.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2770.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.471037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1181.4681036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7612.21297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7682.2011298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8861.6521002
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8851.6561003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7382.4111493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7372.4131494
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.87719.9762333
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.57618.4912238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.561-1.6020.248340.2585090.25835690.8320.83115.21430.253
1.602-1.6450.271620.24511710.24634820.8560.85535.41070.235
1.645-1.6930.227940.22517190.22534150.870.87853.08930.211
1.693-1.7450.2311100.20820930.20932900.8990.89866.96050.189
1.745-1.8020.248870.20526600.20632070.8930.91385.65640.18
1.802-1.8660.1951580.18729610.18831510.9290.93398.98450.161
1.866-1.9360.191600.16828210.1729810.9480.9461000.142
1.936-2.0150.1711210.14927420.1528630.9560.9631000.126
2.015-2.1050.1661450.13926280.1427730.9630.9681000.118
2.105-2.2070.1691590.13324980.13526570.9660.9711000.114
2.207-2.3260.1521230.12324070.12525300.9710.9761000.107
2.326-2.4670.175890.12723160.12824050.9610.9741000.11
2.467-2.6380.1661130.12121460.12322590.9730.9761000.108
2.638-2.8490.171290.13419820.13621110.9670.9751000.124
2.849-3.120.168930.1318560.13219490.970.9781000.123
3.12-3.4880.17770.1416830.14217600.9690.9761000.136
3.488-4.0260.127880.11914910.1215790.9840.9841000.123
4.026-4.9270.107560.10612910.10613470.9880.9881000.116
4.927-6.9540.224470.15710120.1610590.9630.9731000.166
6.954-77.3670.152360.1715950.176310.9770.9681000.192
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.815 Å / Origin y: 38.3597 Å / Origin z: -18.4699 Å
111213212223313233
T0.0146 Å20.0088 Å20.0029 Å2-0.0096 Å2-0.0009 Å2--0.0038 Å2
L1.4783 °2-0.2585 °2-0.3487 °2-1.267 °20.12 °2--1.1105 °2
S-0.0279 Å °-0.0076 Å °-0.0521 Å °-0.0524 Å °-0.0019 Å °-0.0278 Å °0.0895 Å °0.0315 Å °0.0298 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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