PDB-7qjp: Crystal structure of a cutinase enzyme from Saccharopolyspora fla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjp

タイトル

Crystal structure of a cutinase enzyme from Saccharopolyspora flava (611)

要素

Cutinase

キーワード

HYDROLASE / plastic degradation

機能・相同性

Cutinase / PET hydrolase-like / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Cutinase

機能・相同性情報

生物種

Saccharopolyspora flava (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.561 Å

データ登録者

Zahn, M. / Avilan, L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2024年4月24日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qjp.cif.gz	190.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qjp.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qjp_validation.pdf.gz	654.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qjp_full_validation.pdf.gz	654.6 KB	表示
XML形式データ	7qjp_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	7qjp_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjmC 7qjnC 7qjoC 7qjqC 7qjrC 7qjsC 7qjtC 1jfrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cutinase

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.336, 89.336, 74.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-649- HOH

#1: タンパク質	Cutinase 分子量: 29117.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora flava (バクテリア) 遺伝子: SAMN05660874_00127 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I6NU60
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8153 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8153 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.561→77.367 Å / Num. obs: 40562 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 17.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.561→1.652 Å / R_merge(I) obs: 2.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2028 / CC_1/2: 0.632 / R_pim(I) all: 0.548

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1jfr

1jfr

解像度: 1.561→77.367 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.911 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1653	1981	4.884 %
R_work	0.1406	38581	-
all	0.142	-	-
obs	-	40562	82.749 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	0.007 Å²	0 Å²
2-	-	0.013 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.561→77.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1949	0	13	314	2276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.013	1.653	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.617	1.577	4253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.804	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.092	23.814	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.036	15	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.956	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	941
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.555	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.277	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.17	1.47	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.118	1.468	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.761	2.2	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.768	2.201	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.886	1.652	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.885	1.656	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.738	2.411	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.737	2.413	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.877	19.976	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.576	18.491	2238

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.561-1.602	0.248	34	0.258	509	0.258	3569	0.832	0.831	15.2143	0.253
1.602-1.645	0.271	62	0.245	1171	0.246	3482	0.856	0.855	35.4107	0.235
1.645-1.693	0.227	94	0.225	1719	0.225	3415	0.87	0.878	53.0893	0.211
1.693-1.745	0.231	110	0.208	2093	0.209	3290	0.899	0.898	66.9605	0.189
1.745-1.802	0.248	87	0.205	2660	0.206	3207	0.893	0.913	85.6564	0.18
1.802-1.866	0.195	158	0.187	2961	0.188	3151	0.929	0.933	98.9845	0.161
1.866-1.936	0.19	160	0.168	2821	0.17	2981	0.948	0.946	100	0.142
1.936-2.015	0.171	121	0.149	2742	0.15	2863	0.956	0.963	100	0.126
2.015-2.105	0.166	145	0.139	2628	0.14	2773	0.963	0.968	100	0.118
2.105-2.207	0.169	159	0.133	2498	0.135	2657	0.966	0.971	100	0.114
2.207-2.326	0.152	123	0.123	2407	0.125	2530	0.971	0.976	100	0.107
2.326-2.467	0.175	89	0.127	2316	0.128	2405	0.961	0.974	100	0.11
2.467-2.638	0.166	113	0.121	2146	0.123	2259	0.973	0.976	100	0.108
2.638-2.849	0.17	129	0.134	1982	0.136	2111	0.967	0.975	100	0.124
2.849-3.12	0.168	93	0.13	1856	0.132	1949	0.97	0.978	100	0.123
3.12-3.488	0.17	77	0.14	1683	0.142	1760	0.969	0.976	100	0.136
3.488-4.026	0.127	88	0.119	1491	0.12	1579	0.984	0.984	100	0.123
4.026-4.927	0.107	56	0.106	1291	0.106	1347	0.988	0.988	100	0.116
4.927-6.954	0.224	47	0.157	1012	0.16	1059	0.963	0.973	100	0.166
6.954-77.367	0.152	36	0.171	595	0.17	631	0.977	0.968	100	0.192

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.815 Å / Origin y: 38.3597 Å / Origin z: -18.4699 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0146 Å²	0.0088 Å²	0.0029 Å²	-	0.0096 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.0038 Å²
L	1.4783 °²	-0.2585 °²	-0.3487 °²	-	1.267 °²	0.12 °²	-	-	1.1105 °²
S	-0.0279 Å °	-0.0076 Å °	-0.0521 Å °	-0.0524 Å °	-0.0019 Å °	-0.0278 Å °	0.0895 Å °	0.0315 Å °	0.0298 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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