PDB-7qjo: Crystal structure of a cutinase enzyme from Marinactinospora ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjo

タイトル

Crystal structure of a cutinase enzyme from Marinactinospora thermotolerans DSM45154 (606)

要素

Cutinase

キーワード

HYDROLASE / plastic degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.933 Å

データ登録者

Zahn, M. / Shakespeare, T.J. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qjo.cif.gz	344.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qjo.ent.gz	275.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjmC 7qjnC 7qjpC 7qjqC 7qjrC 7qjsC 7qjtC 4wfjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Cutinase

A: Cutinase

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Cutinase

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cutinase

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.966, 45.354, 86.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.193, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 1 - 262 / Label seq-ID: 2 - 263

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	B	A
2	2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cutinase 分子量: 29914.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 遺伝子: SAMN02745673_00423 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1T4KK94
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5, 70% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.933→82.269 Å / Num. obs: 29683 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.253 / R_pim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 1.933→2.097 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.343 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1485 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.555 / % possible all: 52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WFJ

4wfj

解像度: 1.933→82.269 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU B: 12.913 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	1448	4.878 %
R_work	0.2322	28235	-
all	0.235	-	-
obs	-	29683	71.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.851 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.485 Å²	0 Å²	0.121 Å²
2-	-	-0.195 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.494 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.933→82.269 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4044	0	0	248	4292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.74	1.649	5666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.342	1.575	8420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.343	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.569	21.913	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.575	15	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.485	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.106	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.359	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.682	1.5	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.675	1.498	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.155	2.244	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.156	2.246	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.726	1.585	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.726	1.586	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.205	2.355	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.204	2.356	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.858	18.079	4745
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.791	17.969	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.053	0.05	8957

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05286	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05286	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.933-1.984	0.426	7	0.265	82	0.276	3042	0.643	0.836	2.9257	0.257
1.984-2.038	0.321	32	0.298	449	0.299	2908	0.709	0.77	16.5406	0.286
2.038-2.097	0.349	41	0.283	870	0.286	2888	0.722	0.766	31.5443	0.271
2.097-2.161	0.338	62	0.255	1148	0.259	2802	0.794	0.823	43.1834	0.24
2.161-2.232	0.294	73	0.263	1475	0.265	2683	0.811	0.837	57.6966	0.249
2.232-2.311	0.285	81	0.257	1793	0.259	2611	0.832	0.838	71.7733	0.239
2.311-2.398	0.307	94	0.26	1944	0.262	2541	0.811	0.836	80.2046	0.238
2.398-2.496	0.323	114	0.281	2108	0.283	2433	0.776	0.789	91.3276	0.255
2.496-2.606	0.315	127	0.288	2152	0.29	2324	0.775	0.753	98.0637	0.266
2.606-2.733	0.307	108	0.257	2139	0.26	2247	0.804	0.84	100	0.235
2.733-2.881	0.306	95	0.232	2037	0.235	2132	0.855	0.893	100	0.206
2.881-3.056	0.274	107	0.212	1918	0.215	2025	0.888	0.907	100	0.19
3.056-3.266	0.314	107	0.221	1786	0.226	1893	0.854	0.901	100	0.203
3.266-3.528	0.218	78	0.207	1699	0.207	1777	0.909	0.918	100	0.192
3.528-3.864	0.244	73	0.199	1555	0.201	1628	0.928	0.938	100	0.188
3.864-4.318	0.225	69	0.195	1417	0.196	1487	0.939	0.945	99.9327	0.182
4.318-4.984	0.278	68	0.204	1253	0.207	1324	0.906	0.943	99.7734	0.196
4.984-6.099	0.269	46	0.238	1071	0.239	1117	0.908	0.924	100	0.224
6.099-8.601	0.297	37	0.238	852	0.24	889	0.899	0.932	100	0.227
8.601-82.269	0.223	29	0.217	486	0.217	516	0.944	0.933	99.8062	0.226

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6494	-0.1276	0.1369	0.6489	-0.2516	1.3533	0.0371	0.1049	-0.0224	-0.0404	-0.0608	-0.0477	0.0682	0.0898	0.0237	0.0092	0.0065	0.0036	0.0257	-0.0017	0.0061	21.1919	8.7391	21.3294
2	0.6482	-0.165	-0.1518	0.6638	0.1124	1.4668	0.0461	0.0905	0.0281	-0.0415	-0.0373	0.0175	-0.0656	-0.0755	-0.0088	0.011	0.0042	0.0026	0.0202	0.0018	0.0028	-11.3162	-8.8328	21.3429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	1 - 262
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	1 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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