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- PDB-7qfi: Crystal structure of S-layer protein SlpX from Lactobacillus acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfi
タイトルCrystal structure of S-layer protein SlpX from Lactobacillus acidophilus, domain I (aa 31-182)
要素SlpX
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Surface Layer Protein / Lactobacillus acidophilus / SlpX / S-layer / self-assembly
機能・相同性Surface layer protein A domain / Surface layer protein A domain / metal ion binding / SlpX
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sagmeister, T. / Damisch, E. / Millan, C. / Uson, I. / Eder, M. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP29432 オーストリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids.
著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / Kulminskaya, N. / Petrowitsch, L. / Oberer, M. / Palva, A. / Malanovic, N. / Codee, J. / Keller, W. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SlpX
B: SlpX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8303
ポリマ－34,7902
非ポリマー401
水4,179232
1
A: SlpX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3951
ポリマ－17,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SlpX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4352
ポリマ－17,3951
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.350, 38.347, 82.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.927, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 56 - 181 / Label seq-ID: 28 - 153

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 SlpX


分子量: 17394.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
遺伝子: slpX, LBA0512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FLN0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein stock solution of 15 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; SG+ screen condition 50 (25 % w/v PEG 3350) with protein end concentration of 7.5 mg/mL corresponding to 50% of protein ...詳細: Protein stock solution of 15 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; SG+ screen condition 50 (25 % w/v PEG 3350) with protein end concentration of 7.5 mg/mL corresponding to 50% of protein solution in the 1.0 uL drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.28 Å / Num. obs: 37359 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Num. unique obs: 3658 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.441 / Rrim(I) all: 0.653

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→41.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.839 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 1877 5.027 %
Rwork0.1868 35463 -
all0.188 --
obs-37340 98.914 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.353 Å20 Å2-0.57 Å2
2--1.006 Å20 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 1 232 2182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.6472801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5121.5824448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5455271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.44827.26395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9915347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.783152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2470.233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.210.230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9921.7511066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9581.7441064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9042.6171343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8782.6161343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0952.104983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0942.107984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7673.0081458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7663.0111459
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.57423.0422301
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.48122.6422259
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1540.053734
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.153530.05007
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.153530.05007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.3091480.2992526X-RAY DIFFRACTION97.3426
1.539-1.5810.2821390.262555X-RAY DIFFRACTION99.5198
1.581-1.6270.2971490.252490X-RAY DIFFRACTION99.7732
1.627-1.6770.281210.2342420X-RAY DIFFRACTION99.6861
1.677-1.7320.241180.2252338X-RAY DIFFRACTION99.7158
1.732-1.7930.2341230.2152288X-RAY DIFFRACTION99.5458
1.793-1.860.2371180.212167X-RAY DIFFRACTION99.4343
1.86-1.9360.2281040.2042098X-RAY DIFFRACTION99.1445
1.936-2.0220.2231260.2061991X-RAY DIFFRACTION99.0641
2.022-2.1210.2361260.191901X-RAY DIFFRACTION98.6855
2.121-2.2360.195930.1821834X-RAY DIFFRACTION98.7699
2.236-2.3710.163850.1691725X-RAY DIFFRACTION98.7991
2.371-2.5350.2771000.1791638X-RAY DIFFRACTION98.9186
2.535-2.7380.248560.191540X-RAY DIFFRACTION99.192
2.738-2.9990.278680.1841405X-RAY DIFFRACTION98.3968
2.999-3.3520.227730.1681267X-RAY DIFFRACTION98.0966
3.352-3.8690.152500.1571108X-RAY DIFFRACTION96.5805
3.869-4.7360.151370.136966X-RAY DIFFRACTION97.9492
4.736-6.6870.161270.16767X-RAY DIFFRACTION98.5112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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