PDB-7qf5: Structure of the Q103L mutant of miniSOG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qf5

タイトル

Structure of the Q103L mutant of miniSOG

要素

miniSOG (Q103L mutant)

キーワード

FLAVOPROTEIN / LOV DOMAIN / RIBOFLAVIN / PHOTOSENSITIZING PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Lafaye, C. / Aumonier, S. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, N. / Gotthard, G. / Royant, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2022
タイトル: Riboflavin-binding proteins for singlet oxygen production.
著者: Lafaye, C. / Aumonier, S. / Torra, J. / Signor, L. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, M. / Shu, X. / Ruiz-Gonzalez, R. / Gotthard, G. / Royant, A. / Nonell, S.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qf5.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qf5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qf5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qf2C 7qf3C 7qf4C 6gpuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7qf4-d 6s46-d 6gpu-d 7qf3-d 1tiv-d 2yan-1 6qsa-d 3s5v-d 4ipc-d 2dly-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: miniSOG (Q103L mutant)

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.050, 40.050, 134.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	miniSOG (Q103L mutant) 分子量: 14869.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 165分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris-Hcl pH 8.0, 20 mM MgCl2, 28% PEG 4000, 15 mM CoCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月6日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→38.38 Å / Num. obs: 23979 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.37→1.41 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1734 / CC_1/2: 0.643 / R_rim(I) all: 1.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GPU

6gpu

解像度: 1.37→38.379 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.075 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1739	1152	4.804 %
R_work	0.1257	22827	-
all	0.128	-	-
obs	-	23979	99.937 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.635 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.076 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.076 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.152 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→38.379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	938	0	34	161	1133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.62	1.651	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.382	1.586	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.562	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.885	21.97	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.602	15	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.202	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.587	1.544	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.475	1.535	512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	2.317	648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.008	2.322	649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.164	1.769	609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.17	1.771	606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.665	2.553	881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.663	2.552	882
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.634	18.511	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.366	17.87	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.817	3	2223

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.37-1.406	0.253	98	0.226	1635	0.227	1736	0.86	0.878	99.8272	0.204
1.406-1.444	0.225	64	0.199	1632	0.201	1696	0.905	0.91	100	0.171
1.444-1.486	0.241	85	0.173	1543	0.177	1632	0.911	0.927	99.7549	0.147
1.486-1.531	0.186	63	0.142	1535	0.143	1598	0.94	0.955	100	0.114
1.531-1.582	0.174	73	0.129	1473	0.131	1546	0.947	0.963	100	0.102
1.582-1.637	0.182	71	0.113	1422	0.116	1493	0.961	0.97	100	0.09
1.637-1.699	0.151	81	0.11	1377	0.112	1459	0.967	0.975	99.9315	0.088
1.699-1.768	0.175	79	0.098	1317	0.102	1397	0.963	0.979	99.9284	0.077
1.768-1.846	0.155	71	0.09	1273	0.093	1344	0.97	0.982	100	0.073
1.846-1.936	0.167	52	0.093	1252	0.097	1304	0.976	0.982	100	0.077
1.936-2.041	0.139	61	0.093	1172	0.096	1234	0.975	0.983	99.919	0.077
2.041-2.164	0.185	44	0.101	1119	0.104	1164	0.968	0.984	99.9141	0.085
2.164-2.313	0.129	60	0.1	1058	0.101	1118	0.982	0.985	100	0.083
2.313-2.498	0.147	47	0.1	1003	0.102	1050	0.979	0.986	100	0.086
2.498-2.735	0.149	53	0.119	903	0.121	956	0.981	0.981	100	0.103
2.735-3.056	0.212	40	0.12	848	0.123	888	0.962	0.98	100	0.107
3.056-3.525	0.126	35	0.126	752	0.126	788	0.98	0.982	99.8731	0.12
3.525-4.308	0.166	34	0.118	650	0.121	684	0.977	0.984	100	0.119
4.308-6.054	0.158	19	0.15	533	0.151	552	0.981	0.982	100	0.155
6.054-38.379	0.335	22	0.252	330	0.256	353	0.946	0.944	99.7167	0.265

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