PDB-7qf4: Structure of the R57Q mutant of miniSOG expressed in E. coli in L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qf4

タイトル

Structure of the R57Q mutant of miniSOG expressed in E. coli in LB medium enriched with riboflavin

要素

miniSOG (R57Q mutant)

キーワード

FLAVOPROTEIN / LOV DOMAIN / RIBOFLAVIN / PHOTOSENSITIZING PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

: / RIBOFLAVIN

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Lafaye, C. / Aumonier, S. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, N. / Gotthard, G. / Royant, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2022
タイトル: Riboflavin-binding proteins for singlet oxygen production.
著者: Lafaye, C. / Aumonier, S. / Torra, J. / Signor, L. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, M. / Shu, X. / Ruiz-Gonzalez, R. / Gotthard, G. / Royant, A. / Nonell, S.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qf4.cif.gz	69 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qf4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qf4_validation.pdf.gz	818.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qf4_full_validation.pdf.gz	819.6 KB	表示
XML形式データ	7qf4_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	7qf4_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qf2C 7qf3C 7qf5C 6gpuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7qf5-d 7qf2-d 7qf3-d 6s46-d 6owu-2 6otl-d 5wwx-d 3oz1-4 6lmr-d 4ipc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: miniSOG (R57Q mutant)

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.930, 39.930, 134.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-357- HOH

#1: タンパク質	miniSOG (R57Q mutant) 分子量: 14869.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris-Hcl pH 8.0, 20 mM MgCl2, 28% PEG 4000, 15 mM CoCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月26日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→38.29 Å / Num. obs: 37774 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 15.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.17→1.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2702 / CC_1/2: 0.646 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GPU

6gpu

解像度: 1.17→38.282 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.397 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	1800	4.765 %
R_work	0.1464	35974	-
all	0.148	-	-
obs	-	37774	99.633 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.224 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.224 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.448 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→38.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	942	0	29	93	1064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.167	1.649	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.53	1.581	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.949	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.341	22.813	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.094	15	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.366	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.435	1.175	490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.291	1.166	489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.628	1.765	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.695	1.774	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.665	1.476	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.663	1.475	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.067	2.091	851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.065	2.204	852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.167	14.045	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.008	20.205	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.287	3	2116

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.17-1.2	0.257	132	0.252	2567	0.252	2724	0.834	0.841	99.0822	0.23
1.2-1.233	0.242	127	0.219	2553	0.22	2682	0.882	0.889	99.9254	0.193
1.233-1.269	0.253	127	0.215	2446	0.216	2574	0.862	0.897	99.9612	0.186
1.269-1.308	0.229	106	0.2	2440	0.202	2546	0.895	0.904	100	0.172
1.308-1.351	0.211	111	0.177	2316	0.179	2460	0.924	0.935	98.6585	0.148
1.351-1.398	0.204	128	0.143	2244	0.147	2377	0.937	0.954	99.7896	0.117
1.398-1.451	0.162	102	0.134	2205	0.135	2307	0.957	0.962	100	0.109
1.451-1.51	0.182	102	0.128	2117	0.131	2219	0.954	0.966	100	0.104
1.51-1.577	0.168	96	0.114	2035	0.116	2131	0.96	0.975	100	0.093
1.577-1.654	0.169	98	0.115	1947	0.117	2067	0.962	0.973	98.9357	0.096
1.654-1.743	0.172	116	0.11	1831	0.113	1947	0.967	0.977	100	0.094
1.743-1.849	0.186	95	0.117	1758	0.12	1853	0.961	0.976	100	0.101
1.849-1.976	0.151	73	0.124	1679	0.125	1752	0.974	0.977	100	0.11
1.976-2.134	0.152	72	0.123	1566	0.124	1638	0.974	0.98	100	0.115
2.134-2.337	0.157	72	0.127	1442	0.128	1533	0.973	0.977	98.7606	0.122
2.337-2.611	0.163	77	0.138	1298	0.14	1377	0.973	0.977	99.8548	0.135
2.611-3.013	0.21	52	0.146	1189	0.148	1242	0.951	0.972	99.9195	0.147
3.013-3.684	0.206	46	0.16	1027	0.161	1073	0.955	0.971	100	0.172
3.684-5.187	0.149	37	0.14	815	0.141	863	0.982	0.982	98.7254	0.159
5.187-38.282	0.215	31	0.215	499	0.215	536	0.967	0.964	98.8806	0.25

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