PDB-7qf2: Structure of miniSOG reconstituted with riboflavin as a cofactor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qf2

タイトル

Structure of miniSOG reconstituted with riboflavin as a cofactor

要素

miniSOG

キーワード

FLAVOPROTEIN / LOV DOMAIN / RIBOFLAVIN / PHOTOSENSITIZING PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

: / RIBOFLAVIN

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Lafaye, C. / Aumonier, S. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, N. / Gotthard, G. / Royant, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2022
タイトル: Riboflavin-binding proteins for singlet oxygen production.
著者: Lafaye, C. / Aumonier, S. / Torra, J. / Signor, L. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, M. / Shu, X. / Ruiz-Gonzalez, R. / Gotthard, G. / Royant, A. / Nonell, S.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qf2.cif.gz	75.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qf2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qf2_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qf2_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7qf2_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	7qf2_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qf3C 7qf4C 7qf5C 6gpuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7qf4-d 7qf3-d 2dly-d 6s45-d 1ujd-d 2fb6-d 6opb-5 2e71-d 5x1x-d 7qf5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: miniSOG

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.900, 39.900, 134.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-399- HOH
2	1	AAA-402- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	miniSOG 分子量: 14999.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 157分子

#2: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 20 mM MgCl2, 28% PEG 4000, 15 mM CoCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月23日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→38.25 Å / Num. obs: 91259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.4 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.07→1.1 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 6739 / CC_1/2: 0.563 / R_rim(I) all: 1.12 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GPU

6gpu

解像度: 1.07→38.243 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.931 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1553	2357	4.812 %
R_work	0.1302	46627	-
all	0.131	-	-
obs	-	48984	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.158 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.158 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.316 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→38.243 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	36	152	1135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.2	1.654	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.529	1.592	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.81	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.531	21.594	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.169	15	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.6	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.289	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.341	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.347	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.367	1.021	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.334	1.011	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.243	1.518	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.241	1.528	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.842	1.263	629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.84	1.267	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.369	1.794	905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.367	1.797	906
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.648	14.172	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.423	12.964	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.852	3	2286

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.07-1.098	0.233	168	0.243	3368	0.243	3536	0.886	0.876	0.211
1.098-1.128	0.205	163	0.202	3319	0.202	3482	0.923	0.918	0.166
1.128-1.161	0.176	145	0.175	3199	0.175	3344	0.937	0.931	0.141
1.161-1.196	0.182	163	0.167	3105	0.168	3268	0.938	0.94	0.134
1.196-1.235	0.162	171	0.157	3016	0.158	3187	0.95	0.949	0.127
1.235-1.279	0.174	136	0.147	2965	0.148	3101	0.953	0.957	0.117
1.279-1.327	0.174	131	0.135	2841	0.137	2972	0.954	0.963	0.108
1.327-1.381	0.159	149	0.12	2720	0.122	2869	0.965	0.972	0.096
1.381-1.442	0.131	145	0.11	2622	0.111	2767	0.978	0.978	0.089
1.442-1.513	0.139	130	0.106	2506	0.108	2636	0.972	0.98	0.087
1.513-1.594	0.134	111	0.097	2440	0.099	2551	0.979	0.983	0.083
1.594-1.691	0.128	124	0.093	2244	0.094	2368	0.982	0.987	0.08
1.691-1.807	0.131	125	0.099	2154	0.1	2279	0.98	0.985	0.087
1.807-1.952	0.127	92	0.103	2005	0.104	2097	0.983	0.985	0.094
1.952-2.138	0.099	91	0.1	1886	0.1	1977	0.986	0.988	0.094
2.138-2.389	0.143	79	0.113	1707	0.114	1786	0.977	0.984	0.109
2.389-2.757	0.149	85	0.126	1506	0.128	1591	0.978	0.982	0.125
2.757-3.372	0.182	69	0.135	1318	0.137	1387	0.967	0.978	0.139
3.372-4.75	0.153	44	0.13	1060	0.131	1104	0.975	0.981	0.149
4.75-38.243	0.242	36	0.204	646	0.206	682	0.967	0.969	0.244

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