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- PDB-7qee: SN243 mutant D415N bound to para-nitrophenyl-Beta-D-glucuronide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qee
タイトルSN243 mutant D415N bound to para-nitrophenyl-Beta-D-glucuronide
要素SN243
キーワードHYDROLASE / enzyme discovery / carbohydrate-active enzymes (CAZy) / protein engineering / functional metagenomics)
機能・相同性beta-D-glucopyranuronic acid / 4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid
機能・相同性情報
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.374 Å
データ登録者Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Omari, K. / Wagner, O. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
資金援助1件
組織認可番号国
European Union (EU)Metafluidics, 685474
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Functional metagenomic screening identifies an unexpected beta-glucuronidase.
著者: Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Tryfona, T. / El Omari, K. / Wagner, A. / Dupree, P. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SN243
B: SN243
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,61836
ポリマ－163,8322
非ポリマー2,78634
水1,820101
1
A: SN243
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,40018
ポリマ－81,9161
非ポリマー1,48417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SN243
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,21818
ポリマ－81,9161
非ポリマー1,30217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.499, 82.173, 93.041
Angle α, β, γ (deg.)113.690, 90.650, 90.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 40 through 354 or resid 356 through 623 or resid 625 through 785))
21(chain B and (resid 40 through 202 or resid 204...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 40 through 354 or resid 356 through 623 or resid 625 through 785))AA40 - 35410 - 324
12ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 40 through 354 or resid 356 through 623 or resid 625 through 785))AA356 - 623326 - 593
13SERSERASPASP(chain A and (resid 40 through 354 or resid 356 through 623 or resid 625 through 785))AA625 - 785595 - 755
21GLUGLUALAALA(chain B and (resid 40 through 202 or resid 204...BB40 - 20210 - 172
22GLYGLYPHEPHE(chain B and (resid 40 through 202 or resid 204...BB204 - 354174 - 324
23ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 40 through 202 or resid 204...BB356 - 623326 - 593
24SERSERASPASP(chain B and (resid 40 through 202 or resid 204...BB625 - 785595 - 755

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SN243


分子量: 81915.867 Da / 分子数: 2 / 変異: D415N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / プラスミド: pSol / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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糖 , 2種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-C3G / 4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid / 4-nitrophenyl beta-D-glucosiduronic acid / 4-nitrophenyl D-glucosiduronic acid / 4-nitrophenyl glucosiduronic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 315.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H13NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 糖 ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 133分子

#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4 and 25% PEG MME 550"

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→75.24 Å / Num. obs: 65955 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 181699 / Scaling rejects: 94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.37-2.51.60.7621444192490.4570.7621.0780.792.3
7.51-75.243.10.065651020780.990.0420.0774.996.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QE1

7qe1


解像度: 2.374→47.819 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 3410 5.2 %
Rwork0.2168 62123 -
obs0.2197 65533 95.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 905.64 Å2 / Biso mean: 57.966 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.374→47.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11229 0 56 101 11386
Biso mean--96.42 61.23 -
残基数----1478
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4440X-RAY DIFFRACTION6.389TORSIONAL
12B4440X-RAY DIFFRACTION6.389TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3742-2.40810.36511110.3741246388
2.4081-2.44410.39461120.3764237288
2.4441-2.48230.38591330.3652245291
2.4823-2.5230.41141100.3605248591
2.523-2.56650.37441160.3461249692
2.5665-2.61310.38731570.3365258695
2.6131-2.66340.38621570.3325257697
2.6634-2.71770.37071620.3058263597
2.7177-2.77680.34571430.2848257798
2.7768-2.84140.31471790.2716266798
2.8414-2.91250.31441240.2662262898
2.9125-2.99120.33871250.2463268098
2.9912-3.07920.32181250.2547263397
3.0792-3.17860.31511260.239264997
3.1786-3.29220.27241480.2357266298
3.2922-3.42390.27591500.2121264298
3.4239-3.57970.31111550.2055262098
3.5797-3.76840.26081630.1972258497
3.7684-4.00440.23261290.1689268598
4.0044-4.31340.24881250.159263397
4.3134-4.74710.21471600.1447260397
4.7471-5.43320.20751780.159259997
5.4332-6.8420.24081810.1928260897
6.842-47.8190.23191410.1927258896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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