+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qe1 | ||||||
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Title | Crystal structure of apo SN243 | ||||||
Components | SN243 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / enzyme discovery / carbohydrate-active enzymes (CAZy) / protein engineering / functional metagenomics) | ||||||
Biological species | unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / molecular replacement / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Omari, K. / Wagner, O. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Functional metagenomic screening identifies an unexpected beta-glucuronidase. Authors: Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Tryfona, T. / El Omari, K. / Wagner, A. / Dupree, P. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qe1.cif.gz | 286.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qe1.ent.gz | 231.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qe1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qe1_validation.pdf.gz | 447.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qe1_full_validation.pdf.gz | 476.4 KB | Display | |
Data in XML | 7qe1_validation.xml.gz | 51.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7qe1_validation.cif.gz | 71.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 81916.852 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Plasmid: pSol / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4 and 25% PEG MME 550 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→51.89 Å / Num. obs: 123601 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 735719 / Scaling rejects: 1095 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.95→51.887 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 44.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.81 Å2 / Biso mean: 72.8258 Å2 / Biso min: 43.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→51.887 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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