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万見
- PDB-7qg4: Apo crystal structure of a mutant of SN243 (D415N) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qg4
タイトルApo crystal structure of a mutant of SN243 (D415N)
要素SN243
キーワードHYDROLASE / enzyme discovery / carbohydrate-active enzymes (CAZy) / protein engineering / functional metagenomics)
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Omari, K. / Wagner, O. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)Metafluidics, 685474European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Functional metagenomic screening identifies an unexpected beta-glucuronidase.
著者: Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Tryfona, T. / El Omari, K. / Wagner, A. / Dupree, P. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SN243
B: SN243
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,62829
ポリマ－163,8322
非ポリマー1,79727
水7,098394
1
A: SN243
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,92816
ポリマ－81,9161
非ポリマー1,01215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SN243
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,70113
ポリマ－81,9161
非ポリマー78512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.396, 82.413, 92.077
Angle α, β, γ (deg.)113.330, 90.430, 90.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 SN243


分子量: 81915.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4 and 25% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→75.98 Å / Num. obs: 100349 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 347587 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.08-2.193.51.99151390145790.4041.2482.3530.697
6.57-75.983.40.0551082632040.9940.0350.06517.798.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QE1

7qe1


解像度: 2.08→75.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.007 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 4934 5.1 %RANDOM
Rwork0.2488 ---
obs0.2489 91984 91.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.64 Å2 / Biso mean: 42.924 Å2 / Biso min: 13.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.68 Å20.1 Å2-1.43 Å2
2--4.48 Å2-3.23 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→75.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11346 0 31 394 11771
Biso mean--73.27 39.24 -
残基数----1492
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.102 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.64 254 -
Rwork0.593 4201 -
obs--56.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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