[日本語] English
万見
- PDB-7qec: Crystal structure of SlpA - domain II, domain that is involved in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qec
タイトルCrystal structure of SlpA - domain II, domain that is involved in the self-assembly of the S-layer from Lactobacillus amylovorus
要素S-layer
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / s-layer / self-assembly / lactobacillus amylovorus
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cell wall / S-layer / peptidoglycan-based cell wall
類似検索 - 分子機能
: / : / SlpA N-terminal domain / SlpA domain II / Lactobacillus surface layer protein / Surface layer protein A domain / Surface layer protein A domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lactobacillus amylovorus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Eder, M. / Dordic, A. / Millan, C. / Sagmeister, T. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP29432 オーストリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids.
著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / Kulminskaya, N. / Petrowitsch, L. / Oberer, M. / Palva, A. / Malanovic, N. / Codee, J. / Keller, W. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-layer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6421
ポリマ－11,6421
非ポリマー00
水81145
1
A: S-layer

A: S-layer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2842
ポリマ－23,2842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.633, 38.633, 142.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-413-

HOH

31A-443-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 S-layer


分子量: 11641.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus amylovorus (strain GRL 1112) (乳酸菌)
株: GRL 1112 / 遺伝子: LA2_00970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4SK47
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus screen condition #1-24 (30 mM of each halogen (sodium fluoride, sodium bromide and sodium iodide), 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.5 with 12.5% v/v MPD, 12.5 % PEG 1000 and 12.5 % w/v ...詳細: Morpheus screen condition #1-24 (30 mM of each halogen (sodium fluoride, sodium bromide and sodium iodide), 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.5 with 12.5% v/v MPD, 12.5 % PEG 1000 and 12.5 % w/v PEG 3350). Protein stock solution of 4.18 mg/mL in 10 mM Hepes pH 7 and 50 mM NaCl. Drops: 0.5 + 0.5uL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.61 Å / Num. obs: 14655 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 33.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 17.79
反射 シェル解像度: 1.951→2.021 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 682 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.244

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Arcimboldo位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.95→35.61 Å / SU ML: 0.2341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 1469 10.02 %
Rwork0.1846 13185 -
obs0.1903 14654 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数769 0 0 45 814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77891072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0589135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7136628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.020.26171180.23111065X-RAY DIFFRACTION78.4
2.02-2.10.28291490.2311347X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.20.34031440.21211321X-RAY DIFFRACTION99.86
2.2-2.310.23111580.2071361X-RAY DIFFRACTION99.93
2.31-2.460.25931450.20221355X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.2681540.19211324X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.910.22111490.18371355X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.340.25261480.1811358X-RAY DIFFRACTION100
3.34-4.20.19441580.17361353X-RAY DIFFRACTION100
4.2-35.610.26011460.16951346X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る