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- PDB-7qbe: TC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qbe
タイトルTC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb11
要素
  • Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb11
  • CD320 antigen
  • Transcobalamin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transcobalamin / TC2 / CD320 / TCblR / B12 / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / Transport of RCbl within the body / cobalamin transport / cobalt ion transport / cobalamin binding / cargo receptor activity ...regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / Transport of RCbl within the body / cobalamin transport / cobalt ion transport / cobalamin binding / cargo receptor activity / positive regulation of B cell proliferation / lysosomal lumen / growth factor activity / external side of plasma membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...: / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / Transcobalamin-2 / CD320 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bloch, J.S. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2022
タイトル: Generation of nanobodies targeting the human, transcobalamin-mediated vitamin B 12 uptake route.
著者: Bloch, J.S. / Sequeira, J.M. / Ramirez, A.S. / Quadros, E.V. / Locher, K.P.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin-2
B: CD320 antigen
C: Transcobalamin-2
D: CD320 antigen
E: Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb11
F: Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,53512
ポリマ－151,6626
非ポリマー2,8736
水1086
1
A: Transcobalamin-2
B: CD320 antigen
E: Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2686
ポリマ－75,8313
非ポリマー1,4373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Transcobalamin-2
D: CD320 antigen
F: Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2686
ポリマ－75,8313
非ポリマー1,4373
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.717, 195.831, 198.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Transcobalamin-2 / TC-2 / Transcobalamin II / TCII


分子量: 45650.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20062
#2: タンパク質 CD320 antigen / 8D6 antigen / FDC-signaling molecule 8D6 / FDC-SM-8D6 / Transcobalamin receptor / TCblR


分子量: 15613.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD320, 8D6A, UNQ198/PRO224
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NPF0
#3: タンパク質 Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb11


分子量: 14567.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.97 Å / Num. obs: 81479 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 70.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.45
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 8030 / CC1/2: 0.791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
X-Areaデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRP

4zrp


解像度: 3→48.96 Å / SU ML: 0.5159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 31.2246
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 2037 5 %
Rwork0.2523 38689 -
obs0.2539 40726 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9243 0 190 6 9439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01299640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.209113115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.15291454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00971666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.93553513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.53111370.47582570X-RAY DIFFRACTION99.74
3.07-3.150.4041340.3922523X-RAY DIFFRACTION99.74
3.15-3.230.32641330.35532528X-RAY DIFFRACTION99.96
3.23-3.330.33541330.2882550X-RAY DIFFRACTION99.89
3.33-3.430.31831350.27882557X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-3.560.32271360.28482568X-RAY DIFFRACTION99.96
3.56-3.70.33221350.2942569X-RAY DIFFRACTION99.93
3.7-3.870.33411360.28212550X-RAY DIFFRACTION99.96
3.87-4.070.28941350.23612569X-RAY DIFFRACTION99.67
4.07-4.330.24191330.22252562X-RAY DIFFRACTION99.63
4.33-4.660.24041360.21162589X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.130.25721360.21552589X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.870.26311370.23862618X-RAY DIFFRACTION100
5.87-7.390.25721390.24412635X-RAY DIFFRACTION100
7.39-48.960.22851420.19982712X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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