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- PDB-7q9s: Crystal structure of PDE6D KRas peptide complex with Compound-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q9s
タイトルCrystal structure of PDE6D KRas peptide complex with Compound-1
要素
  • KRas
  • Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cilium / intracellular membrane-bounded organelle ...ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9TI / FARNESYL / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yelland, T. / Ismail, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. ...著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. / Jamieson, A. / Chen, Y.X. / McArthur, D. / Bower, J. / Ismail, S.
履歴
登録2021年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02025年10月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_asym.entity_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
AAA: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
CCC: KRas
DDD: KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,35817
ポリマ－37,9404
非ポリマー1,41813
水4,017223
1
BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
DDD: KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7199
ポリマ－18,9702
非ポリマー7497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
AAA: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
CCC: KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6398
ポリマ－18,9702
非ポリマー6696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.104, 81.123, 118.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-377-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BBBAAACCCDDD

#1: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17


分子量: 17440.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: タンパク質・ペプチド KRas


分子量: 1528.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 6種, 236分子

#3: 化合物 ChemComp-9TI / 2-methyl-3-(1~{H}-pyrazol-5-yl)imidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 198.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H10N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-FAR / FARNESYL


分子量: 206.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C15H26
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5 and 20% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40.657 Å / Num. obs: 32070 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 2320 / CC1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TB5

5tb5


解像度: 1.85→40.657 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.342 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1575 4.917 %
Rwork0.1993 30459 -
all0.201 --
obs-32034 99.906 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.262 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.019 Å20 Å20 Å2
2---0.226 Å20 Å2
3---0.207 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2489 0 113 223 2825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132804
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0172649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.6733773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4341.5996137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8855336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83322.105152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.99615502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2711518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4980.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2970.22547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0950.21312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3060.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.3880.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2280.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2890.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8932.4341319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8922.4341320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8253.6141662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8243.6141663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3193.0011484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3183.0021485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5614.2372111
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.564.2392112
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.7929.0943081
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.78929.1073082
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.2851160.25121770.25223150.8770.88799.04970.227
1.898-1.950.26990.23921860.2422860.8720.89999.95630.213
1.95-2.0060.217990.21421260.21422260.9170.9399.95510.189
2.006-2.0680.2541010.20320610.20621630.9180.93699.95380.185
2.068-2.1360.251090.20419660.20720750.9080.9341000.18
2.136-2.210.2241170.21219060.21320230.9340.9311000.19
2.21-2.2940.251940.20518610.20819550.9160.931000.186
2.294-2.3870.236900.20817960.20918860.9250.9371000.186
2.387-2.4930.257950.21117170.21418130.9080.92399.94480.194
2.493-2.6140.272710.20516660.20817370.9060.9321000.187
2.614-2.7550.226710.20515830.20616540.9380.9381000.186
2.755-2.9210.232800.20314880.20415680.9310.9431000.19
2.921-3.1210.264610.21614340.21814950.920.9291000.205
3.121-3.370.246700.212920.20213620.9320.9421000.195
3.37-3.6890.211760.18812130.18912890.9460.9551000.188
3.689-4.120.163600.16310900.16311500.9720.9711000.165
4.12-4.7490.163500.1539830.15410340.9690.9799.90330.157
4.749-5.7970.231510.1818430.1848940.9520.9631000.19
5.797-8.1160.257380.2626690.2617070.9340.9331000.262
8.116-40.6570.247270.2264010.2274280.9470.9521000.229
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.110.2290.11310.47920.25540.615-0.00920.00520.0243-0.01050.01090.04570.04850.0327-0.00160.044-0.0276-0.0070.0614-0.02860.0328-3.7245-16.49923.2144
20.28350.15080.0410.6483-0.31010.2886-0.02830.0293-0.04670.02290.0135-0.0755-0.04570.01610.01480.0191-0.0059-0.01250.05080.00790.0408-15.2148-36.8674-26.2495
31.8602-1.5799-1.77211.34261.50471.68830.06680.11-0.0784-0.0805-0.120.0699-0.0812-0.10140.05330.05990.0371-0.04620.0667-0.00390.0507-18.7045-51.563-20.7566
40.38211.04182.03920.3734-1.57513.79490.07940.0627-0.0715-0.42230.2475-0.39120.73110.3222-0.32690.04460.0095-0.00760.0594-0.05260.048310.2174-19.06349.5069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLBBB2 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA1 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3ALLCCC19 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4ALLDDD1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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