PDB-7q9r: Cocrystal structure of PDE6D bound to NRAS peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q9r

タイトル

Cocrystal structure of PDE6D bound to NRAS peptide

要素

Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / RAS processing / small GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cilium / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yelland, T. / Ismail, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. ...

履歴

登録	2021年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q9r.cif.gz	49.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q9r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q9r_validation.pdf.gz	639.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q9r_full_validation.pdf.gz	641.1 KB	表示
XML形式データ	7q9r_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	7q9r_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q9qC 7q9sC 7q9uC 7qf9C 7qjkC 5tb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t5i-1 3t5i-3 5e80-1 7q9s-2 5x73-d 5x72-d 2wp7-d 3wz4-2 1ryl-2 4evc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.788, 55.788, 114.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17 分子量: 17440.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: 化合物	ChemComp-FAR / FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン分子量: 206.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 4.0 and 3.2 M AmSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→114.87 Å / Num. obs: 7634 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 547 / CC_1/2: 0.859

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TB5

5tb5

解像度: 2.5→48.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 10.312 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2759	346	4.551 %
R_work	0.2335	7256	-
all	0.235	-	-
obs	-	7602	99.974 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.585 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.731 Å²	0.366 Å²	0 Å²
2-	-	0.731 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.373 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1197	0	46	59	1302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.013	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.016	1.649	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.997	1.576	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.695	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.145	21.111	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.165	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.789	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.019	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.618	3.018	593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.618	3.019	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.169	4.517	740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.168	4.516	741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.327	3.105	685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.325	3.075	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.668	4.629	973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.668	4.581	956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.696	33.209	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.687	33.203	1321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.306	29	0.287	518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.635	0.341	19	0.282	525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.711	0.341	21	0.273	491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.795	0.267	17	0.255	480	X-RAY DIFFRACTION	99.5992
2.795-2.886	0.385	21	0.258	474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.988	0.274	19	0.252	452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.988-3.1	0.282	27	0.257	438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.227	0.387	29	0.264	414	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.37	0.298	18	0.215	406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.535	0.278	12	0.223	396	X-RAY DIFFRACTION	100
3.535-3.725	0.273	17	0.222	395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.725-3.951	0.182	18	0.186	348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.951-4.224	0.235	17	0.187	324	X-RAY DIFFRACTION	100
4.224-4.562	0.205	17	0.171	320	X-RAY DIFFRACTION	100
4.562-4.996	0.201	17	0.184	290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.996-5.585	0.297	19	0.242	260	X-RAY DIFFRACTION	100
5.585-6.446	0.263	9	0.296	242	X-RAY DIFFRACTION	100
6.446-7.888	0.167	4	0.293	213	X-RAY DIFFRACTION	100
7.888-11.13	0.249	12	0.216	162	X-RAY DIFFRACTION	100
11.13-48.36	0.747	4	0.331	108	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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