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- PDB-7q69: Crystal structure of Chaetomium thermophilum C30S Ahp1 in the pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q69
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum C30S Ahp1 in the pre-reaction state
要素Thioredoxin domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / urmylation / Urm1 / ubiquitin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin AHP1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ravichandran, K.E. / Wilk, P. / Grudnik, P. / Glatt, S.
資金援助 ポーランド, 4件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
European Research Council (ERC)101001394 ポーランド
Polish National Science Centre2018/31/B/NZ1/03559 ポーランド
Foundation for Polish ScienceFirstTEAM/2016-1/2 ポーランド
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: E2/E3-independent ubiquitin-like protein conjugation by Urm1 is directly coupled to cysteine persulfidation.
著者: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / ...著者: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / Grudnik, P. / Jankowska, U. / Leidel, S.A. / Schaffrath, R. / Glatt, S.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin domain-containing protein
B: Thioredoxin domain-containing protein
C: Thioredoxin domain-containing protein
D: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,75117
ポリマ－72,5144
非ポリマー1,23713
水16,159897
1
A: Thioredoxin domain-containing protein
B: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9259
ポリマ－36,2572
非ポリマー6687
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
2
C: Thioredoxin domain-containing protein
D: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8258
ポリマ－36,2572
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.139, 101.727, 69.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Thioredoxin domain-containing protein


分子量: 18128.457 Da / 分子数: 4 / 変異: C30S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0014370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1P8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Sodium cacodylate -pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.07 Å / Num. obs: 65645 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.339 % / Biso Wilson estimate: 26.797 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.877 / Net I/σ(I): 11.24 / Num. measured all: 219199 / Scaling rejects: 258
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.92.6070.7871.8410507503340310.5390.99180.1
1.9-1.952.9280.7512.612778487643640.6310.92189.5
1.95-23.5270.6123.6416749479347490.7910.72299.1
2-2.073.5070.5144.5715954461845490.8040.60898.5
2.07-2.133.4250.4035.4415072449844000.8650.47997.8
2.13-2.213.4290.3266.2314791437643140.9020.38798.6
2.21-2.293.1140.4196.3612140416738980.8530.50993.5
2.29-2.383.5770.2298.1814466407340440.9560.2799.3
2.38-2.493.5440.1839.5813616387138420.9690.21699.3
2.49-2.613.4860.15910.4712792372136700.9740.18898.6
2.61-2.753.2460.13711.7311168354134410.9750.16497.2
2.75-2.923.4910.10814.111446330632790.9870.12799.2
2.92-3.123.530.08317.3310958313231040.9910.09899.1
3.12-3.373.4770.06620.1610115294929090.9950.07898.6
3.37-3.693.1270.05822.178099269525900.9950.0796.1
3.69-4.133.4640.04826.078289243823930.9960.05798.2
4.13-4.773.4050.03829.887255216921310.9970.04598.2
4.77-5.843.2160.03927.235670182517630.9960.04796.6
5.84-8.263.4610.038294842142113990.9970.04498.5
8.26-46.073.2150.02733.5124928087750.9980.03395.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2-3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DSR

4dsr


解像度: 1.85→46.07 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1828 3281 5 %
Rwork0.1571 62290 -
obs0.1584 65571 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.51 Å2 / Biso mean: 28.1559 Å2 / Biso min: 9.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4979 0 83 897 5959
Biso mean--49.01 34.45 -
残基数----676
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.870.3321130.2952167228076
1.87-1.90.30391250.27712366249187
1.9-1.940.3681320.28282501263387
1.94-1.970.22181420.20252697283998
1.97-20.20611480.17122814296299
2-2.040.18421460.16722778292499
2.04-2.080.2181450.18462696284196
2.08-2.130.2011450.16262764290999
2.13-2.180.20771460.16252782292899
2.18-2.230.21211460.17272746289297
2.23-2.290.18371320.17622556268892
2.29-2.360.20171480.15082811295999
2.36-2.440.16811470.14082798294599
2.44-2.530.18031480.14562793294199
2.53-2.630.18791460.14842785293199
2.63-2.750.18321460.15222762290897
2.75-2.890.18861460.15232769291599
2.89-3.070.18151470.15072804295199
3.07-3.310.14811480.15232808295699
3.31-3.640.1671430.14022731287497
3.64-4.170.13941460.12612756290298
4.17-5.250.1381470.1172787293498
5.25-46.070.18731490.17862819296898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.61952.00321.08685.17251.39666.58950.0537-0.3235-0.56060.3166-0.0085-0.32450.48780.1682-0.04350.1650.00870.0190.17350.04120.2713-22.02765.9021-8.5423
25.90951.79-3.60451.0673-1.03463.49850.1569-0.33250.2307-0.0088-0.0629-0.0113-0.19810.3629-0.08740.13330.0105-0.00730.16540.01810.1667-5.936422.353-18.4831
34.98890.4174-0.05521.25190.04551.87910.03620.0087-0.339-0.03750.00640.050.04590.0215-0.0380.109-0.01120.00240.08070.03060.0888-9.371312.9023-18.9307
47.7742-1.12185.40152.71130.38768.68650.22610.5344-0.175-0.3553-0.0397-0.11540.20610.1233-0.1740.2122-0.02520.03480.2234-0.04870.1931-10.06838.2726-31.2947
53.4130.4326-0.30521.2049-0.21591.32260.0264-0.02320.0089-0.04620.00960.01360.01170.0617-0.04260.08440.00490.01170.07530.00910.1199-6.446415.4997-19.1127
64.50031.0268-0.48651.54590.04832.01050.1859-0.2503-0.91460.2102-0.0839-0.20810.26720.1357-0.01830.1407-0.0119-0.01260.17150.09160.251-6.96545.3811-9.0537
77.9364-4.4812-2.27847.9130.60512.06860.24010.3087-0.3861-0.2111-0.2920.29590.115-0.08190.01740.0997-0.02660.00150.1127-0.00430.1508-19.85317.1319-18.1623
86.4127-3.8842-0.14682.7697-0.75422.0946-0.0101-0.4479-1.12730.2923-0.0032-0.01980.43560.31250.00310.19190.0114-0.03430.21470.04050.4436-7.3386-2.9299-17.8045
97.92273.7811-0.82173.20182.71728.29430.37290.1744-0.0523-0.3531-0.0128-0.0096-0.0164-0.3104-0.32050.2332-0.0123-0.01160.1582-0.03730.2197-20.01612.4764-28.3741
102.68461.45582.10213.25930.90391.92060.0178-0.41070.01970.3038-0.1098-0.0221-0.0329-0.32180.22840.16460.01430.03320.2006-0.01120.113123.149315.01420.6243
111.876-0.6521.91251.0339-0.972.05670.11960.1449-0.0529-0.11220.01330.2090.08090.0381-0.12270.1790.0230.00390.1931-0.03670.207513.25066.9335-22.9348
122.67540.02210.98991.0878-0.15941.1247-0.0350.00290.08250.0009-0.0277-0.0212-0.0707-0.00610.02690.11590.00770.01260.148-0.01920.11319.29816.6563-10.3551
134.5093-1.11921.46771.7477-0.5471.4082-0.05510.40650.421-0.2657-0.1013-0.3385-0.05670.14580.12640.1687-0.02370.02590.15730.03030.180726.687624.7116-17.6586
142.68320.11980.93891.7446-0.39840.87120.03740.14710.014-0.10140.0005-0.0456-0.01960.04510.00460.1126-0.00260.01510.1388-0.02090.118616.265214.6454-16.0415
151.9553-0.83490.35511.74250.04891.5741-0.0675-0.19380.07810.10410.00020.16210.0084-0.18460.05680.1446-0.00490.01350.1769-0.0360.119616.707618.6488-1.6475
169.0988-4.2803-0.01935.39760.60472.1375-0.1071-0.31240.20830.16870.1028-0.237-0.12480.17460.06280.1254-0.0058-0.0090.163-0.04420.15125.266224.7763-1.3623
177.4237-0.0014-0.49885.33410.24865.3463-0.0777-0.32670.43240.0862-0.0182-0.2097-0.45520.08720.10350.174-0.0402-0.03070.1182-0.02960.148522.940730.9702-7.676
180.1446-0.69080.52523.198-2.66542.3345-0.3265-0.13470.31770.7034-0.1586-0.707-0.51980.11920.41310.24290.0146-0.09320.1592-0.00080.226934.0465-9.5515-8.1485
190.8063-1.45480.40664.0593-2.67793.35970.19120.1075-0.0233-0.51150.01150.25610.1012-0.2073-0.15220.1840.0207-0.03550.1815-0.01790.199418.8964-0.5232-27.0556
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234.38990.64760.55494.8943-0.34144.1299-0.10520.260.2692-0.1135-0.1563-0.6917-0.07040.58040.21370.14970.0338-0.02830.24320.02810.272838.8905-13.0476-18.915
244.49770.2339-0.01974.9402-0.45054.9714-0.0359-0.35210.03920.4228-0.04030.00490.0027-0.10740.05470.18390.0361-0.03270.17560.00380.127730.1003-17.0185-6.5518
258.9118-0.4338-0.85855.75262.55153.3290.22440.1951-0.417-0.3001-0.0677-0.44760.79430.52320.0730.34690.11310.00420.1938-0.00620.219332.5455-26.422-19.437
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282.377-0.4941-1.59262.8095-1.66633.5225-0.24920.25560.1676-0.68930.29890.1345-0.0046-0.2727-0.13630.3061-0.0473-0.05110.2314-0.06340.192122.5037-18.3198-38.9348
292.25281.1082-0.87240.6526-1.02984.0535-0.13060.3818-0.159-0.6696-0.0248-0.0262-0.2780.06660.13920.4563-0.01610.02880.242-0.05140.194832.3288-6.4727-46.2817
301.4542-0.3027-0.16830.7388-2.32088.21920.13450.53040.1366-0.91610.0530.6117-0.3483-1.0185-0.23970.63620.1215-0.11970.48940.07880.373122.0309-0.244-52.6182
311.68450.0369-0.25790.0922-0.52164.9922-0.00360.3681-0.0781-0.60010.01710.0858-0.16910.0686-0.03310.37940.0008-0.00910.1993-0.04260.147128.7563-8.7757-43.5891
321.8094-0.7842-0.44631.93-0.183.6091-0.01550.4268-0.1064-0.72080.08090.18450.0886-0.3011-0.02650.4552-0.0355-0.03050.2348-0.02190.161425.5306-10.3071-45.5437
331.9844-0.0505-0.89190.2266-0.70022.97030.13080.34320.1621-0.56710.0044-0.4431-0.58530.3936-0.07910.5309-0.05380.14740.3071-0.02390.211840.5399-2.1707-46.6892
344.27311.90866.14513.07592.21568.9889-0.4546-0.10370.485-0.90840.0756-0.2275-1.00560.16070.32690.589-0.01640.04540.28740.04580.308334.40349.3123-43.348
355.2251.4601-4.81449.1029-1.95634.47990.84521.54111.0828-1.08270.2051-0.0984-0.8446-1.3326-1.06770.74420.0214-0.03990.46010.13080.371129.60615.7869-57.0812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 8 )A-1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 33 )A9 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 63 )A34 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 77 )A64 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 121 )A78 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 122 through 132 )A122 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 133 through 147 )A133 - 147
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 148 through 158 )A148 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 159 through 172 )A159 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 19 through 33 )B19 - 33
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 34 through 63 )B34 - 63
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 64 through 81 )B64 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 82 through 113 )B82 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 114 through 140 )B114 - 140
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 141 through 148 )B141 - 148
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 149 through 169 )B149 - 169
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 3 through 18 )C3 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 19 through 33 )C19 - 33
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 34 through 63 )C34 - 63
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 64 through 77 )C64 - 77
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 78 through 113 )C78 - 113
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 114 through 132 )C114 - 132
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 133 through 147 )C133 - 147
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 148 through 158 )C148 - 158
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 159 through 169 )C159 - 169
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 3 through 18 )D3 - 18
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 19 through 33 )D19 - 33
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 34 through 63 )D34 - 63
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 64 through 77 )D64 - 77
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 78 through 100 )D78 - 100
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 101 through 113 )D101 - 113
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 114 through 147 )D114 - 147
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 148 through 158 )D148 - 158
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 159 through 168 )D159 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る