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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7q5n | |||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Ahp1-Urm1 complex | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / urmylation / Urm1 / ubiquitin-like | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtRNA thio-modification / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion ...tRNA thio-modification / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||||||||
Authors | Ravichandran, K.E. / Wilk, P. / Grudnik, P. / Glatt, S. | |||||||||||||||
| Funding support | Poland, 4items
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Citation | Journal: Embo J. / Year: 2022Title: E2/E3-independent ubiquitin-like protein conjugation by Urm1 is directly coupled to cysteine persulfidation. Authors: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / ...Authors: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / Grudnik, P. / Jankowska, U. / Leidel, S.A. / Schaffrath, R. / Glatt, S. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7q5n.cif.gz | 739.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7q5n.ent.gz | 552.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7q5n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5n | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7q68C ![]() 7q69C ![]() 7q6aC ![]() 4dsrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 18160.523 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: C30S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus)Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0014370 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 12482.196 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: C55S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus)Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: URM1, CTHT_0062030 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 M Zinc Acetate Dihydrate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 4 % w/v polyethylene glycol 8000, 30 % w/v ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 87068 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 78.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 10.94 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.57 Å / Num. unique obs: 8611 / CC1/2: 0.386 / Rrim(I) all: 4.236 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4dsr Resolution: 2.5→48.47 Å / SU ML: 0.516 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.7581 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 109.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→48.47 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Chaetomium thermophilum (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
Poland, 4items
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