PDB-7q6a: Crystal structure of Chaetomium thermophilum C30S Ahp1 in post-re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q6a

タイトル

Crystal structure of Chaetomium thermophilum C30S Ahp1 in post-reaction state

要素

Thioredoxin domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / urmylation / Urm1 / ubiquitin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Ravichandran, K.E. / Wilk, P. / Grudnik, P. / Glatt, S.

資金援助

ポーランド, 4件

組織	認可番号	国
Foundation for Polish Science	TEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6	ポーランド
European Research Council (ERC)	101001394	ポーランド
Polish National Science Centre	2018/31/B/NZ1/03559	ポーランド
Foundation for Polish Science	FirstTEAM/2016-1/2	ポーランド

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: E2/E3-independent ubiquitin-like protein conjugation by Urm1 is directly coupled to cysteine persulfidation.
著者: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / ...

履歴

登録	2021年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.2	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q6a.cif.gz	205.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q6a.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/7q6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/7q6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q5nC 7q68C 7q69C 4dsrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thioredoxin domain-containing protein

B: Thioredoxin domain-containing protein

ヘテロ分子

36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.842, 41.101, 60.820
Angle α, β, γ (deg.)	77.090, 75.120, 67.270
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Thioredoxin domain-containing protein 分子量: 18000.326 Da / 分子数: 2 / 変異: C30S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0014370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1P8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Sodium cacodylate -pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→32.46 Å / Num. obs: 112459 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.702 % / B_iso Wilson estimate: 15.437 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.841 / Net I/σ(I): 10.94 / Num. measured all: 416316 / Scaling rejects: 46

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.1-1.12	3.641	1.382	0.97	27082	9343	7438	0.464	1.608	79.6
1.12-1.16	3.71	1.082	1.32	29526	9091	7959	0.559	1.258	87.5
1.16-1.19	3.673	0.882	1.6	28359	8856	7721	0.631	1.028	87.2
1.19-1.23	3.578	0.749	1.84	25728	8567	7190	0.699	0.877	83.9
1.23-1.27	3.771	0.621	2.3	28294	8297	7504	0.776	0.721	90.4
1.27-1.31	3.759	0.484	2.88	27058	8013	7199	0.85	0.562	89.8
1.31-1.36	3.749	0.401	3.39	26403	7772	7043	0.887	0.466	90.6
1.36-1.41	3.74	0.319	4.2	25042	7475	6696	0.92	0.372	89.6
1.41-1.48	3.568	0.24	5.36	21771	7152	6101	0.945	0.281	85.3
1.48-1.55	3.771	0.166	7.78	24009	6861	6367	0.974	0.194	92.8
1.55-1.63	3.79	0.123	10.17	23050	6527	6082	0.986	0.143	93.2
1.63-1.73	3.761	0.095	12.98	21522	6146	5722	0.991	0.11	93.1
1.73-1.85	3.728	0.072	16.63	19851	5758	5325	0.994	0.084	92.5
1.85-2	3.521	0.052	21.23	16850	5387	4786	0.997	0.061	88.8
2-2.19	3.638	0.038	27.94	16324	4969	4487	0.998	0.045	90.3
2.19-2.45	3.764	0.034	32.62	15942	4456	4235	0.998	0.039	95
2.45-2.83	3.767	0.03	36.01	14125	3959	3750	0.998	0.035	94.7
2.83-3.47	3.656	0.029	39.95	11303	3333	3092	0.998	0.034	92.8
3.47-4.9	3.643	0.027	43.48	8611	2576	2364	0.998	0.032	91.8
4.9-32.46	3.91	0.025	45.78	5466	1421	1398	0.999	0.029	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2-3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DSR

4dsr

解像度: 1.1→32.46 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1739	5612	4.99 %
R_work	0.1614	106838	-
obs	0.162	112450	89.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.41 Å² / B_iso mean: 19.7503 Å² / B_iso min: 6.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→32.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2466	0	79	449	2994
B_iso mean	-	-	48.89	30.66	-
残基数	-	-	-	-	335

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.3439	132	0.3574	2826	2958	70
1.11-1.12	0.3059	180	0.2984	3476	3656	88
1.12-1.14	0.2981	203	0.2941	3452	3655	88
1.14-1.15	0.303	201	0.2953	3550	3751	88
1.15-1.16	0.3039	166	0.2705	3489	3655	87
1.16-1.18	0.2685	186	0.2699	3432	3618	87
1.18-1.2	0.2521	174	0.2552	3493	3667	86
1.2-1.22	0.2697	171	0.254	3184	3355	81
1.22-1.23	0.2413	208	0.2425	3550	3758	89
1.23-1.25	0.248	179	0.2337	3593	3772	90
1.25-1.28	0.2255	199	0.2197	3581	3780	90
1.28-1.3	0.2366	163	0.2123	3607	3770	90
1.3-1.32	0.2187	194	0.2079	3643	3837	90
1.32-1.35	0.2027	204	0.2046	3578	3782	91
1.35-1.38	0.238	184	0.1935	3656	3840	90
1.38-1.41	0.1819	189	0.186	3487	3676	89
1.41-1.45	0.1892	195	0.1854	3501	3696	88
1.45-1.49	0.1808	173	0.1769	3393	3566	84
1.49-1.53	0.1674	200	0.1526	3666	3866	93
1.53-1.58	0.169	185	0.1527	3726	3911	93
1.58-1.64	0.1541	196	0.1425	3755	3951	94
1.64-1.7	0.1575	183	0.1477	3712	3895	93
1.7-1.78	0.1635	188	0.149	3738	3926	93
1.78-1.87	0.1735	204	0.143	3643	3847	92
1.87-1.99	0.1559	182	0.1397	3515	3697	89
1.99-2.14	0.1453	182	0.1363	3541	3723	88
2.15-2.36	0.1445	200	0.1309	3776	3976	95
2.36-2.7	0.1512	200	0.1349	3805	4005	95
2.7-3.4	0.169	188	0.142	3721	3909	93
3.4-32.46	0.1436	203	0.1402	3749	3952	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0846	0.3867	-0.1013	2.8981	0.9064	1.0613	-0.0143	0.0424	-0.0216	-0.015	-0.0172	0.131	0.0306	-0.0522	0.0454	0.0622	0.0066	-0.0234	0.0726	0.0072	0.0686	-29.6713	-2.6046	-22.4139
2	3.3039	-0.1812	-0.1561	5.1646	-0.2888	3.9665	0.0138	-0.0233	0.079	-0.0615	0.0321	-0.261	-0.057	0.2807	-0.0432	0.0766	-0.0029	-0.0073	0.0836	-0.0095	0.1043	-13.8269	5.8309	-17.9982
3	2.4159	0.6626	1.3141	3.0151	1.3159	3.9195	-0.0828	0.4498	0.1761	-0.4482	0.0748	0.0407	-0.3217	-0.1666	0.0107	0.1526	0.0002	0.017	0.1717	0.0285	0.0825	-18.5673	4.7335	-33.641
4	1.0724	0.2805	-0.0792	1.6615	0.6071	1.1982	0.0061	0.1183	0.073	-0.1634	-0.0128	0.0641	-0.0771	-0.0427	0.0037	0.075	0.0087	-0.0108	0.0676	0.0072	0.0798	-25.7493	4.8456	-22.8643
5	2.2458	0.7754	-0.2313	3.5521	0.3654	1.464	-0.0271	-0.0947	-0.1765	0.2976	0.0333	-0.0772	0.1115	0.0594	-0.0115	0.0987	0.0125	-0.0197	0.0712	0.0105	0.0957	-19.92	-7.744	-14.0009
6	6.9151	1.1049	4.2962	3.8274	2.0765	6.6272	0.0386	0.3897	-0.2754	-0.1853	0.0456	-0.0878	0.0879	0.0885	-0.0952	0.0875	0.0007	0.0145	0.0646	-0.0252	0.0851	-20.9675	-10.83	-29.4147
7	6.9393	-1.7158	6.274	7.7312	-3.865	6.9224	0.1133	0.0251	-0.2097	-0.023	-0.0147	-0.3211	0.1607	0.0899	-0.1132	0.0679	0.0061	0.0174	0.1244	-0.0309	0.1327	-7.9027	-4.059	-22.1178
8	2.8473	0.8115	2.7876	8.2575	3.7505	3.8515	0.0543	0.5963	-0.434	-0.5947	0.1999	-0.3324	0.4218	-0.1282	-0.2409	0.2141	-0.0299	0.0391	0.2105	-0.0439	0.1308	-13.952	-4.8615	-35.7198
9	1.3238	0.1294	-0.3693	0.9593	-0.0013	2.6155	0.1038	-0.4238	0.0756	0.1852	-0.0858	-0.0071	0.0026	0.2658	-0.0345	0.1149	-0.0502	-0.0023	0.1915	-0.0308	0.0987	-14.2609	15.4069	3.0465
10	1.1177	0.1242	0.6385	4.9247	2.6336	3.8145	0.08	-0.1593	0.3706	-0.02	-0.077	0.193	-0.3933	-0.1838	0.052	0.1294	0.0011	0.0515	0.1139	-0.0371	0.183	-28.2581	21.7748	-2.5096
11	1.5562	0.0908	-0.4522	0.5423	0.1556	2.2247	0.0971	-0.2696	0.0873	0.1482	-0.0721	0.0403	-0.0264	0.0775	-0.0196	0.0861	-0.0317	0.0095	0.0989	-0.0159	0.0708	-20.4787	13.5622	-0.4964
12	2.3708	1.7367	2.6196	2.9165	2.4888	3.2918	0.0952	-0.5734	0.1686	0.2478	-0.112	0.2256	-0.1728	0.1528	0.0894	0.1813	-0.0972	0.0444	0.3359	-0.0728	0.0728	-24.7289	17.6337	12.1085
13	6.5118	3.0589	1.54	5.1512	-3.165	8.4727	0.3416	-0.4065	0.1634	0.041	-0.0532	0.3301	0.1059	-0.3614	-0.1897	0.0928	-0.0038	0.0292	0.1878	-0.041	0.1638	-36.6536	14.6679	4.2938
14	4.4916	-3.3948	0.0248	7.9175	2.8497	8.6269	-0.1388	-0.7807	0.3683	0.7193	0.069	0.363	-0.4891	-0.2312	0.1716	0.2858	-0.0446	0.1314	0.2791	-0.1714	0.2736	-30.3345	26.8086	10.1677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 51 )	A	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 63 )	A	52 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 77 )	A	64 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 113 )	A	78 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 132 )	A	114 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 133 through 147 )	A	133 - 147
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 148 through 158 )	A	148 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 159 through 168 )	A	159 - 168
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 51 )	B	2 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 52 through 77 )	B	52 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 78 through 131 )	B	78 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 148 )	B	132 - 148
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 149 through 158 )	B	149 - 158
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 159 through 168 )	B	159 - 168

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)