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万見
- PDB-7q68: Crystal structure of Chaetomium thermophilum wild-type Ahp1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q68
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum wild-type Ahp1
要素Thioredoxin domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / urmylation / Urm1 / ubiquitin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin AHP1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ravichandran, K.E. / Wilk, P. / Grudnik, P. / Glatt, S.
資金援助 ポーランド, 4件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
European Research Council (ERC)101001394 ポーランド
Polish National Science Centre2018/31/B/NZ1/03559 ポーランド
Foundation for Polish ScienceFirstTEAM/2016-1/2 ポーランド
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: E2/E3-independent ubiquitin-like protein conjugation by Urm1 is directly coupled to cysteine persulfidation.
著者: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / ...著者: Ravichandran, K.E. / Kaduhr, L. / Skupien-Rabian, B. / Shvetsova, E. / Sokolowski, M. / Krutyholowa, R.C. / Kwasna, D. / Brachmann, C. / Lin, S. / Guzman Perez, S. / Wilk, P. / Kosters, M. / Grudnik, P. / Jankowska, U. / Leidel, S.A. / Schaffrath, R. / Glatt, S.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5857
ポリマ－18,0161
非ポリマー5686
水1,820101
1
A: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子

A: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,17014
ポリマ－36,0332
非ポリマー1,13712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+3/41
Buried area3890 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.249, 75.249, 110.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-471-

HOH

21A-493-

HOH

31A-500-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin domain-containing protein


分子量: 18016.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0014370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1P8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Sodium cacodylate -pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.92 Å / Num. obs: 32659 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.329 % / Biso Wilson estimate: 39.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14.81
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 9.456 % / Rmerge(I) obs: 1.883 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 5130 / CC1/2: 0.719 / Rrim(I) all: 1.991 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DSR

4dsr


解像度: 1.75→47.92 Å / SU ML: 0.2505 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4544
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 1629 5 %
Rwork0.1878 30961 -
obs0.1885 32590 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1246 0 32 101 1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00491305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58361777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6166453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80.39671290.37312477X-RAY DIFFRACTION98.27
1.8-1.860.38571320.3372534X-RAY DIFFRACTION99.66
1.86-1.920.34311340.30082541X-RAY DIFFRACTION99.66
1.92-20.26341330.2422514X-RAY DIFFRACTION99.36
2-2.090.2241360.21272560X-RAY DIFFRACTION99.59
2.09-2.20.23621340.19052557X-RAY DIFFRACTION99.89
2.2-2.340.24341340.18152555X-RAY DIFFRACTION99.67
2.34-2.520.19131360.19372578X-RAY DIFFRACTION99.85
2.52-2.780.21141360.20322586X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.180.22681380.20062609X-RAY DIFFRACTION99.93
3.18-40.18321390.17432646X-RAY DIFFRACTION99.79
4-47.920.16991480.16422804X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.571676767051.644037793485.042440773321.958219251852.09529656773.977009526770.06560510087490.482623725013-0.1612215352540.280172605820.113213936949-0.3973854382020.04809533073510.884140819898-0.3194336673840.35663273864-0.0273129456543-0.02414777076880.5720095720730.06292938717320.3608275276834.970288661870.196429243341.5230573713
24.5211496913-4.71439510923-3.553201172545.019548058544.484952153967.580897161860.02166415355460.288437956039-0.251997423241-0.0533298318755-0.23659791450.4122097414390.559055395726-0.8951199790540.2336085628820.347218512191-0.03091056965330.004356905113610.5000558198050.01518030583970.44665662060110.292447413773.097113227831.4232917196
38.505537498674.67194925491.603480342658.379565304650.2292307200251.41423297828-0.3770546059340.408941841830.248459237312-0.3044571107650.108130477705-0.408114541369-1.08627772091.051789653590.2552777232810.323761326696-0.0805058954111-0.05173384160870.4607732209190.1173773177780.32985223722129.592924301476.357557931837.0919595436
43.917961227442.471053299590.2736783589188.781068344154.623839220832.996477278060.0491491581568-2.125691591580.5463247256482.33228549569-0.6053389280591.1587535380.227517912624-0.6789691856260.570882758260.767706237407-0.01054505505250.1615362315740.828823439421-0.07682193719330.52351959526813.683110605968.31705104952.15625923
54.374808499760.1310223378091.219833142441.99492112813-0.481236524084.35414160458-0.172734659276-0.1701297353090.2251414671940.1547062382780.0023772868676-0.0541296725302-0.3628210366370.1366856189580.1715878004120.3644434837590.00257734504617-0.009337547009740.3746535567830.02905835650640.32259556643921.006871895973.259413108543.6146071547
66.681818586460.5396559712950.3507086619733.8387836814-0.6265782824116.95192302458-0.167899888592-0.06245430654070.5501342522340.37630088328-0.00442308301881-0.311404063402-0.6736532855570.5829315188720.2586940647950.356094739921-0.0834591954243-0.1133261337150.5012139795150.04670811451560.40969648944832.502872605375.643110843448.6196424839
79.142548579220.9168955312290.5571418099512.39464947531-1.298028219869.33364670993-0.426780016024-1.282015511870.3534900673070.174662492433-0.201805132961-0.112209116009-0.8540824865870.06327831408030.6722447947330.5576132960750.0133456929922-0.1076997751120.653591985673-0.06592895010930.43131701915326.764991945377.530631677656.3334544459
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 18 )1 - 181 - 18
22chain 'A' and (resid 19 through 33 )19 - 3319 - 33
33chain 'A' and (resid 34 through 51 )34 - 5134 - 51
44chain 'A' and (resid 52 through 63 )52 - 6352 - 63
55chain 'A' and (resid 64 through 131 )64 - 13164 - 132
66chain 'A' and (resid 132 through 148 )132 - 148133 - 149
77chain 'A' and (resid 149 through 169 )149 - 169150 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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