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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q4f | ||||||
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タイトル | Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme | ||||||
![]() | Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / coproheme decarboxylase / coproporphyrin dependent heme b biosynthesis / porphyrin binding alpha-beta barrel protein | ||||||
機能・相同性 | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / Chem-FEC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Initial Steps to Engineer Coproheme Decarboxylase to Obtain Stereospecific Monovinyl, Monopropionyl Deuterohemes. 著者: Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 844.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 594.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27265.926 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BT093_04375 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FEC / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20 %w/v PEG 3350 (Polymer), 0.1 M CBTP 6.4 pH (Buffer) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日 / 詳細: KB mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→43.509 Å / Num. obs: 77872 / % possible obs: 96.95 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.3783 / Rrim(I) all: 0.3883 / Net I/σ(I): 9.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 6892 / CC1/2: 0.223 / Rrim(I) all: 4.259 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6XUC 解像度: 2.15→43.51 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 523.75 / 位相誤差: 25.8463 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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