PDB-7q4f: Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipthth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q4f

タイトル

Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

要素

Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / coproheme decarboxylase / coproporphyrin dependent heme b biosynthesis / porphyrin binding alpha-beta barrel protein

機能・相同性

Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / Chem-FEC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2021
タイトル: Initial Steps to Engineer Coproheme Decarboxylase to Obtain Stereospecific Monovinyl, Monopropionyl Deuterohemes.
著者: Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S.

履歴

登録	2021年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q4f.cif.gz	844.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q4f.ent.gz	594.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q4f_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q4f_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7q4f_validation.xml.gz	51.3 KB	表示
CIF形式データ	7q4f_validation.cif.gz	70.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q4gC 6xucS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7q4g-d 6xuc-d 6xub-d 5loq-d 3dtz-d 6fxq-d 1t0t-d 4wws-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

B: Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

C: Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

D: Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

E: Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme

ヘテロ分子

140 kDa, 5 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.809, 141.809, 124.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	149
Space group name H-M	P312
Space group name Hall	P32
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: -y,-x,-z #5: -x+y,y,-z #6: x,x-y,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-507- HOH
2	1	D-521- HOH

#1: タンパク質	Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme 分子量: 27265.926 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 遺伝子: BT093_04375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: A0A2T1BSE4
#2: 化合物	ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III 分子量: 708.538 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₃₆FeN₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 %w/v PEG 3350 (Polymer), 0.1 M CBTP 6.4 pH (Buffer)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日 / 詳細: KB mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→43.509 Å / Num. obs: 77872 / % possible obs: 96.95 % / 冗長度: 19.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.3783 / R_rim(I) all: 0.3883 / Net I/σ(I): 9.37
反射シェル	解像度: 2.15→2.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 6892 / CC_1/2: 0.223 / R_rim(I) all: 4.259

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB-REDO		精密化
PHENIX	dev_4380	精密化
XDS		データ削減
EDNA		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6XUC

6xuc

解像度: 2.15→43.51 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 523.75 / 位相誤差: 25.8463
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	2131	3 %
R_work	0.1395	68842	-
obs	0.1416	70973	91.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9370	0	269	648	10287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	9961
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6021	13558
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0455	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.2379	1390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.2905	109	0.2491	3777	X-RAY DIFFRACTION	68.57
2.2-2.26	0.3136	113	0.2349	3996	X-RAY DIFFRACTION	72.09
2.26-2.33	0.273	125	0.2307	4304	X-RAY DIFFRACTION	77.52
2.33-2.41	0.272	135	0.2219	4511	X-RAY DIFFRACTION	82.02
2.41-2.49	0.2746	134	0.2048	4799	X-RAY DIFFRACTION	86.25
2.49-2.59	0.2455	140	0.1914	4913	X-RAY DIFFRACTION	88.97
2.59-2.71	0.2028	150	0.1778	5095	X-RAY DIFFRACTION	91.59
2.71-2.85	0.2101	149	0.1663	5156	X-RAY DIFFRACTION	93.14
2.85-3.03	0.1857	155	0.146	5271	X-RAY DIFFRACTION	95.13
3.03-3.26	0.1848	153	0.133	5385	X-RAY DIFFRACTION	96.18
3.26-3.59	0.1479	158	0.1222	5356	X-RAY DIFFRACTION	96.77
3.59-4.11	0.1617	160	0.1086	5445	X-RAY DIFFRACTION	96.97
4.11-5.18	0.1285	155	0.0952	5433	X-RAY DIFFRACTION	97.16
5.18-43.51	0.1862	163	0.1386	5533	X-RAY DIFFRACTION	96.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.48258149304	-0.134568655668	-0.390231376881	0.209867596705	-0.526389689956	2.84404762356	0.381560842131	-0.590405863699	0.0347508392223	0.455299467243	-0.478036099138	-0.274553228961	-0.000706965481803	0.186211087574	0.0357612693788	0.304402441983	-0.112376923511	-0.0324773354181	0.467035792941	-0.0337233288276	0.184804649407	-13.9258706083	58.0468705393	49.8320092652
2	2.36350074004	-1.07679995888	0.26230499656	2.0399869844	-1.63660016718	3.17894287602	-0.0316992315445	-0.547246458305	0.110379892953	0.701894763309	-0.108223017644	-0.468660569187	-0.276739063967	0.466686132467	0.0980078105138	0.588044330872	-0.15533636443	-0.0897752947244	0.6384628697	-0.0478443931468	0.276907968887	-11.5269465939	55.0419937842	59.7151969597
3	5.82728699515	1.48818270267	-0.26348603761	2.22013724247	0.254929659736	1.11995015792	0.0421096488425	-0.39028614693	-0.194035798594	0.171889631894	-0.168888833814	-0.157044471769	-0.0863816402951	-0.156196864302	0.140696814825	0.38981947113	-0.0694718903656	0.0206662622347	0.344206376709	-0.0460794617255	0.157245572402	-18.3502205131	53.8495679816	48.9429941606
4	5.22893238555	0.0451161238606	-1.49695460617	2.88902929138	-4.90791340902	8.94538552221	0.195307796761	-0.763692691584	0.184961702751	0.538066243085	-0.0219376949387	-0.470035570961	-0.290621410869	0.819197275264	-0.097209809372	0.375097447365	-0.119135223093	-0.0504591395895	0.42718973323	-0.00456363771227	0.30023426868	-4.79304640147	51.6324375686	50.1707954635
5	2.13300407748	0.252591861741	-0.173347266791	1.44934502688	-0.25234519863	1.32254874632	0.17122435899	-0.277460896623	0.290782633831	0.27662338945	-0.192421876565	-0.0480659248976	-0.249004427491	-0.0184442527015	-0.005142569549	0.293130332869	-0.0664500443593	0.0342219501131	0.251802620707	-0.0735563949983	0.226285556934	-18.4780493182	63.569816414	41.1369112461
6	7.45394402738	2.01751712128	-4.85231507032	4.61411010131	-2.64055454115	9.22883700942	0.237497821581	0.183174531578	0.774907469338	0.361781406496	-0.0925691900937	0.459563288434	-0.402293390947	-0.46085504983	-0.228850030017	0.343073692925	0.0402844130178	0.0393083436074	0.20161473211	-0.0110589263312	0.393361839223	-27.1876380751	76.4626533854	30.7311790164
7	9.15567260265	-3.49160377818	-3.87067049977	1.44681322764	1.96629305405	4.40260121695	0.0783934467769	0.408706318431	0.32425034408	0.189237122324	-0.250542474781	0.166911346111	-0.577705602362	-0.326061245427	0.245989526794	0.463336445466	-0.0973398804182	0.0212301094413	0.353003814682	-0.141804849277	0.371331958068	-27.4620094311	70.9506064407	44.9637288743
8	1.84941069127	0.379402205144	-1.86549127122	1.79380004153	-1.41608859414	4.47492297098	0.0615641999553	-0.264193123345	0.117759711379	0.21672916316	-0.214884242593	-0.00397586823981	0.057696116252	-0.130842882818	0.177651738515	0.250534194655	-0.103568965361	0.0222352481628	0.287056668606	-0.0649849335105	0.183043572037	-20.1709282662	61.8508184564	40.3248308745
9	2.3611537909	1.45224908244	-0.173023363625	1.71948919561	-1.83445354091	3.88815500287	0.245719231311	-0.171539797358	0.285754657676	0.245492189308	-0.0583299681243	0.195135548527	-0.463665639209	-0.383738102844	-0.213484457272	0.260689547324	-0.0428913112578	0.0612296044362	0.263515625439	-0.0685134741691	0.274136906621	-32.2296201575	63.9158777037	36.6351823054
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37	2.82408415398	0.229898564616	0.460069685272	4.55355000187	-1.03534828941	3.81172490994	0.010438299975	0.277842437049	-0.784055787186	-0.143268010263	-0.249029742299	-0.411840322205	1.08768179314	-0.176905428182	0.216787348377	0.63601909222	0.0242546106532	0.116373231453	0.351025384642	-0.150354093875	0.747104478216	-7.71970431918	14.6811006252	18.1106570391
38	1.78751972379	0.0937553232483	0.171861656339	1.59087746978	0.105913989023	0.95929707905	-0.0373517397459	0.320714406702	-0.516681744693	-0.172877753972	-0.0445450851032	-0.0732947400927	0.3608072157	-0.213596267378	0.0617555340412	0.408530446129	-0.0962077632571	0.11275835891	0.357895480808	-0.140785058249	0.389332845889	-16.86665734	27.6359758163	13.5281659223
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40	1.54812739138	-0.0179725012773	-0.252888031782	1.70000853822	0.0864183938693	0.989322038166	-0.0785347814565	0.402404033696	-0.333536657237	-0.189954423577	-0.0494743913417	-0.171721972432	0.179622087658	-0.053670006509	0.133362324266	0.309932446729	-0.0437225656551	0.0667949184625	0.344311402492	-0.0972439484716	0.27574871556	-10.7863189167	36.1651348619	11.4785748314

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 33 )	A	A	6 - 33	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 34 through 60 )	A	A	34 - 60	29 - 55
3	3	chain 'A' and (resid 61 through 78 )	A	A	61 - 78	56 - 73
4	4	chain 'A' and (resid 79 through 92 )	A	A	79 - 92	74 - 87
5	5	chain 'A' and (resid 93 through 147 )	A	A	93 - 147	88 - 142
6	6	chain 'A' and (resid 148 through 162 )	A	A	148 - 162	143 - 157
7	7	chain 'A' and (resid 163 through 174 )	A	A	163 - 174	158 - 169
8	8	chain 'A' and (resid 175 through 191 )	A	A	175 - 191	170 - 186
9	9	chain 'A' and (resid 192 through 216 )	A	A	192 - 216	187 - 211
10	10	chain 'A' and (resid 217 through 235 )	A	A	217 - 235	212 - 230
11	11	chain 'B' and (resid 6 through 33 )	B	D	6 - 33	1 - 28
12	12	chain 'B' and (resid 34 through 78 )	B	D	34 - 78	29 - 73
13	13	chain 'B' and (resid 79 through 92 )	B	D	79 - 92	74 - 87
14	14	chain 'B' and (resid 93 through 147 )	B	D	93 - 147	88 - 142
15	15	chain 'B' and (resid 148 through 162 )	B	D	148 - 162	143 - 157
16	16	chain 'B' and (resid 163 through 191 )	B	D	163 - 191	158 - 186
17	17	chain 'B' and (resid 192 through 203 )	B	D	192 - 203	187 - 198
18	18	chain 'B' and (resid 204 through 221 )	B	D	204 - 221	199 - 216
19	19	chain 'B' and (resid 222 through 235 )	B	D	222 - 235	217 - 230
20	20	chain 'C' and (resid 6 through 33 )	C	G	6 - 33	1 - 28
21	21	chain 'C' and (resid 34 through 60 )	C	G	34 - 60	29 - 55
22	22	chain 'C' and (resid 61 through 92 )	C	G	61 - 92	56 - 87
23	23	chain 'C' and (resid 93 through 130 )	C	G	93 - 130	88 - 125
24	24	chain 'C' and (resid 131 through 147 )	C	G	131 - 147	126 - 142
25	25	chain 'C' and (resid 148 through 162 )	C	G	148 - 162	143 - 157
26	26	chain 'C' and (resid 163 through 191 )	C	G	163 - 191	158 - 186
27	27	chain 'C' and (resid 192 through 203 )	C	G	192 - 203	187 - 198
28	28	chain 'C' and (resid 204 through 235 )	C	G	204 - 235	199 - 230
29	29	chain 'D' and (resid 6 through 33 )	D	I	6 - 33	1 - 28
30	30	chain 'D' and (resid 34 through 78 )	D	I	34 - 78	29 - 73
31	31	chain 'D' and (resid 79 through 147 )	D	I	79 - 147	74 - 142
32	32	chain 'D' and (resid 148 through 162 )	D	I	148 - 162	143 - 157
33	33	chain 'D' and (resid 163 through 191 )	D	I	163 - 191	158 - 186
34	34	chain 'D' and (resid 192 through 216 )	D	I	192 - 216	187 - 211
35	35	chain 'D' and (resid 217 through 235 )	D	I	217 - 235	212 - 230
36	36	chain 'E' and (resid 6 through 33 )	E	K	6 - 33	1 - 28
37	37	chain 'E' and (resid 34 through 60 )	E	K	34 - 60	29 - 55
38	38	chain 'E' and (resid 61 through 147 )	E	K	61 - 147	56 - 142
39	39	chain 'E' and (resid 148 through 162 )	E	K	148 - 162	143 - 157
40	40	chain 'E' and (resid 163 through 235 )	E	K	163 - 235	158 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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