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- PDB-7q4g: Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipthth... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q4g | ||||||
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Title | Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae Y135A mutant in complex with coproheme | ||||||
![]() | Coproheme decarboxylase from Corynebacterium diphtheriae Y135A mutant in complex with coproheme | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / coproheme decarboxylase / coproporphyrin dependent heme b biosynthesis / porphyrin binding alpha-beta barrel protein | ||||||
Function / homology | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / Chem-FEC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Initial Steps to Engineer Coproheme Decarboxylase to Obtain Stereospecific Monovinyl, Monopropionyl Deuterohemes. Authors: Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 848.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 591.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 53.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7q4fC ![]() 6xucS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27196.865 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: Y135A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FEC / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 3350, MgCl2, Sodium Phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2018 / Details: Toroidal mirror |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→48.31 Å / Num. obs: 659722 / % possible obs: 97.65 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1912 / Rpim(I) all: 0.0796 / Rrim(I) all: 0.2074 / Net I/σ(I): 5.73 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.885 Å / Redundancy: 4.6 % / Num. unique obs: 8371 / CC1/2: 0.221 / Rpim(I) all: 0.9429 / Rrim(I) all: 2.079 / % possible all: 81.68 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6XUC Resolution: 1.82→48.31 Å / SU ML: 0.2659 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.0619 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→48.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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