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Yorodumi- PDB-7q4f: Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipthth... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7q4f | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme | ||||||
Components | Coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae W183Y mutant in complex with coproheme | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / coproheme decarboxylase / coproporphyrin dependent heme b biosynthesis / porphyrin binding alpha-beta barrel protein | ||||||
| Function / homology | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / Chem-FEC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
| Funding support | Austria, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Front Bioeng Biotechnol / Year: 2021Title: Initial Steps to Engineer Coproheme Decarboxylase to Obtain Stereospecific Monovinyl, Monopropionyl Deuterohemes. Authors: Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 7q4f.cif.gz | 844.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7q4f.ent.gz | 594.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7q4f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7q4f_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7q4f_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 7q4f_validation.xml.gz | 51.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 7q4f_validation.cif.gz | 70.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4f | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7q4gC ![]() 6xucS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27265.926 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Gene: BT093_04375 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FEC / #3: Chemical | ChemComp-PGE / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 %w/v PEG 3350 (Polymer), 0.1 M CBTP 6.4 pH (Buffer) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8731 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2021 / Details: KB mirror |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.8731 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.15→43.509 Å / Num. obs: 77872 / % possible obs: 96.95 % / Redundancy: 19.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.3783 / Rrim(I) all: 0.3883 / Net I/σ(I): 9.37 |
| Reflection shell | Resolution: 2.15→2.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 6892 / CC1/2: 0.223 / Rrim(I) all: 4.259 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6XUC Resolution: 2.15→43.51 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 523.75 / Phase error: 25.8463 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 44.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→43.51 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Corynebacterium diphtheriae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Austria, 1items
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