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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7psf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Imipenem | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / OXA / Imipenem | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023 タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity 著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7psf.cif.gz | 395.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7psf.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7psf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7psf_validation.pdf.gz | 992.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7psf_full_validation.pdf.gz | 999.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7psf_validation.xml.gz | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7psf_validation.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7nrjC 7o5nC 7o5tC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pepC 7pfnC 7pgoC 7pseC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES pH 7.5 no Cl-, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91838 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91838 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→49.39 Å / Num. obs: 66086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.695 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4S2P 解像度: 2.1→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.852 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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