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- PDB-7psf: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Imipenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7psf
タイトルCrystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Imipenem
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / OXA / Imipenem
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / BROMIDE ION / Imipenem / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, China)31400663 中国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / : 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.
履歴
登録2021年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Beta-lactamase
BBB: Beta-lactamase
CCC: Beta-lactamase
DDD: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,08712
ポリマ-121,0174
非ポリマー1,0718
4,161231
1
AAA: Beta-lactamase
DDD: Beta-lactamase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 61 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9695
ポリマ-60,5082
非ポリマー4613
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Beta-lactamase
CCC: Beta-lactamase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 61.1 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1187
ポリマ-60,5082
非ポリマー6095
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.420, 107.600, 124.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB
32AAA
42CCC
53AAA
63DDD
74BBB
84CCC
95BBB
105DDD
116CCC
126DDD

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUILEILEAAAA24 - 26419 - 259
221GLUGLUILEILEBBBB24 - 26419 - 259
332LYSLYSILEILEAAAA23 - 26418 - 259
442LYSLYSILEILECCCC23 - 26418 - 259
553GLYGLYPROPROAAAA22 - 26517 - 260
663GLYGLYPROPRODDDD22 - 26517 - 260
774GLUGLUILEILEBBBB24 - 26419 - 259
884GLUGLUILEILECCCC24 - 26419 - 259
995GLUGLUILEILEBBBB24 - 26419 - 259
10105GLUGLUILEILEDDDD24 - 26419 - 259
11116LYSLYSILEILECCCC23 - 26418 - 259
12126LYSLYSILEILEDDDD23 - 26418 - 259

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ID1 / Imipenem


分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C12H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Br
#4: 化合物 ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES pH 7.5 no Cl-, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91838 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91838 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.39 Å / Num. obs: 66086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.695

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2P
解像度: 2.1→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 3258 4.935 %
Rwork0.2408 62754 -
all0.243 --
obs-66012 99.853 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 36.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.549 Å20 Å20 Å2
2---0.138 Å20 Å2
3----4.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7967 0 54 231 8252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0187687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.63611132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2791.58617640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6245973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8922.729480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.607151427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6661548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21751
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.27378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.23983
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.23985
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2690.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2190.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0173.7513892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0163.7513891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3065.6224859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3065.6224860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3754.0474337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3754.0474337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0075.9516271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0075.9516271
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.4442.8139504
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.43342.8129471
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0410.058510
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0540.058486
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0530.058469
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0530.058463
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0520.058410
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0510.058463
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.04050.0501
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.04050.0501
23AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.053570.05009
24CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.053570.05009
35AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052610.05009
36DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052610.05009
47BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052940.05009
48CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052940.05009
59BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051870.05009
510DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051870.05009
611CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051220.05009
612DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051220.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1550.4142540.4444569X-RAY DIFFRACTION99.9378
2.155-2.2140.3962420.4184434X-RAY DIFFRACTION99.7228
2.214-2.2780.3762360.3744358X-RAY DIFFRACTION99.8479
2.278-2.3480.3452040.3474241X-RAY DIFFRACTION99.9101
2.348-2.4250.3822210.3384073X-RAY DIFFRACTION99.8837
2.425-2.510.3382070.3113973X-RAY DIFFRACTION99.8328
2.51-2.6050.3272070.2823841X-RAY DIFFRACTION99.8766
2.605-2.7110.2962050.2583675X-RAY DIFFRACTION99.897
2.711-2.8310.3391770.2353582X-RAY DIFFRACTION99.9734
2.831-2.9690.2971590.2363409X-RAY DIFFRACTION99.8321
2.969-3.130.2461380.2083264X-RAY DIFFRACTION99.9706
3.13-3.320.2771460.223079X-RAY DIFFRACTION99.8143
3.32-3.5490.2591550.2072876X-RAY DIFFRACTION99.5402
3.549-3.8330.2421300.1822731X-RAY DIFFRACTION99.9301
3.833-4.1980.2111200.1712499X-RAY DIFFRACTION99.9237
4.198-4.6930.2181270.1632272X-RAY DIFFRACTION99.9167
4.693-5.4180.1961210.1671995X-RAY DIFFRACTION100
5.418-6.6320.218920.171723X-RAY DIFFRACTION100
6.632-9.3660.209710.1791375X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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