PDB-7psf: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Imipenem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7psf

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Imipenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / Imipenem

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7psf.cif.gz	395.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7psf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7psf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7psf_validation.pdf.gz	992.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7psf_full_validation.pdf.gz	999.1 KB	表示
XML形式データ	7psf_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	7psf_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrjC 7o5nC 7o5tC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pepC 7pfnC 7pgoC 7pseC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.420, 107.600, 124.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	ILE	ILE	AAA	A	24 - 264	19 - 259
2	2	1	GLU	GLU	ILE	ILE	BBB	B	24 - 264	19 - 259
3	3	2	LYS	LYS	ILE	ILE	AAA	A	23 - 264	18 - 259
4	4	2	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
5	5	3	GLY	GLY	PRO	PRO	AAA	A	22 - 265	17 - 260
6	6	3	GLY	GLY	PRO	PRO	DDD	D	22 - 265	17 - 260
7	7	4	GLU	GLU	ILE	ILE	BBB	B	24 - 264	19 - 259
8	8	4	GLU	GLU	ILE	ILE	CCC	C	24 - 264	19 - 259
9	9	5	GLU	GLU	ILE	ILE	BBB	B	24 - 264	19 - 259
10	10	5	GLU	GLU	ILE	ILE	DDD	D	24 - 264	19 - 259
11	11	6	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
12	12	6	LYS	LYS	ILE	ILE	DDD	D	23 - 264	18 - 259

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ID1 / Imipenem 分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O₄S
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION 分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL 分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES pH 7.5 no Cl-, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91838 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91838 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.39 Å / Num. obs: 66086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4413 / CC_1/2: 0.695

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 2.1→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2778	3258	4.935 %
R_work	0.2408	62754	-
all	0.243	-	-
obs	-	66012	99.853 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.549 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.138 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7967	0	54	231	8252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8229
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.636	11132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	1.586	17640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.624	5	973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.89	22.729	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.607	15	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.666	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	7378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.017	3.751	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.016	3.751	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.306	5.622	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.306	5.622	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.375	4.047	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.375	4.047	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.007	5.951	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.007	5.951	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.44	42.813	9504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.433	42.812	9471
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.041	0.05	8510
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.054	0.05	8486
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.053	0.05	8469
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.053	0.05	8463
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.052	0.05	8410
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.051	0.05	8463

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0405	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0405	0.0501
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05357	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05357	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05261	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05261	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05294	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05294	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05187	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05187	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05122	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05122	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.414	254	0.444	4569	X-RAY DIFFRACTION	99.9378
2.155-2.214	0.396	242	0.418	4434	X-RAY DIFFRACTION	99.7228
2.214-2.278	0.376	236	0.374	4358	X-RAY DIFFRACTION	99.8479
2.278-2.348	0.345	204	0.347	4241	X-RAY DIFFRACTION	99.9101
2.348-2.425	0.382	221	0.338	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.8837
2.425-2.51	0.338	207	0.311	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.8328
2.51-2.605	0.327	207	0.282	3841	X-RAY DIFFRACTION	99.8766
2.605-2.711	0.296	205	0.258	3675	X-RAY DIFFRACTION	99.897
2.711-2.831	0.339	177	0.235	3582	X-RAY DIFFRACTION	99.9734
2.831-2.969	0.297	159	0.236	3409	X-RAY DIFFRACTION	99.8321
2.969-3.13	0.246	138	0.208	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.9706
3.13-3.32	0.277	146	0.22	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.8143
3.32-3.549	0.259	155	0.207	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.5402
3.549-3.833	0.242	130	0.182	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.9301
3.833-4.198	0.211	120	0.171	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.9237
4.198-4.693	0.218	127	0.163	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.9167
4.693-5.418	0.196	121	0.167	1995	X-RAY DIFFRACTION	100
5.418-6.632	0.218	92	0.17	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
6.632-9.366	0.209	71	0.179	1375	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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