PDB-7pse: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase_K73ALY Complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pse

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase_K73ALY Complexed with Oxacillin

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / Oxacillin / K73ALY

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pse.cif.gz	207.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pse.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7pse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7pse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrjC 7o5nC 7o5tC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pepC 7pfnC 7pgoC 7psfC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.830, 105.480, 124.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 24 - 265 / Label seq-ID: 19 - 260

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30252.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482LRD5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1S6 / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-1,3-thiazolidine-4-carb oxylic acid / Oxacillin, bound form 分子量: 403.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH, mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→53.76 Å / Num. obs: 26329 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2438 / CC_1/2: 0.566

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SADABS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 2.32→53.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 15.429 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.276 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2886	1266	4.817 %
R_work	0.2352	25014	-
all	0.238	-	-
obs	-	26280	99.215 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.801 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.452 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→53.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3958	0	77	64	4099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.639	5592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.195	1.586	8869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.153	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.754	22.743	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.295	15	705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.331	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.125	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.956	4.841	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.957	4.841	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.128	7.243	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.128	7.245	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.614	5.122	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.613	5.122	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.765	7.546	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.764	7.546	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.528	54.579	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.528	54.585	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	8270

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07424	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07424	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.38	0.395	96	0.385	1725	X-RAY DIFFRACTION	94.4502
2.38-2.445	0.374	103	0.38	1733	X-RAY DIFFRACTION	97.504
2.445-2.516	0.349	81	0.352	1720	X-RAY DIFFRACTION	98.2007
2.516-2.594	0.355	71	0.313	1668	X-RAY DIFFRACTION	99.4282
2.594-2.679	0.369	81	0.302	1642	X-RAY DIFFRACTION	99.942
2.679-2.773	0.329	88	0.298	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.773-2.877	0.362	59	0.291	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.877-2.995	0.335	77	0.282	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.995-3.128	0.394	73	0.262	1401	X-RAY DIFFRACTION	99.8645
3.128-3.28	0.29	78	0.241	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.458	0.308	57	0.223	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.458-3.667	0.311	64	0.218	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
3.667-3.92	0.231	51	0.189	1167	X-RAY DIFFRACTION	99.918
3.92-4.234	0.233	64	0.164	1083	X-RAY DIFFRACTION	99.8259
4.234-4.638	0.218	57	0.164	998	X-RAY DIFFRACTION	99.9053
4.638-5.184	0.23	48	0.174	923	X-RAY DIFFRACTION	100
5.184-5.984	0.205	43	0.164	812	X-RAY DIFFRACTION	100
5.984-7.325	0.236	31	0.175	720	X-RAY DIFFRACTION	100
7.325-10.342	0.24	27	0.188	559	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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