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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ps0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with beta-24 Fabs | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 alpha variant / beta variant / gamma variant / delta variant / B.1.1.7 / B.1.351 / P.1 / B.1.617.2 / antibody / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022 タイトル: The antibody response to SARS-CoV-2 Beta underscores the antigenic distance to other variants. 著者: Chang Liu / Daming Zhou / Rungtiwa Nutalai / Helen M E Duyvesteyn / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Wanwisa Dejnirattisai / Piyada Supasa / Alexander J Mentzer / Beibei Wang / James ...著者: Chang Liu / Daming Zhou / Rungtiwa Nutalai / Helen M E Duyvesteyn / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Wanwisa Dejnirattisai / Piyada Supasa / Alexander J Mentzer / Beibei Wang / James Brett Case / Yuguang Zhao / Donal T Skelly / Rita E Chen / Sile Ann Johnson / Thomas G Ritter / Chris Mason / Tariq Malik / Nigel Temperton / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Daniel K Clare / Andrew Howe / Philip J R Goulder / Elizabeth E Fry / Michael S Diamond / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton / 要旨: Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape ...Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape from natural or vaccine-induced immunity. Beta is particularly difficult to neutralize using serum induced by early pandemic SARS-CoV-2 strains and is most antigenically separated from Delta. To understand this, we generated 674 mAbs from Beta-infected individuals and performed a detailed structure-function analysis of the 27 most potent mAbs: one binding the spike N-terminal domain (NTD), the rest the receptor-binding domain (RBD). Two of these RBD-binding mAbs recognize a neutralizing epitope conserved between SARS-CoV-1 and -2, while 18 target mutated residues in Beta: K417N, E484K, and N501Y. There is a major response to N501Y, including a public IgVH4-39 sequence, with E484K and K417N also targeted. Recognition of these key residues underscores why serum from Beta cases poorly neutralizes early pandemic and Delta viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ps0.cif.gz | 588.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ps0.ent.gz | 407 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ps0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ps0_validation.pdf.gz | 506.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ps0_full_validation.pdf.gz | 517.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ps0_validation.xml.gz | 42.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ps0_validation.cif.gz | 57.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7ps0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7ps0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7prySC 7przC 7ps1C 7ps2C 7ps3C 7ps4C 7ps5C 7ps6C 7ps7C 7q0gC 7q0hC 7q0iC 7q6eC 7q9fC 7q9gC 7q9iC 7q9jC 7q9kC 7q9mC 7q9pC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23646.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 24294.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 22883.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5 and 20% (w/v) PEG 5000 MME. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.92→67 Å / Num. obs: 32399 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 67.16 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.482 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.92→2.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1476 / CC1/2: 0.467 / % possible all: 93.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PRY 解像度: 2.92→65.25 Å / SU ML: 0.4821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5168 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.92→65.25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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