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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pou | ||||||
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タイトル | Crystal structure of profragilysin-3 (proBFT-3) from Bacteroides fragilis in complex with hesperetin. | ||||||
![]() | BFT-3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / protease / zymogen / proteolysis / enterotoxin / fragilysin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eckhard, U. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Repositioning small molecule drugs as allosteric inhibitors of the BFT-3 toxin from enterotoxigenic Bacteroides fragilis. 著者: Jimenez-Alesanco, A. / Eckhard, U. / Asencio Del Rio, M. / Vega, S. / Guevara, T. / Velazquez-Campoy, A. / Gomis-Ruth, F.X. / Abian, O. #1: ![]() タイトル: Structure, function and latency regulation of a bacterial enterotoxin potentially derived from a mammalian adamalysin/ADAM xenolog. 著者: Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45139.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ProBFT-3 (A18-D397) with a TEV-cleavable N-terminal His6-tag. Affinity tag was removed prior crystallization. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: bft-3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 681分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/6JP.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/6JP.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-PRO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 22% (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate 0.1M Bis Tris pH 5.5 Cryoprotection by soaking for 15-30 seconds in mother liquor supplemented with 2.5M L-proline. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9119 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→80.06 Å / Num. obs: 62673 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 2.073 / Num. unique obs: 1694 / CC1/2: 0.83 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3p24 解像度: 2.03→80.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.33 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→80.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.05 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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