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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pnd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of profragilysin-3 (proBFT-3) from Bacteroides fragilis at 1.85 A resolution. | ||||||
要素 | BFT-3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / protease (プロテアーゼ) / zymogen (酵素前駆体) / proteolysis (タンパク質分解) / enterotoxin (エンテロトキシン) / fragilysin (フラギリシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides fragilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Eckhard, U. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022 タイトル: Repositioning small molecule drugs as allosteric inhibitors of the BFT-3 toxin from enterotoxigenic Bacteroides fragilis. 著者: Jimenez-Alesanco, A. / Eckhard, U. / Asencio Del Rio, M. / Vega, S. / Guevara, T. / Velazquez-Campoy, A. / Gomis-Ruth, F.X. / Abian, O. #1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011 タイトル: Structure, function and latency regulation of a bacterial enterotoxin potentially derived from a mammalian adamalysin/ADAM xenolog. 著者: Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pnd.cif.gz | 310.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pnd.ent.gz | 250.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pnd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45139.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ProBFT-3 (A18-D397) with a TEV-cleavable N-terminal His6-tag. Affinity tag was removed prior crystallization. 由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: bft-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O86049 |
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-非ポリマー , 6種, 750分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-PRO / #6: 化合物 | ChemComp-FMT / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M magnesium formate, pH 5.9. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9119 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→63.07 Å / Num. obs: 78068 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.87 Å / Num. unique obs: 2110 / CC1/2: 0.706 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3p24 解像度: 1.85→63.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.11 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→63.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.87 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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