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- PDB-7poo: Crystal structure of profragilysin-3 (proBFT-3) from Bacteroides ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7poo
タイトルCrystal structure of profragilysin-3 (proBFT-3) from Bacteroides fragilis in complex with foliosidine in P212121.
要素BFT-3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protease (プロテアーゼ) / zymogen (酵素前駆体) / proteolysis (タンパク質分解) / enterotoxin (エンテロトキシン) / fragilysin (フラギリシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / タンパク質分解 / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
フラギリシン / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
foliosidine / 酢酸塩 / TRIETHYLENE GLYCOL / プロリン / BFT-3
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Eckhard, U. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2019-107725RG-I00 スペイン
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Repositioning small molecule drugs as allosteric inhibitors of the BFT-3 toxin from enterotoxigenic Bacteroides fragilis.
著者: Jimenez-Alesanco, A. / Eckhard, U. / Asencio Del Rio, M. / Vega, S. / Guevara, T. / Velazquez-Campoy, A. / Gomis-Ruth, F.X. / Abian, O.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Structure, function and latency regulation of a bacterial enterotoxin potentially derived from a mammalian adamalysin/ADAM xenolog.
著者: Goulas, T. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BFT-3
B: BFT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,59412
ポリマ－90,2792
非ポリマー1,31610
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, proBFT-3 monomer and dimer were observed on gelfitration at both low and high protein concentration. Immediate reinjection of the dimer lead to a dominantly dimeric ...根拠: gel filtration, proBFT-3 monomer and dimer were observed on gelfitration at both low and high protein concentration. Immediate reinjection of the dimer lead to a dominantly dimeric chromatogram, indicating a certain dimer interface stability. The respective size exclusion chromatograms will be shown in the (to be published) paper.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area30080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.55, 83.06, 157.48
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BFT-3 / Metalloprotease / Metalloprotease enterotoxin


分子量: 45139.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ProBFT-3 (A18-D397) with a TEV-cleavable N-terminal His6-tag. Affinity tag was removed prior crystallization.
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: bft-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O86049

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非ポリマー , 6種, 105分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-7WK / foliosidine / 4-methoxy-1-methyl-8-[(2~{R})-3-methyl-2,3-bis(oxidanyl)butoxy]quinolin-2-one


分子量: 307.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 % (w/v) PEG 3350 0.2 M ammonium acetate 0.1M Bis Tris pH 5.5 Cryoprotection by soaking for 15-30 seconds in mother liquor supplemented with 2.5M L-proline.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→157.5 Å / Num. obs: 25344 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.962 / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3p24

3p24


解像度: 2.7→73.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.861 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.914 / SU Rfree Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.311
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 706 -RANDOM
Rwork0.2155 ---
obs0.2163 25317 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.477 Å20 Å20 Å2
2--20.0837 Å20 Å2
3----15.6066 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→73.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 78 95 5672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095695HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.927707HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2627SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1002HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5695HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion731SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4500SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.03
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 18 -
Rwork0.2956 --
obs0.2938 724 95.84 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9884-0.05770.22663.82530.13643.86950.0421-0.03110.3238-0.03110.0087-0.32060.3238-0.3206-0.0508-0.3235-0.06240.0407-0.1301-0.03270.40599.3674-15.4214-39.3508
22.7795-0.2890.06783.5330.45621.8144-0.20750.4029-0.04020.40290.14610.0779-0.04020.07790.0613-0.29380.03030.016-0.0953-0.07380.235821.1602-3.6819-24.7261
32.35552.1032-0.01812.3005-1.14844.41820.24391.06390.04611.0639-0.2816-0.47990.0461-0.47990.0377-0.33950.04360.2453-0.0647-0.11730.49075.0484-1.3412-18.6133
44.21640.2633-0.84654.05850.38134.20050.0243-0.3865-0.2145-0.3865-0.01950.3824-0.21450.3824-0.0048-0.3217-0.0305-0.0192-0.12010.01760.291233.65917.2448-53.672
54.56060.180.82015.1495-0.12593.75050.0183-0.65920.157-0.6592-0.105-0.09150.157-0.09150.0867-0.2251-0.0045-0.1609-0.2704-0.09230.143617.24530.257-69.0267
62.96831.70851.65978.58941.44455.0269-0.0029-0.972-0.7458-0.9720.0634-0.1396-0.7458-0.1396-0.06050.04750.081-0.2263-0.24590.14140.148916.27317.8874-71.0959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|34 - 201}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|211 - 355}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|356 - 397}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|34 - 193}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|214 - 355}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|356 - 397}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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