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- PDB-7poi: Prodomain bound BMP10 crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7poi
タイトルProdomain bound BMP10 crystal form 1
要素(Bone morphogenetic protein 10) x 2
キーワードCYTOKINE / BMP10 bone morphogenetic protein prodomain TGFbeta signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of sarcomere organization / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular cardiac muscle cell development / telethonin binding / positive regulation of cartilage development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway ...regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of sarcomere organization / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular cardiac muscle cell development / telethonin binding / positive regulation of cartilage development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / receptor serine/threonine kinase binding / heart trabecula formation / adult heart development / negative regulation of endothelial cell migration / sarcomere organization / cardiac muscle cell proliferation / Molecules associated with elastic fibres / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of cardiac muscle contraction / BMP signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / kidney development / growth factor activity / negative regulation of cell growth / hormone activity / Z disc / cell adhesion / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Bone morphogenetic protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Guo, J. / Yu, M. / Li, W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/12/54/29734, PG/17/1/32532, FS/SBSRF/20/31005 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of BMPRII extracellular domain in binary and ternary receptor complexes with BMP10.
著者: Guo, J. / Liu, B. / Thorikay, M. / Yu, M. / Li, X. / Tong, Z. / Salmon, R.M. / Read, R.J. / Ten Dijke, P. / Morrell, N.W. / Li, W.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone morphogenetic protein 10
B: Bone morphogenetic protein 10
C: Bone morphogenetic protein 10
D: Bone morphogenetic protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5747
ポリマ－91,9814
非ポリマー5933
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.897, 214.041, 106.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2(chain "C" and (resid 81 through 117 or resid 126 through 172 or resid 181 through 301))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 81 through 148 or resid 162 through 260 or resid 301))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNARGA1 - 104
d_21ens_1ASNARGB1 - 104
d_11ens_2PROPROC3 - 39
d_12ens_2TYRGLUC48 - 81
d_13ens_2ARGGLNC84 - 143
d_14ens_2NAGNAGD
d_21ens_2PROTYRE1 - 60
d_22ens_2ASPGLNE63 - 133
d_23ens_2NAGNAGF

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.53269060942, 0.00318576476634, 0.846304062107), (0.00226507900262, -0.999983966641, 0.00518997863626), (0.846307027061, 0.00468159844354, 0.532674852592)-22.8123402897, -44.5767211435, 12.7779660165
2given(-0.547770919491, -0.00606310654876, 0.83660639401), (0.0569261657489, -0.997926343931, 0.0300403685464), (0.834689422128, 0.0640800345525, 0.546980180408)-23.0261030136, -44.9111217018, 15.4161478942

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要素

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein 10 / BMP-10


分子量: 12177.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP10 / 細胞株 (発現宿主): HEK EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95393
#2: タンパク質 Bone morphogenetic protein 10 / BMP-10


分子量: 33813.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP10 / 細胞株 (発現宿主): HEK EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95393
#3: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 19% PEG 3350 0.15 M Ammonium tartrate dibasic 0.02 M Sodium cacodylate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→107.02 Å / Num. obs: 19024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 91.59 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 3.761 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3033 / CC1/2: 0.482 / Rpim(I) all: 1.094 / Rrim(I) all: 3.919 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS1.14.5データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SF3, 4YCI

6sf3

4yci


解像度: 2.9→107.02 Å / SU ML: 0.5248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 34.0263
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 968 5.1 %
Rwork0.2185 33990 -
obs0.2209 18998 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 112.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→107.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3929 0 38 11 3978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47015497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.94621508
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.542279018527
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.65146226248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.980.40541020.38122674X-RAY DIFFRACTION99.82
2.98-3.070.40881520.36542616X-RAY DIFFRACTION99.64
3.07-3.170.4341370.34682614X-RAY DIFFRACTION99.78
3.17-3.280.34571340.29212572X-RAY DIFFRACTION99.85
3.28-3.410.33511450.27862635X-RAY DIFFRACTION99.89
3.41-3.560.33071350.25212593X-RAY DIFFRACTION99.78
3.56-3.750.25351330.24582624X-RAY DIFFRACTION99.89
3.75-3.990.2431610.2232614X-RAY DIFFRACTION99.93
3.99-4.30.25711420.19292608X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.730.24421300.16332629X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.410.22371840.18022575X-RAY DIFFRACTION100
5.41-6.820.30451390.22072624X-RAY DIFFRACTION100
6.82-107.020.22671330.1942612X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.41330751624 Å / Origin y: -22.6833408638 Å / Origin z: 19.663638474 Å
111213212223313233
T0.655657993381 Å2-0.198930489185 Å20.0836183497324 Å2-0.852948447634 Å2-0.0176319589254 Å2--0.282100839355 Å2
L1.59637506289 °2-1.0033141669 °20.481405644894 °2-2.68730779016 °2-0.01366447971 °2--1.19896380519 °2
S0.144186284875 Å °0.0437807030335 Å °-0.0430720823357 Å °-0.167418253086 Å °-0.14072786243 Å °0.164620085901 Å °-0.283708133718 Å °-0.0483472096635 Å °0.0354416130738 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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