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- PDB-6sf3: Bone morphogenetic protein 10 (BMP10) in complex with extracellul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sf3
タイトルBone morphogenetic protein 10 (BMP10) in complex with extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1) at 2.3 Angstrom
要素
  • Bone morphogenetic protein 10
  • Serine/threonine-protein kinase receptor R3
キーワードCYTOKINE / BMP10 / ALK1 / complex / signalling / TGFbeta / BMP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / positive regulation of sarcomere organization / blood vessel maturation / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of epithelial cell differentiation ...regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / positive regulation of sarcomere organization / blood vessel maturation / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of epithelial cell differentiation / ventricular cardiac muscle cell development / venous blood vessel development / telethonin binding / positive regulation of cartilage development / positive regulation of chondrocyte differentiation / transforming growth factor beta receptor activity / lymphangiogenesis / BMP receptor complex / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of endothelial cell differentiation / negative regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of blood vessel endothelial cell migration / endothelial tube morphogenesis / artery development / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / negative regulation of cell adhesion / activin receptor signaling pathway / receptor serine/threonine kinase binding / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / heart trabecula formation / adult heart development / dorsal/ventral pattern formation / transforming growth factor beta binding / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of endothelial cell migration / blood circulation / endocardial cushion morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / sarcomere organization / Molecules associated with elastic fibres / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of DNA replication / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel remodeling / regulation of cardiac muscle contraction / BMP signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / cytokine activity / kidney development / growth factor activity / negative regulation of cell growth / cellular response to growth factor stimulus / hormone activity / regulation of blood pressure / Z disc / positive regulation of angiogenesis / heart development / angiogenesis / in utero embryonic development / cell differentiation / response to hypoxia / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 10 / Activin receptor type-1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3000067422 Å
データ登録者Guo, J. / Yu, M. / Li, W.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/12/54/29734 英国
British Heart FoundationPG/15/39/31519 英国
British Heart FoundationPG/17/1/32532 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of ALK1-mediated signalling by BMP9/BMP10 and their prodomain-bound forms.
著者: Salmon, R.M. / Guo, J. / Wood, J.H. / Tong, Z. / Beech, J.S. / Lawera, A. / Yu, M. / Grainger, D.J. / Reckless, J. / Morrell, N.W. / Li, W.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase receptor R3
B: Bone morphogenetic protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9652
ポリマ－22,9652
非ポリマー00
水43224
1
A: Serine/threonine-protein kinase receptor R3
B: Bone morphogenetic protein 10

A: Serine/threonine-protein kinase receptor R3
B: Bone morphogenetic protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9314
ポリマ－45,9314
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area7100 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.269, 58.269, 311.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase receptor R3 / SKR3 / Activin receptor-like kinase 1 / ALK-1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I


分子量: 10788.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVRL1, ACVRLK1, ALK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37023, receptor protein serine/threonine kinase
#2: タンパク質 Bone morphogenetic protein 10 / BMP-10


分子量: 12177.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP10 / 細胞株 (発現宿主): HEK-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95393
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.07 M Amino acids (0.014 M DL-Glutamic acids monohydrate; 0.014 M DL-Alanine; 0.014 M Glycine; 0.014 M DL-Lysine monohydrochloride; 0.014 M DL-Serine), 0.07 M Buffer System 3 (0.07 M ...詳細: 0.07 M Amino acids (0.014 M DL-Glutamic acids monohydrate; 0.014 M DL-Alanine; 0.014 M Glycine; 0.014 M DL-Lysine monohydrochloride; 0.014 M DL-Serine), 0.07 M Buffer System 3 (0.07 M Tris(base)/BICINE), 35% Precipitant Mix 4 (9% v/v MPD, 9% w/v PEG 1000, 9% w/ PEG3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→311.44 Å / Num. obs: 15103 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 46.5309023868 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 15.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1408 / CC1/2: 0.635 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
REFMAC精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SF1

6sf1


解像度: 2.3000067422→51.9058333333 Å / SU ML: 0.358600350348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33792944578 / 位相誤差: 27.5151156747
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243250254795 1292 4.92396813903 %
Rwork0.21397641611 --
obs0.215492606269 14963 99.7832369942 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.9737321218 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3000067422→51.9058333333 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 0 24 1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006851464786331497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8495692359062043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.050588862781218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00593486275068261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.810858825920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.39210.3493313089671310.328884343772758X-RAY DIFFRACTION99.4492254733
2.3921-2.5010.3701882600351370.2874976868892774X-RAY DIFFRACTION99.4533652204
2.501-2.63280.269805138011480.2493915584842777X-RAY DIFFRACTION99.7952917093
2.6328-2.79780.35880841451490.2472615853682770X-RAY DIFFRACTION99.6926229508
2.7978-3.01380.3141225893521320.2380578744442768X-RAY DIFFRACTION99.9310820124
3.0138-3.3170.1920631470941500.2145997177652760X-RAY DIFFRACTION99.9313186813
3.317-3.79680.2387196580561170.2030924722432810X-RAY DIFFRACTION99.9658469945
3.7968-4.78310.2045641147311530.1673107637052779X-RAY DIFFRACTION99.9318336742
4.7831-510.2307175428741750.2131336943262751X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.4160126815 Å / Origin y: -17.6787951068 Å / Origin z: -35.6142750508 Å
111213212223313233
T0.459765324487 Å2-0.00325099411558 Å20.0380789994361 Å2-0.376544594312 Å2-0.0406849020107 Å2--0.370216899179 Å2
L0.735050848082 °2-1.98633319022 °2-1.87129023389 °2-2.51478031143 °23.9986797555 °2--5.73890154282 °2
S0.276245336989 Å °0.267649826849 Å °-0.00379702400805 Å °-0.211905068508 Å °-0.334487876295 Å °-0.0201199064171 Å °-0.512056185188 Å °-0.362844817164 Å °0.0517136088534 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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