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万見
- PDB-7pl2: Crystal structure of choline-binding module of LytB from Streptoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pl2
タイトルCrystal structure of choline-binding module of LytB from Streptococcus pneumoniae
要素Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase / choline-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan hydrolase LytB, WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB, WW domain / Peptidoglycan hydrolase LytB WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB SH3 domain / Choline-binding repeat / : / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Putative cell wall binding repeat ...Peptidoglycan hydrolase LytB, WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB, WW domain / Peptidoglycan hydrolase LytB WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB SH3 domain / Choline-binding repeat / : / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae.
著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. / Grangeasse, C.
履歴
登録2021年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,29918
ポリマ－48,5281
非ポリマー1,77117
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint87 kcal/mol
Surface area22950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.100, 202.100, 26.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Murein hydrolase / choline-binding module


分子量: 48528.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate Bis-Tris propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979312 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→48.54 Å / Num. obs: 12892 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.98→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2036 / Rpim(I) all: 0.467

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CNL

4cnl


解像度: 2.98→43.76 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2725 643 5 %
Rwork0.2187 12227 -
obs0.2215 12870 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.18 Å2 / Biso mean: 67.683 Å2 / Biso min: 28.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→43.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 357 26 3791
Biso mean--58.12 48.49 -
残基数----398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.98-3.210.34990.31192415251497
3.21-3.530.30091240.27882376250096
3.53-4.040.31821300.21552465259598
4.04-5.090.24121600.1782440260096
5.09-43.760.25261300.20732531266194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2172.55431.92692.34560.8912.83360.30020.6347-0.5222-0.19740.09680.00850.1789-0.0302-0.17530.30040.0250.03830.6315-0.0020.3329-117.101796.6418-25.7531
22.9292-1.37191.62481.0137-0.1960.82120.40270.2569-0.7659-0.0837-0.03960.25050.15580.1486-0.28060.42210.0532-0.08220.660.00960.6699-87.359386.7582-8.6933
31.6789-1.1144-0.07073.7784-0.10042.61080.0242-0.22620.24510.0489-0.0050.1316-0.0472-0.06490.00520.2958-0.0668-0.03260.33280.02850.1088-52.820977.3735.8169
41.44390.83031.53141.39540.58140.75030.60460.8345-1.30410.55640.1269-0.96930.89490.74-0.3140.4570.1204-0.20330.6457-0.150.8647-30.674866.705813.7836
50.36740.01360.03682.59962.70453.2210.33050.0143-0.53280.05140.2564-0.35440.18820.4055-0.77240.49580.0586-0.12550.9789-0.05190.6126-15.538970.343817.3022
61.0803-0.4317-0.69521.26570.01771.36140.72441.3509-0.5298-0.869-0.19590.90620.65410.38670.04160.78160.1193-0.35260.9492-0.25470.9584-8.234360.799415.6479
72.4219-2.6292-2.88877.85714.22056.45850.56040.0538-1.70050.6569-0.42290.4230.98930.0889-0.14650.57060.043-0.14040.6375-0.00150.9178-2.142157.354126.4253
82.40420.2879-3.01580.9034-1.41815.68830.31780.2765-0.13260.0427-0.22750.1618-0.23980.73590.15420.61560.0415-0.07210.8177-0.130.55088.778962.690625.5525
94.15722.5886-0.58123.69670.91170.8505-0.16490.0736-1.0308-0.0159-0.0862-1.15480.20230.57970.50890.74730.2119-0.13611.0779-0.12541.003915.557853.753925.1769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 76 )A2 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 163 )A77 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 164 through 242 )A164 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 243 through 286 )A243 - 286
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 287 through 307 )A287 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 308 through 330 )A308 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 331 through 351 )A331 - 351
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 352 through 374 )A352 - 374
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 375 through 399 )A375 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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