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- PDB-7pje: Inhibiting parasite proliferation using a rationally designed ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pje
タイトルInhibiting parasite proliferation using a rationally designed anti-tubulin agent
要素
  • Darpin D1
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Microtubules / Protozoa / Apicomplexa
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sharma, A. / Gaillard, N. / Ehrhard, V.A. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Novartis FreeNovation スイス
引用ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2021
タイトル: Inhibiting parasite proliferation using a rationally designed anti-tubulin agent.
著者: Gaillard, N. / Sharma, A. / Abbaali, I. / Liu, T. / Shilliday, F. / Cook, A.D. / Ehrhard, V. / Bangera, M. / Roberts, A.J. / Moores, C.A. / Morrissette, N. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月3日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc
Item: _atom_site_anisotrop.id / _citation.page_first ..._atom_site_anisotrop.id / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
F: Darpin D1
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Darpin D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,55013
ポリマ－231,3856
非ポリマー2,1667
水18,9701053
1
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
F: Darpin D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7877
ポリマ－115,6923
非ポリマー1,0954
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area35660 Å2
手法PISA
2
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Darpin D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7636
ポリマ－115,6923
非ポリマー1,0713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area35690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.130, 183.920, 118.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ACBDFE

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain / Alpha-tubulin


分子量: 49639.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: P41351
#2: タンパク質 Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49617.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: P41352
#3: タンパク質 Darpin D1


分子量: 16435.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 1060分子

#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M sodium sulfate, 10% DMSO and 18 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.83 Å / Num. obs: 219447 / % possible obs: 98.37 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 30.28 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07281 / Rpim(I) all: 0.03267 / Rrim(I) all: 0.08004 / Net I/σ(I): 12.84
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.177 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 20372 / CC1/2: 0.796 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.5162 / % possible all: 91.63

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DRX

4drx


解像度: 1.75→46.83 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 10963 5 %
Rwork0.1815 208337 -
obs0.1831 219300 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 271.08 Å2 / Biso mean: 49.6015 Å2 / Biso min: 20.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15067 0 169 1053 16289
Biso mean--35.27 48.28 -
残基数----1946
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.770.37142890.3625494578378
1.77-1.790.35793680.34116983735198
1.79-1.810.34213600.31846851721198
1.81-1.840.31953640.30346914727899
1.84-1.860.32843700.27817018738899
1.86-1.890.29963630.27156893725699
1.89-1.910.30543670.26166960732798
1.91-1.940.28033690.25446985735499
1.94-1.970.28153630.24226880724399
1.97-20.2863700.23817034740499
2-2.040.26673640.22096908727299
2.04-2.080.24543670.2097010737799
2.08-2.120.23863660.20396952731899
2.12-2.160.22693670.19327007737499
2.16-2.210.23223650.18856936730199
2.21-2.260.22613710.18747051742299
2.26-2.310.21953660.17956951731799
2.31-2.380.21243720.18327068744099
2.38-2.450.22523660.1826934730099
2.45-2.520.22523690.18847025739499
2.52-2.610.25133720.19087053742599
2.61-2.720.21993680.182269877355100
2.72-2.840.22353690.18270137382100
2.84-2.990.21273710.189470407411100
2.99-3.180.22193720.184970697441100
3.18-3.430.1973710.172270527423100
3.43-3.770.18763720.160770637435100
3.77-4.320.17693690.14267035740499
4.32-5.440.15983710.13657029740099
5.44-46.830.20673720.183271427514100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49550.1209-0.02381.4823-2.21974.09330.0216-0.4046-0.14360.4145-0.05320.16640.268-0.65510.2030.3454-0.04680.03880.52050.00330.38968.6696-21.806676.8876
22.469-0.0746-0.21070.87810.14172.09380.1038-0.2548-0.06850.135-0.0990.23990.0436-0.57320.05490.25610.0030.03050.4141-0.050.30126.0279-16.63169.2132
31.76360.42160.55711.5481-0.47552.50530.08-0.227-0.13620.0285-0.02240.0590.20750.0191-0.12670.30460.0190.02170.3723-0.02310.274323.4964-19.123979.1446
40.8540.20430.51680.2950.72682.6876-0.0324-0.19370.06150.07410.0227-0.0524-0.10740.2627-0.02110.29040.03050.03260.3204-0.06210.33227.049-11.356674.9699
51.5528-0.26570.18821.7999-0.53421.2433-0.0283-0.3667-0.40470.3504-0.00390.250.1774-0.2104-0.01140.2145-0.06710.01440.31340.03480.38285.1588-39.878841.8224
62.04770.1019-0.55381.1622-0.11631.76560.01440.3008-0.1358-0.1024-0.02990.19170.1357-0.4793-0.03690.25360.015-0.03560.3671-0.02850.3266.0057-27.611127.314
71.53360.56030.68121.4599-0.68771.21510.04810.018-0.2989-0.0889-0.0525-0.05780.2447-0.0135-0.03980.17380.0084-0.01780.19790.01060.297520.5477-34.395536.4988
81.3599-0.26210.25851.4553-0.08220.87780.1345-0.1505-0.38920.1065-0.0653-0.26820.1760.3048-0.01110.2969-0.0128-0.01420.35590.0090.432429.9255-32.403543.2619
90.7398-0.04850.33290.83880.54721.31690.0416-0.057-0.12840.0883-0.0053-0.0574-0.13420.13470.05670.1905-0.00330.01160.3005-0.00310.314327.6658-26.332236.688
100.8889-0.6131-0.34961.03680.19470.9549-0.01730.19810.0136-0.36990.02740.1274-0.6029-0.0642-0.21950.3663-0.01680.01210.30080.03280.295721.2178-14.057621.7283
110.6408-0.0708-0.01720.3051-0.16490.2082-0.05920.18510.9491-0.2881-0.09970.2829-1.06690.01530.25570.51380.0519-0.04650.6257-0.04590.487114.5152-18.9524-9.4791
120.44570.45310.32162.25981.90511.6493-0.20530.0717-0.4589-0.6948-0.30010.7213-0.1504-0.55320.02510.6348-0.0261-0.08610.597-0.06030.533113.5605-26.9113-14.9553
131.25820.0721-0.2040.5798-0.64711.2489-0.00210.1364-0.055-0.1488-0.005-0.0544-0.0650.27360.03320.38770.00660.04280.3792-0.0360.261128.3836-23.652-2.4733
141.111-0.48720.31560.22420.14684.61-0.1575-0.0982-0.27740.0155-0.1129-0.46670.13910.28010.12490.4130.16220.0250.5822-0.0580.485338.264-32.68974.9629
152.9712-0.4072-1.09241.3367-0.21060.93960.01330.59120.168-0.3004-0.09640.06510.0246-0.6412-0.21030.26580.0563-0.0070.44740.0150.28313.135823.1897-20.3163
160.33540.0067-0.06090.01520.03890.180.04240.5228-0.0624-0.1609-0.16760.0539-0.1386-0.5985-0.1680.39080.1419-0.06350.8350.07360.43645.146426.3042-29.7617
170.5534-0.0872-0.53340.2442-0.43741.21840.0774-0.0067-0.03010.0941-0.04420.01970.0007-0.49240.0020.2431-0.0006-0.00320.4558-0.08920.295610.914916.7533-8.8725
180.2759-0.13-0.20330.1857-0.19870.4470.05060.104-0.2070.16610.1213-0.3455-0.12720.12400.3633-0.0427-0.01160.2899-0.06540.301230.515325.5639-12.3021
190.16190.03230.04150.1288-0.13930.17470.07430.41580.0604-0.17230.0278-0.12580.0178-0.1804-00.34180.03190.00060.42030.01710.350721.292818.4141-24.9322
200.2563-0.12650.20560.11280.2450.6483-0.01280.0549-0.0580.0183-0.0326-0.0667-0.08120.070900.2934-0.0362-0.00890.35-0.03990.307934.853118.1051-21.4048
210.15280.02610.12340.22070.22760.2250.11810.1828-0.05730.0967-0.06520.08-0.01190.27700.3229-0.0058-0.00330.4404-0.02790.310535.898416.2972-33.6077
22-0.03230.1738-0.01760.2415-0.21680.45870.12850.20070.01320.0194-0.1879-0.1616-0.08250.159-00.42550.0275-0.04530.4494-0.05820.355732.057818.008-28.9927
230.46460.16630.26910.28060.4430.67370.0035-0.0128-0.08980.1016-0.0242-0.0290.2330.1368-00.34790.00660.00070.2709-0.04790.308228.09658.2324-2.8945
240.27540.15710.12160.2553-0.18610.3766-0.10670.00020.1514-0.1099-0.10140.2185-0.329-0.4716-0.08450.5330.2372-0.13160.3991-0.09720.45097.524842.047615.2276
250.02770.0123-0.05490.2406-0.02680.1093-0.0896-0.18350.17010.0615-0.04620.194-0.3336-0.378-0.11440.60410.2775-0.03640.6056-0.20710.56983.07942.402729.5591
260.7180.37840.51340.91630.72120.64430.2245-0.3945-0.01110.2603-0.23930.38890.2208-1.0165-0.00130.26110.18480.03270.6773-0.17770.44240.510729.744133.4119
270.9340.1177-0.35091.009-0.02020.99190.0127-0.05160.03150.041-0.0370.0312-0.1799-0.2344-00.34090.0686-0.02820.2996-0.06710.281717.071429.674124.9716
280.65150.09170.62720.06940.02330.78110.12910.0916-0.1088-0.04540.0020.0587-0.10330.70970.00750.5377-0.09020.01520.3063-0.04390.383932.922440.206517.9388
290.073-0.0128-0.04860.02890.01310.02180.1575-0.03420.0096-0.1311-0.0303-0.1066-0.00540.0751-00.44670.0331-0.01230.3253-0.07380.322231.175631.836416.2933
300.2242-0.08160.09950.46510.32150.2354-0.0011-0.02480.0158-0.0404-0.044-0.07550.03220.2373-00.37730.0327-0.02620.3425-0.03080.310930.861828.973518.3901
310.33220.32090.27370.40640.20160.19730.0428-0.0901-0.09740.1505-0.11520.0750.3830.0195-00.46650.0164-0.00080.3981-0.04780.357721.07615.949836.6443
320.0868-0.0187-0.03890.1132-0.0640.02510.0450.20560.09210.56160.28770.5934-0.2557-0.18070.00010.43860.00290.03560.5538-0.01530.486211.977125.477669.1011
330.1908-0.0859-0.02550.1518-0.20210.36140.0352-0.11380.049-0.0152-0.0543-0.03180.12480.129100.47140.0204-0.03450.3694-0.04890.294123.307324.260564.1782
340.02350.0415-0.00930.03780.00240.0123-0.2945-0.05590.23580.245-0.2487-0.0964-0.1923-0.15700.4774-0.0186-0.04970.4719-0.0620.393929.721234.667961.95
350.09590.0799-0.07360.1868-0.01650.0834-0.0101-0.08910.0768-0.0607-0.0239-0.03150.27640.533900.43230.0425-0.0050.5699-0.05110.333.70724.272153.9355
360.43410.217-0.23240.2386-0.29410.41620.35680.16780.5017-0.13010.14350.2798-0.41360.00330.0260.4199-0.1655-0.03980.61520.00420.404737.305434.790154.3488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 28 )A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 197 )A29 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 198 through 300 )A198 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 301 through 436 )A301 - 436
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 64 )B1 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 65 through 199 )B65 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 200 through 259 )B200 - 259
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 260 through 338 )B260 - 338
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 339 through 401 )B339 - 401
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 402 through 440 )B402 - 440
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 13 through 24 )F13 - 24
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 25 through 36 )F25 - 36
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 37 through 125 )F37 - 125
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 126 through 138 )F126 - 138
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 28 )C1 - 28
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 29 through 64 )C29 - 64
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 65 through 197 )C65 - 197
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 198 through 223 )C198 - 223
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 224 through 259 )C224 - 259
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 260 through 311 )C260 - 311
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 312 through 337 )C312 - 337
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 338 through 372 )C338 - 372
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 373 through 436 )C373 - 436
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 64 )D1 - 64
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 65 through 88 )D65 - 88
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 89 through 126 )D89 - 126
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 127 through 268 )D127 - 268
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 269 through 300 )D269 - 300
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 301 through 324 )D301 - 324
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 325 through 401 )D325 - 401
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 402 through 440 )D402 - 440
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 13 through 35 )E13 - 35
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 36 through 92 )E36 - 92
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 93 through 101 )E93 - 101
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 102 through 125 )E102 - 125
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 126 through 137 )E126 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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