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- PDB-7alr: Crystal structure of TD1-gatorbulin1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7alr
タイトルCrystal structure of TD1-gatorbulin1 complex
要素
  • Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-3 chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / tubulin / gatorbulin / antitumoral / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / netrin-activated signaling pathway / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / netrin-activated signaling pathway / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / dorsal root ganglion development / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Hedgehog 'off' state / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / axon guidance / filopodium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / lamellipodium / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GLYCINE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-RQK / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Oliva, M.A. / Diaz, J.F.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-104545RB-I00 スペイン
Spanish National Research Council201920E111 スペイン
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Gatorbulin-1, a distinct cyclodepsipeptide chemotype, targets a seventh tubulin pharmacological site.
著者: Matthew, S. / Chen, Q.Y. / Ratnayake, R. / Fermaintt, C.S. / Lucena-Agell, D. / Bonato, F. / Prota, A.E. / Lim, S.T. / Wang, X. / Diaz, J.F. / Risinger, A.L. / Paul, V.J. / Oliva, M.A. / Luesch, H.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-3 chain
F: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,92813
ポリマ－119,9113
非ポリマー2,01810
水6,918384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area36620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.462, 91.292, 82.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-3 chain


分子量: 50481.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2T9S0
#3: タンパク質 Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1


分子量: 19224.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 394分子

#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-RQK / (2~{R})-2-oxidanyl-2-[(6~{S},9~{S},12~{S},15~{S},17~{S})-6,10,12,17-tetramethyl-3-methylidene-7-oxidanyl-2,5,8,11,14-pentakis(oxidanylidene)-13-oxa-1,4,7,10-tetrazabicyclo[13.3.0]octadecan-9-yl]ethanamide


分子量: 483.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N5O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris Methane pH 5.5, 0.20 Ammonium Sulfate, 18-22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→49.21 Å / Num. obs: 81042 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 397791 / Scaling rejects: 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.93-1.9750.4942174943640.9310.2440.5512.7
10.03-49.214.70.03529036130.9970.0180.03932.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NM5

5nm5


解像度: 1.93→49.208 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 4072 5.03 %
Rwork0.1677 76894 -
obs0.1695 80966 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.17 Å2 / Biso mean: 40.059 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→49.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7847 0 201 384 8432
Biso mean--31.19 34.17 -
残基数----1008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.93-1.95270.32031550.2656257898
1.9527-1.97650.30671340.2427260598
1.9765-2.00150.32341270.2345262998
2.0015-2.02790.29371610.2242265699
2.0279-2.05570.26971160.2205260899
2.0557-2.0850.26351540.2031261099
2.085-2.11620.25041670.2038259099
2.1162-2.14920.26581290.197265299
2.1492-2.18450.23411360.193264699
2.1845-2.22210.20971280.1884265299
2.2221-2.26250.24111190.1829265199
2.2625-2.3060.20731360.1812266099
2.306-2.35310.24551330.1835263999
2.3531-2.40430.21841510.1711264499
2.4043-2.46020.21931480.1758263399
2.4602-2.52170.21931430.1682265299
2.5217-2.58990.19911410.1733266199
2.5899-2.66610.18721350.16362658100
2.6661-2.75220.20721480.1715264899
2.7522-2.85050.2251520.1741262599
2.8505-2.96460.21111480.1725266099
2.9646-3.09950.22471480.17212656100
3.0995-3.26290.19291240.17922692100
3.2629-3.46730.20811410.1662684100
3.4673-3.73490.17641140.1562690100
3.7349-4.11060.18131370.13772696100
4.1106-4.7050.151490.12732680100
4.705-5.92630.17481490.14672707100
5.9263-49.2080.1861490.1694273299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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