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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pj5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of catalytic domain of LytB from Streptococcus pneumoniae in complex with NAG-NAG-NAG-NAG tetrasaccharide | ||||||
要素 | Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidaseEndoglycosidase H | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell wall organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae. 著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. / Grangeasse, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pj5.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pj5.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pj5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pj5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 30896.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 179分子
#3: 化合物 | ChemComp-1PE / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 300 Bis-Tris Calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→46.18 Å / Num. obs: 40276 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.701 / Num. unique obs: 1981 / Rpim(I) all: 0.199 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PJ3 解像度: 1.55→46.174 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.807 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.592 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.174 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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