PDB-7pj4: Crystal structure of catalytic domain in closed conformation of L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pj4

タイトル

Crystal structure of catalytic domain in closed conformation of LytB (E585Q)from Streptococcus pneumoniae

要素

Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

Endoglycosidase H

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase /

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity /

amidase activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae.
著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...

履歴

登録	2021年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pj4.cif.gz	134.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pj4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pj3SC 7pj5C 7pj6C 7pl2C 7pl3C 7pl5C 7podC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.651, 92.679, 124.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Endoglycosidase H / Murein hydrolase 分子量: 30895.436 Da / 分子数: 1 / 変異: E585Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

#1: タンパク質

Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase /

Endoglycosidase H / Murein hydrolase

分子量: 30895.436 Da / 分子数: 1 / 変異: E585Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P59206,

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

-
非ポリマー , 6種, 306分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 300 Bis-Tris buffer Calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→46.34 Å / Num. obs: 74735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 12.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / R_merge(I) obs: 0.763 / Num. unique obs: 3690 / R_pim(I) all: 0.226

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PJ3

7pj3

解像度: 1.25→43.454 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / WR_factor R_free: 0.162 / WR_factor R_work: 0.136 / SU B: 1.123 / SU ML: 0.023 / Average fsc free: 0.9681 / Average fsc work: 0.9749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1623	3754	5.027 %
R_work	0.136	70929	-
all	0.137	-	-
obs	-	74683	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.953 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.439 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.515 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2174	0	38	301	2513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.638	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.765	1.59	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.033	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.228	24.237	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.828	15	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.901	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.16	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.15	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.15	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.2	1.206	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.178	1.205	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.512	1.822	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.514	1.823	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.423	1.611	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.422	1.611	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.853	2.274	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.852	2.274	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.003	15.89	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.798	15.184	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.124	3	4582

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.253	303	0.213	5164	0.216	5467	0.939	0.952	100	0.213
1.282-1.318	0.193	272	0.16	5059	0.162	5331	0.965	0.971	100	0.16
1.318-1.356	0.19	250	0.142	4928	0.144	5178	0.962	0.971	100	0.142
1.356-1.397	0.165	261	0.122	4784	0.124	5045	0.968	0.976	100	0.122
1.397-1.443	0.158	260	0.107	4628	0.11	4889	0.973	0.98	99.9795	0.107
1.443-1.494	0.148	226	0.11	4509	0.112	4735	0.972	0.977	100	0.11
1.494-1.55	0.161	239	0.109	4317	0.112	4556	0.967	0.978	100	0.109
1.55-1.613	0.145	221	0.106	4183	0.108	4404	0.975	0.982	100	0.106
1.613-1.685	0.148	210	0.104	4023	0.106	4234	0.975	0.983	99.9764	0.104
1.685-1.767	0.158	198	0.114	3821	0.116	4019	0.969	0.978	100	0.114
1.767-1.862	0.157	173	0.118	3717	0.12	3890	0.972	0.978	100	0.118
1.862-1.975	0.155	168	0.125	3447	0.126	3615	0.97	0.979	100	0.125
1.975-2.111	0.147	186	0.124	3264	0.125	3450	0.978	0.98	100	0.124
2.111-2.28	0.137	147	0.123	3067	0.124	3216	0.98	0.981	99.9378	0.123
2.28-2.497	0.127	132	0.118	2823	0.118	2964	0.982	0.983	99.6964	0.118
2.497-2.79	0.149	149	0.145	2547	0.145	2696	0.975	0.974	100	0.145
2.79-3.22	0.181	118	0.152	2280	0.154	2399	0.963	0.964	99.9583	0.152
3.22-3.938	0.169	99	0.147	1943	0.148	2045	0.967	0.969	99.8533	0.147
3.938-5.547	0.167	92	0.161	1516	0.161	1609	0.971	0.976	99.9379	0.161
5.547-43.454	0.231	50	0.22	909	0.22	959	0.955	0.96	100	0.22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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