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- PDB-7phu: PfRH5 bound to monoclonal antibody R5.015 and R5.016 Fab fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phu
タイトルPfRH5 bound to monoclonal antibody R5.015 and R5.016 Fab fragments
要素
  • (Monoclonal antibody R5.015 ...) x 2
  • (Monoclonal antibody R5.016 ...) x 2
  • Reticulocyte-binding protein homolog 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / Plasmodium falciparum / monoclonal antibody / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding ...rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte-binding protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Ragotte, R.J. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Heterotypic interactions drive antibody synergy against a malaria vaccine candidate.
著者: Ragotte, R.J. / Pulido, D. / Lias, A.M. / Quinkert, D. / Alanine, D.G.W. / Jamwal, A. / Davies, H. / Nacer, A. / Lowe, E.D. / Grime, G.W. / Illingworth, J.J. / Donat, R.F. / Garman, E.F. / ...著者: Ragotte, R.J. / Pulido, D. / Lias, A.M. / Quinkert, D. / Alanine, D.G.W. / Jamwal, A. / Davies, H. / Nacer, A. / Lowe, E.D. / Grime, G.W. / Illingworth, J.J. / Donat, R.F. / Garman, E.F. / Bowyer, P.W. / Higgins, M.K. / Draper, S.J.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulocyte-binding protein homolog 5
B: Monoclonal antibody R5.015 heavy chain
C: Monoclonal antibody R5.015 light chain
D: Monoclonal antibody R5.016 heavy chain
E: Monoclonal antibody R5.016 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,5745
ポリマ－183,5745
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area52660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.740, 163.300, 176.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 BCDE

#2: 抗体 Monoclonal antibody R5.015 heavy chain


分子量: 25478.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Monoclonal antibody R5.015 light chain


分子量: 23184.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Monoclonal antibody R5.016 heavy chain


分子量: 50902.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Monoclonal antibody R5.016 light chain


分子量: 23953.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 128分子 A

#1: タンパク質 Reticulocyte-binding protein homolog 5 / PfRH5


分子量: 60053.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: RH5, PFD1145c, PF3D7_0424100
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IFM5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium formate, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 20 % PEG 3350 with an additive containing 0.08 % w/v Ellipticine, 0.20 % w/v Protamine sulfate salt, 0.20 % w/v D-(+)-Trehalose dihydrate, ...詳細: 0.2 M sodium formate, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 20 % PEG 3350 with an additive containing 0.08 % w/v Ellipticine, 0.20 % w/v Protamine sulfate salt, 0.20 % w/v D-(+)-Trehalose dihydrate, 0.20 % w/v 6-Phosphogluconic acid trisodium salt, 0.20 % w/v D-(+)-Glucose, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→48.22 Å / Num. obs: 316074 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / Num. unique obs: 16521 / CC1/2: 0.575

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (24-FEB-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0R

4u0r


解像度: 2.53→47.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.571 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.547 / SU Rfree Blow DPI: 0.302 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.309
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2759 2354 4.98 %RANDOM
Rwork0.2358 ---
obs0.2379 47308 99.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.53 Å2 / Biso mean: 63.66 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.8574 Å20 Å20 Å2
2---28.9184 Å20 Å2
3---10.0609 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9167 0 0 127 9294
Biso mean---58.89 -
残基数----1172
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3165SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1557HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9399HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1247SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7090SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9399HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12767HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.66
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.55 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4472 42 4.44 %
Rwork0.3704 905 -
all-947 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5786-0.3398-0.13331.01430.85690.6137-0.02470.00850.10770.1214-0.0426-0.06740.13570.0150.0673-0.17580.0173-0.0289-0.06140.0128-0.24361.118161.410511.2587
21.4196-0.02620.992200.21160.7166-0.1666-0.09370.02920.01580.1172-0.0219-0.1649-0.20930.0493-0.14560.04660.0388-0.01710.0064-0.273-19.216447.3698-38.5947
30.8550.14331.41440.31020.37792.14390.069-0.0523-0.14650.03080.091-0.0120.0858-0.1386-0.1601-0.1919-0.00860.0508-0.07340.0316-0.2266-16.757629.3893-39.2606
42.71950.43230.15390.10320.09220.384-0.19420.4140.4627-0.01690.14640.13020.03510.09030.0478-0.2547-0.0267-0.1461-0.18450.0029-0.069735.471892.805314.2148
53.89740.8530.39820.0397-0.03060.06490.2025-0.49450.0887-0.017-0.19610.0101-0.00530.0325-0.0064-0.2502-0.0477-0.1389-0.1398-0.152-0.108842.26189.669630.2253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A160 - 506
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B7 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D6 - 237
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E7 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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