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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast Ypr118w, a methylthioribose-1-phosphate isomerase related to regulatory eIF2B subunits | ||||||
要素 | (5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE) x 2 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / EIF2B / METHIONINE SALVAGE PATHWAY / TRANSLATION INITIATION / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Methionine salvage pathway / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Bumann, M. / Djafarzadeh, S. / Oberholzer, A.E. / Bigler, P. / Altmann, M. / Trachsel, H. / Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Yeast Ypr118W, a Methylthioribose-1-Phosphate Isomerase Related to Regulatory Eif2B Subunits 著者: Bumann, M. / Djafarzadeh, S. / Oberholzer, A.E. / Bigler, P. / Altmann, M. / Trachsel, H. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD, FD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD, FD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 4-STRANDED BARRELS WHICH ARE REPRESENTED BY 5-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w2w.cif.gz | 323.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w2w.ent.gz | 274.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w2w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23353.072 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-211 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06489, S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase #2: タンパク質 | 分子量: 21031.689 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 221-411 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06489, S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K 詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 25 % PEG3350, 0.1 M BISTRIS, PH 5.5, 20 DEG C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9879 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9879 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 169966 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.977 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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