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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7phc | |||||||||||||||
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タイトル | 70S ribosome with A*- and P/E-site tRNAs in chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells | |||||||||||||||
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![]() | TRANSLATION / In-cell cryo-electron tomography / sub-tomogram analysis / ribosome / translation intermediate state / chloramphenicol | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å | |||||||||||||||
![]() | Xue, L. / Lenz, S. / Rappsilber, J. / Mahamid, J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell. 著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid / ![]() ![]() ![]() 要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells. #1: ![]() タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell 著者: Xue, L. / Lenz, S. / Zimmermann-Kogadeeva, M. / Tegunov, D. / Cramer, P. / Bork, P. / Rappsilber, J. / Mahamid, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13413MC ![]() 7oocC ![]() 7oodC ![]() 7p6zC ![]() 7pahC ![]() 7paiC ![]() 7pajC ![]() 7pakC ![]() 7palC ![]() 7pamC ![]() 7panC ![]() 7paoC ![]() 7paqC ![]() 7parC ![]() 7pasC ![]() 7patC ![]() 7pauC ![]() 7ph9C ![]() 7phaC ![]() 7phbC ![]() 7pi8C ![]() 7pi9C ![]() 7piaC ![]() 7pibC ![]() 7picC ![]() 7pioC ![]() 7pipC ![]() 7piqC ![]() 7pirC ![]() 7pisC ![]() 7pitC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 012abcdefghijklmnopqrstuvwxyz
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST
#4: タンパク質 | 分子量: 33468.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75560 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 30657.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P41205 |
#6: タンパク質 | 分子量: 23817.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P46775 |
#7: タンパク質 | 分子量: 24138.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50301 |
#8: タンパク質 | 分子量: 25430.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75543 |
#9: タンパク質 | 分子量: 17897.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75545 |
#10: タンパク質 | 分子量: 15903.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50304 |
#11: タンパク質 | 分子量: 15149.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75179 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12226.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75581 |
#13: タンパク質 | 分子量: 12709.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50296 |
#14: タンパク質 | 分子量: 15666.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75546 |
#15: タンパク質 | 分子量: 14209.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50297 |
#16: タンパク質 | 分子量: 6901.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50305 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9921.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75173 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10806.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A0H3DLS7 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9859.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50309 |
#20: タンパク質 | 分子量: 12411.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75541 |
#21: タンパク質 | 分子量: 10057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75576 |
#22: タンパク質 | 分子量: 9993.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75237 |
#23: タンパク質 | 分子量: 7539.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P57079 |
-RNA鎖 , 4種, 5分子 34568
#50: RNA鎖 | 分子量: 940911.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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#51: RNA鎖 | 分子量: 34796.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
#52: RNA鎖 | 分子量: 491243.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
#53: RNA鎖 | 分子量: 24470.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-electron tomograms of chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells タイプ: CELL 詳細: Ribosome sub-tomograms extracted in silico from tomograms of intact cell, refinement with a 70S mask Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius. Treatment with chloramphenicol was performed for 15 to 20 minutes before plunge freezing. |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE 詳細: back-side blotting for 2-3 seconds before plunging using a manual plunger without an environmental chamber |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 3.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1082 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 65 / Num. of volumes extracted: 21299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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