[日本語] English
- PDB-7pgm: HHIP-C in complex with heparin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgm
タイトルHHIP-C in complex with heparin
要素Hedgehog-interacting protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / HHIP / Hedgehog / morphogen / signalling / glycosaminoglycan / cholesterol / palmitate / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. ...Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
資金援助 英国, 米国, 7件
組織認可番号
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HL067773 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM118082 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM106078 米国
Wellcome Trust099675/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2021
タイトル: Hedgehog-Interacting Protein is a multimodal antagonist of Hedgehog signalling.
著者: Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinauskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
履歴
登録2021年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hedgehog-interacting protein
B: Hedgehog-interacting protein
C: Hedgehog-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,8414
ポリマ-157,5143
非ポリマー2,3281
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Large clusters of HHIP-C are observed to be assembled in the presence of heparin via sedimentation velocity analytical ultracentrifugation experiments
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area62520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.637, 105.252, 148.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Hedgehog-interacting protein / HHIP / HIP


分子量: 52504.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HHIP-C, the C-terminal domain of HHIP, recombinantly expressed in and purified from HEK293T cells using the pHLsec vector for mammalian secretion
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HHIP, HIP, UNQ5825/PRO19644 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1
#2: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-3)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-3)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2327.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,8,7/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g3-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(3+1)][a-L-IdopA2SO3]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-Tris pH 6.5, 0.2 M sodium citrate and 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97631 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97631 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→147.6 Å / Num. obs: 71834 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3487 / CC1/2: 0.3 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2645: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WFT
解像度: 2.7→84.855 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 3635 5.13 %
Rwork0.2158 --
obs0.217 70890 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→84.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10168 0 141 0 10309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86614323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1786420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.73540.53551340.47362314X-RAY DIFFRACTION90
2.7354-2.77290.50431370.46912466X-RAY DIFFRACTION94
2.7729-2.81250.45821220.44782490X-RAY DIFFRACTION96
2.8125-2.85450.4341510.41182515X-RAY DIFFRACTION97
2.8991-2.94660.39031420.38322613X-RAY DIFFRACTION98
2.9466-2.99740.41191340.37152509X-RAY DIFFRACTION98
2.9974-3.05190.39471390.33812615X-RAY DIFFRACTION99
3.0519-3.11060.3341390.31632592X-RAY DIFFRACTION99
3.1106-3.17410.32641470.30942575X-RAY DIFFRACTION99
3.1741-3.24320.33271560.31772601X-RAY DIFFRACTION99
3.2432-3.31860.35921250.27782598X-RAY DIFFRACTION99
3.3186-3.40160.28671440.24522589X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.49360.29011360.22952640X-RAY DIFFRACTION100
3.4936-3.59640.2331360.21412605X-RAY DIFFRACTION100
3.5964-3.71250.24711440.20972652X-RAY DIFFRACTION100
3.7125-3.84520.22151550.19672567X-RAY DIFFRACTION100
3.8452-3.99910.20171270.19052652X-RAY DIFFRACTION100
3.9991-4.18110.22291440.17592633X-RAY DIFFRACTION100
4.1811-4.40150.16481470.15522585X-RAY DIFFRACTION100
4.4015-4.67730.16091650.1442598X-RAY DIFFRACTION100
4.6773-5.03840.17571420.14322650X-RAY DIFFRACTION100
5.0384-5.54530.20091130.15682667X-RAY DIFFRACTION100
5.5453-6.34750.20791170.18762655X-RAY DIFFRACTION100
6.3475-7.99630.21741350.2112662X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6880.86280.30882.7779-0.674.80190.3621-0.9789-0.01570.7452-0.3189-0.2173-0.10910.6617-0.04680.5293-0.08370.00750.9427-0.07460.5323-60.276624.265672.4728
28.64193.61555.50475.25434.22619.0242-0.0682-1.56220.2981.1752-0.24720.77310.3782-0.37370.35620.9325-0.18330.24721.3776-0.010.6547-75.512425.262481.4185
32.49581.27050.69365.2722-0.04944.84440.2876-0.70360.1910.4095-0.02660.45530.0756-0.6857-0.24430.3878-0.00880.130.7102-0.01410.5848-74.583221.536759.026
49.24557.59647.26117.76457.26726.88510.14220.197-0.63970.1463-0.219-0.18511.5056-0.9528-0.1721.1102-0.3299-0.06811.1284-0.18090.7601-39.743249.304489.0873
53.5497-0.2554-0.71064.97750.93035.64350.03580.0571-0.38250.0302-0.0038-0.35730.75740.4078-0.03950.50240.1443-0.08820.3918-0.02340.5013-60.832510.281232.2529
63.33320.5059-0.40795.4905-0.03874.8552-0.06080.7517-0.2682-1.46650.0699-0.22520.86640.1010.05911.06540.1632-0.01640.6737-0.17180.6433-60.54838.085311.8733
75.4614-1.5646-0.4014.87042.06892.08870.38610.85320.1459-1.3505-0.39350.0891-0.478-0.08160.13850.91550.22320.03920.74970.05170.726-63.222328.012114.7751
80.9004-0.70872.29694.8661-4.71948.77430.20370.39610.2989-0.4356-0.06020.5213-0.5854-0.2647-0.19050.58690.24470.02730.4827-0.03830.639-69.116732.64124.7209
93.51471.2709-0.98245.09211.40315.7470.2249-0.2153-0.35760.0965-0.1285-0.29390.43920.0771-0.03030.43240.127-0.08890.33780.06550.5287-67.039118.814136.2899
100.62921.30181.20545.70792.27911.7586-0.0978-0.41820.27950.1568-0.1915-0.4455-1.19170.27080.10461.2118-0.2287-0.03280.7218-0.22630.8883-69.287-24.35278.61
118.4419-1.8274-3.85596.46022.00138.079-0.04320.32840.2751-0.06860.17070.2156-0.1761-0.412-0.13540.3388-0.0052-0.06680.29030.0930.4172-2.74248.849711.2257
123.6398-0.68040.25852.74690.27965.0657-0.1972-0.92950.48710.46480.23740.015-0.8193-0.5639-0.04020.6220.22340.06110.6573-0.12890.7076-8.868716.776129.0809
138.71091.3245-3.25749.6372-1.41249.51510.0372-1.5741-0.68210.661-0.1291-0.3036-0.42910.15910.1060.54550.1875-0.05770.88630.03930.6114-0.85163.677337.6112
145.0871-0.1556-0.14465.74110.65632.44380.3497-1.3438-0.91940.84110.6008-1.12780.27011.2873-0.5140.58720.1065-0.15651.1437-0.15120.881911.62264.317529.1439
152.35760.8557-0.13833.1298-1.33055.7044-0.1581-0.158-0.21910.11990.0087-0.17680.33530.51020.15390.36030.08970.01580.362-0.0060.62576.49261.432315.6419
165.8963-2.1943-2.94912.53781.65335.7779-0.10290.46680.18220.14020.14490.2104-0.198-0.52670.11640.32810.1017-0.09350.35440.10260.513-5.87916.86958.9883
176.9862-6.6949-6.39068.31816.41695.8145-0.5368-0.3486-0.14720.0979-0.32880.10470.943-0.46831.01310.7360.2360.24241.458-0.08711.0484-32.927216.021435.5899
184.04723.66592.13917.0756-0.83823.29620.3198-0.25260.67330.1916-0.1377-0.2284-0.58121.0589-0.14430.48590.06660.09310.8097-0.1340.7963-48.460332.167342.2106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 213 through 400 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 401 through 478 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 479 through 606 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 607 through 670 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 214 through 283 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 284 through 435 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 436 through 496 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 497 through 535 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 536 through 606 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 607 through 670 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 214 through 241 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 242 through 410 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 411 through 454 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 455 through 496 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 497 through 567 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 568 through 606 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 607 through 640 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 641 through 670 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る