PDB-7peh: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7peh

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / apo

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7peh.cif.gz	397 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7peh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7peh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7peh_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7peh_full_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示
XML形式データ	7peh_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	7peh_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7peh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7peh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrjC 7o5nC 7o5tC 7o9nC 7peiC 7pepC 7pfnC 7pgoC 7pseC 7psfC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.8 kDa, 2 ポリマー

2

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.003, 106.976, 124.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 24 - 265 / Label seq-ID: 19 - 260

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	1	BBB	B
3	2	AAA	A
4	2	CCC	C
5	3	AAA	A
6	3	DDD	D
7	4	BBB	B
8	4	CCC	C
9	5	BBB	B
10	5	DDD	D
11	6	CCC	C
12	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH, mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.815342 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.815342 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→53.84 Å / Num. obs: 85231 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.92→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4431 / CC_1/2: 0.588

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 1.92→53.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 5.923 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	4389	5.155 %
R_work	0.2184	80758	-
all	0.22	-	-
obs	-	85147	99.862 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.748 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.292 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→53.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7932	0	35	455	8422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.635	11065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.288	1.585	17604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.325	5	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.889	22.836	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.8	15	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.962	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	7351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.559	2.39	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.559	2.389	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.375	3.578	4840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.375	3.578	4841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.119	2.649	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.119	2.649	4309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.312	3.875	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.312	3.875	6222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.26	27.397	9470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.214	27.32	9390
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.047	0.05	8619
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.062	0.05	8508
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.06	0.05	8509
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	8476
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.064	0.05	8460
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.054	0.05	8513

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04671	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04671	0.0501
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06237	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06237	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05981	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05981	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06509	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06509	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06359	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06359	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0541	0.0501
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0541	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.97	0.377	325	0.377	5859	X-RAY DIFFRACTION	99.7098
1.97-2.024	0.337	341	0.34	5759	X-RAY DIFFRACTION	99.6244
2.024-2.083	0.295	306	0.308	5578	X-RAY DIFFRACTION	99.6612
2.083-2.147	0.302	305	0.283	5423	X-RAY DIFFRACTION	99.8083
2.147-2.217	0.299	259	0.264	5275	X-RAY DIFFRACTION	99.8016
2.217-2.295	0.283	281	0.246	5124	X-RAY DIFFRACTION	99.8153
2.295-2.381	0.267	266	0.235	4964	X-RAY DIFFRACTION	99.8854
2.381-2.479	0.258	278	0.221	4700	X-RAY DIFFRACTION	99.9398
2.479-2.589	0.288	260	0.223	4589	X-RAY DIFFRACTION	99.9588
2.589-2.715	0.258	223	0.213	4389	X-RAY DIFFRACTION	99.9783
2.715-2.862	0.276	210	0.197	4199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.862-3.035	0.242	219	0.196	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.035-3.245	0.227	199	0.185	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.245-3.504	0.213	171	0.184	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.504-3.839	0.203	156	0.177	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.839-4.291	0.197	171	0.169	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
4.291-4.954	0.186	147	0.16	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.9636
4.954-6.065	0.207	129	0.172	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
6.065-8.567	0.207	94	0.195	1750	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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