PDB-7pab: Varicella zoster Orf24-Orf27 nuclear egress complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pab

タイトル

Varicella zoster Orf24-Orf27 nuclear egress complex

要素

Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / VZV / varicella zoster virus / Orf24 / Orf27 / Orf24-Orf27 / herpesvirus / nuclear egress / nuclear egress complex / NEC

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nuclear inner membrane / viral budding from nuclear membrane / membrane => GO:0016020 / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Schweininger, J. / Muller, Y.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of the varicella-zoster Orf24-Orf27 nuclear egress complex spotlights multiple determinants of herpesvirus subfamily specificity.
著者: Schweininger, J. / Kriegel, M. / Hage, S. / Conrad, M. / Alkhashrom, S. / Losing, J. / Weiler, S. / Tillmanns, J. / Egerer-Sieber, C. / Decker, A. / Lenac Rovis, T. / Eichler, J. / Sticht, H. ...

履歴

登録	2021年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pab.cif.gz	588.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pab.ent.gz	409.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pab_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pab_full_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示
XML形式データ	7pab_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	7pab_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pab	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zxsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h5c-d 4cnn-d 4gug-d 4guj-d 1l9w-1 3oex-1 4cnp-d 6ku0-2 3o1n-d 4j5l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

C: Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Orf24-Orf27 fusion protein behaves like a heterodimer of Orf24 and Orf27
50.1 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Orf24-Orf27 fusion protein behaves like a heterodimer of Orf24 and Orf27
50.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.010, 35.050, 158.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.694, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nuclear egress protein 2,Nuclear egress protein 1 分子量: 49932.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion protein of residues 16 to 189 of VZV Orf24 (Uniprot entry: Q6QCN1) and residues 77 to 333 of VZV Orf27 (Uniprot entry: Q6QCM8),Fusion protein of residues 16 to 189 of VZV Orf24 ...詳細: Fusion protein of residues 16 to 189 of VZV Orf24 (Uniprot entry: Q6QCN1) and residues 77 to 333 of VZV Orf27 (Uniprot entry: Q6QCM8),Fusion protein of residues 16 to 189 of VZV Orf24 (Uniprot entry: Q6QCN1) and residues 77 to 333 of VZV Orf27 (Uniprot entry: Q6QCM8) 由来: (組換発現) Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) 遺伝子: ORF24, NEC2, HHV3_E_SVETAgp26, HHV3gp26, HHV3M2gp26, ORF 27, NEC1, ORF27, HHV3_gp29, HHV3gp29, HHV3M2gp29 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QCN1, UniProt: Q6QCM8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, ammonium sulfate, PEG 3350, formamide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97627 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.96 Å / Num. obs: 49198 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 51.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 4890 / CC_1/2: 0.463 / R_pim(I) all: 1.05 / R_rim(I) all: 3.78 / % possible all: 99.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZXS

4zxs

解像度: 2.1→19.96 Å / SU ML: 0.3057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2543	3678	7.48 %
R_work	0.2152	45519	-
obs	0.2181	49197	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6495	0	12	168	6675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	6654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4891	9027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0399	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4265	2444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.4061	143	0.3983	1708	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.13-2.16	0.3629	122	0.3868	1788	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.16-2.19	0.3938	144	0.3597	1758	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.19-2.22	0.3637	141	0.3562	1699	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.22-2.25	0.3561	134	0.3497	1718	X-RAY DIFFRACTION	98.15
2.25-2.29	0.352	143	0.336	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.29-2.33	0.368	140	0.3153	1800	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.33-2.37	0.3235	140	0.2886	1703	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.37-2.42	0.2688	140	0.2911	1713	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.42-2.47	0.297	140	0.2899	1797	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.47-2.52	0.339	146	0.2834	1736	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.52-2.58	0.3543	140	0.2833	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.58-2.64	0.2707	144	0.2719	1767	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.64-2.72	0.2809	135	0.2721	1635	X-RAY DIFFRACTION	91.95
2.72-2.8	0.285	138	0.2571	1730	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.8-2.89	0.2905	146	0.249	1760	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.89-2.99	0.2942	136	0.2565	1746	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.99-3.11	0.274	147	0.2344	1742	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.11-3.25	0.2817	142	0.2469	1783	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.25-3.42	0.2631	143	0.2234	1749	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.42-3.63	0.269	139	0.2069	1756	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.63-3.91	0.216	144	0.1885	1748	X-RAY DIFFRACTION	97.83
3.91-4.3	0.1978	146	0.1636	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.3-4.92	0.2091	144	0.1509	1781	X-RAY DIFFRACTION	99.38
4.92-6.16	0.2339	146	0.1854	1790	X-RAY DIFFRACTION	99.18
6.16-19.96	0.2254	155	0.1824	1888	X-RAY DIFFRACTION	99.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.09658695044	0.894641035709	-2.90154751028	1.92815118694	2.66833073249	2.01597356266	0.528508082173	-2.91543407188	-1.94491494751	0.0786464544723	0.771406528444	0.256414508835	1.40940751875	-0.373904885079	-0.924068803902	1.27350442215	-0.0652277296083	-0.254354276584	1.8026900482	0.546614606264	0.95871708541	49.1547720855	14.525348813	131.152480122
2	4.79796001782	1.2446289409	4.28576111996	4.50818389269	1.21556317339	5.42214862084	0.250791927698	-1.54967197482	-0.11592784764	0.268836557161	0.127017933081	-0.343033422397	-0.0574849112646	-0.438348318147	-0.326727755568	0.617077789237	0.116290488743	0.064335040249	1.05953295899	-0.0460393181106	0.549689356353	42.7349056769	23.3607259404	118.273693314
3	1.30735371273	-0.229992779344	0.0708224196649	5.69729082948	-0.862627568098	3.49605599648	-0.599201741038	-0.448540145281	0.318879633951	1.45586396145	-0.320537327868	-0.22020288243	-1.11793846188	-1.55798402597	0.610585357345	1.10938236875	-0.00466989778035	-0.2404927002	3.39941627002	-0.780571315299	1.20610648381	54.8245619463	29.0535265004	141.984423035
4	3.38061445163	-0.320523918704	0.170287181062	0.700299712367	1.19436558121	7.73611996627	-0.0721351542396	-1.78895456522	0.376867469496	0.603581076706	-0.0759415494396	-0.223202818651	0.151665408248	-0.00216299564612	-0.057334345721	0.547924666376	-0.0416374541619	-0.00568148437309	0.975927146735	-0.181081777596	0.498635285901	50.674926286	23.4403157613	119.500921126
5	8.49611583857	1.03977412282	5.16606756552	6.19511444354	-0.224276825188	3.44853615873	-0.0591129611601	0.448642125481	-0.267746916527	-0.31610854897	-0.207990829837	-0.422633550382	-0.724233284149	0.693280398413	0.379191885665	0.939265308121	0.0288032227678	0.161784297087	0.948333942186	0.00386104029783	1.03690313255	41.1481011141	31.9626224478	89.8665779189
6	8.85443888277	-0.470264921684	-1.51619472215	5.77295565261	-4.34515649975	4.02375401486	0.290705001003	-0.0841938429555	-0.549931687808	-0.450440476115	-0.000357691623098	-0.107049947601	0.0737437945113	0.210620557599	-0.388422367115	0.582812627455	-0.0762686883124	0.0542815178402	0.625328154791	-0.125396741977	0.561847207815	45.2378201689	17.6620273138	76.7666386503
7	5.47556278389	0.265819855811	1.08008736269	3.73236896178	2.34657269102	8.10688002663	-0.0316102601876	0.047351789182	0.24429513541	-0.0764378633519	-0.106586092019	0.212161947651	-0.107038464939	-0.0549870253066	0.150306124176	0.372551352132	0.00125284407619	0.0791412115324	0.272888558833	0.0205766378807	0.447647890332	47.1405747341	18.3081916882	92.3992759525
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 130 through 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 150 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 174 through 189 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 83 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 151 through 173 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 174 through 208 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 209 through 274 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 275 through 333 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 9 through 26 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 27 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 44 through 140 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 141 through 189 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 81 through 102 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 103 through 159 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 160 through 232 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 233 through 263 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 264 through 298 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 299 through 333 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 16 through 26 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 27 through 76 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 77 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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