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万見
- PDB-7p9e: Chlamydomonas reinhardtii NADPH Dependent Thioredoxin Reductase 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p9e
タイトルChlamydomonas reinhardtii NADPH Dependent Thioredoxin Reductase 1 domain CS mutant
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / FAD binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of starch biosynthetic process / regulation of chlorophyll biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / positive regulation of catalytic activity / enzyme activator activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / chloroplast / hydrogen peroxide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / Thioredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Fuesser, F. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HI 739/14.2 ドイツ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural analysis revealed a novel conformation of the NTRC reductase domain from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Marchetti, G.M. / Fusser, F. / Singh, R.K. / Brummel, M. / Koch, O. / Kummel, D. / Hippler, M.
履歴
登録2021年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7896
ポリマ－104,8942
非ポリマー1,8964
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.149, 80.299, 95.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.014, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

P4G

21B-502-

P4G

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 101 or resid 103...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 101 or resid 103...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METLEUA1 - 101
d_12ens_1ALASERA103 - 127
d_13ens_1GLYALAA129 - 168
d_14ens_1HISMETA170 - 180
d_15ens_1ALALEUA182 - 213
d_16ens_1GLYGLNA215 - 315
d_17ens_1FADFADB
d_21ens_1METLEUC1 - 101
d_22ens_1ALASERC103 - 127
d_23ens_1GLYALAC129 - 168
d_24ens_1HISMETC170 - 180
d_25ens_1ALALEUC182 - 213
d_26ens_1GLYGLNC215 - 315
d_27ens_1FADFADD

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 52446.910 Da / 分子数: 2 / 変異: C136S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLRE_01g054150v5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K3E888, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 500*MME, 10% PEG 20000, 0.1M Sodium HEPES/ MOPS (acid), 0.1M Carboxylic acids

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976244 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→49.65 Å / Num. obs: 26332 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 44.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.36→2.444 Å / Num. unique obs: 2608 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P9D

7p9d


解像度: 2.36→49.65 Å / SU ML: 0.3926 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.6808
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1316 5 %
Rwork0.1782 24992 -
obs0.1816 26308 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4789 0 128 88 5005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98156802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8628711
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.441317730128 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.450.41081420.32682702X-RAY DIFFRACTION97.06
2.45-2.560.34641450.25812743X-RAY DIFFRACTION99.76
2.56-2.70.28951470.23742783X-RAY DIFFRACTION99.56
2.7-2.870.30491450.24242756X-RAY DIFFRACTION99.86
2.87-3.090.32091470.23972789X-RAY DIFFRACTION99.83
3.09-3.40.2821470.19992794X-RAY DIFFRACTION99.83
3.4-3.890.25711470.16732795X-RAY DIFFRACTION99.9
3.89-4.90.1771470.12852790X-RAY DIFFRACTION99.8
4.9-49.650.17681490.13222840X-RAY DIFFRACTION99.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.083905846980.471425957776-0.9475950362652.01565492072-0.08562733688892.735862038320.08258639726310.0803936062191-0.0130215904733-0.096961292834-0.0445349352318-0.0676889076454-0.001500036480070.0501255370247-0.03708632535530.452334921851-0.00741297641958-0.02041845877270.375021538402-0.007060293560980.3263820252496.88236180249-11.80392297448.45250141647
20.3067724228290.1766974008380.01289210060523.96453059326-1.276386955331.186653079150.0140708617021-0.0453191959063-0.0705962211028-0.1774605567890.0286715530669-0.02374607468610.06499963817890.0418124212493-0.04730018753610.550053863590.01182860651540.0156876663180.425409240436-0.002905869073270.37492646671110.9611606181-41.152777537817.9089171193
31.987314627950.488219411347-0.2271793220831.54356408618-0.7035193488294.05929762486-0.08062644358930.1555521315260.0221226234496-0.08783074050470.0910599948904-0.1802149863770.02866376785290.4627828103850.006706872509840.330433182758-0.04383809876060.002845098388740.427290907589-0.01382844854550.34199936577419.2960110594-10.930812476412.9681227815
42.34404580822-0.9925750363211.981443721222.84557204751-1.404028701285.055640579460.00179578190827-0.06764874226260.05445735136230.0892842547143-0.0654275602292-0.1052653820540.1545663175110.1259332532430.05260863020790.420051001369-0.005685925819280.01359903363940.334139424256-0.02896121523740.2946947276056.89676825724-16.646612616639.3568121523
50.39887259972-0.1122036902460.2932238379323.69710467297-1.958674831772.132929683280.00141049998298-0.02298811740560.1167849358640.1971604447380.02599817147060.0187072938103-0.2040111043620.0810773890327-0.03450619480350.477165754862-0.0196294019845-0.01137346776540.379621829177-0.006705044542390.36908143053510.892618322213.048664903829.6805827631
61.35133881829-1.204290431470.2087528714174.41246212137-0.8136264346542.15207839511-0.0580075187675-0.01500975712390.04871516273010.1750043717020.0521563575572-0.106395637812-0.01507081443840.2927587473050.007977930186530.3218118752410.01487655979-0.009788325911020.458788997901-0.02120580944820.29615880275517.557850378-13.542858829934.4558321429
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 103 )AA1 - 1031 - 103
22chain 'A' and (resid 104 through 242 )AA104 - 242104 - 242
33chain 'A' and (resid 243 through 315 )AA243 - 315243 - 315
44chain 'B' and (resid 1 through 103 )BC1 - 1031 - 103
55chain 'B' and (resid 104 through 229 )BC104 - 229104 - 229
66chain 'B' and (resid 230 through 316 )BC230 - 316230 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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