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万見
- PDB-5m5j: Thioredoxin reductase from Giardia duodenalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m5j
タイトルThioredoxin reductase from Giardia duodenalis
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductase / flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A. / Lalle, M.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of Giardia duodenalis thioredoxin reductase (gTrxR) and computational analysis of its interaction with NBDHEX.
著者: Brogi, S. / Fiorillo, A. / Chemi, G. / Butini, S. / Lalle, M. / Ilari, A. / Gemma, S. / Campiani, G.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9685
ポリマ－70,3742
非ポリマー1,5943
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.643, 85.643, 163.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111CYSCYSALAALA6AA123 - 240134 - 251
211CYSCYSALAALA6BB123 - 240134 - 251
112GLYGLYLEULEU5AA10 - 11021 - 121
212GLYGLYLEULEU5BB10 - 11021 - 121
122ARGARGLEULEU5AA230 - 310241 - 321
222ARGARGLEULEU5BB230 - 310241 - 321

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.567559, -0.293163, -0.769371), (0.338032, -0.935041, 0.106927), (-0.750741, -0.199384, 0.629789)-63.20219, 21.94482, -24.95962

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 35186.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (真核生物) / 遺伝子: GL50803_9827 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E2RU27, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BIS-TRIS hydrochloride 0.1 M pH 6.5, PEG 5000 MME 20% w/V

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.6 Å / Num. obs: 18404 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 6 / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.262 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.767 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3d8x

3d8x


解像度: 2.65→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 13.432 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.367 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26001 956 5.2 %RANDOM
Rwork0.20177 ---
obs0.20483 17391 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---3.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 107 39 4742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.9746525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.888310322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4675623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10224.521188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46815773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.641523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.714.5712486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7084.5712485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9226.8523105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9216.8523106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5164.5722315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5164.5722316
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6216.793419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.73335.0935195
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.73335.0935195
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
221064medium positional10.5
111578loose positional0.695
221568loose positional1.335
221064medium thermal7.882
111578loose thermal19.8310
221568loose thermal8.7510
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 66 -
Rwork0.286 1248 -
obs--98.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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