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- PDB-7p8e: Crystal structure of the Receiver domain of M. truncatula cytokin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8e
タイトルCrystal structure of the Receiver domain of M. truncatula cytokinin receptor MtCRE1
要素Receiver domain of histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / flavodoxin-like fold / cytokinin / phosphorelay
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CHASE domain superfamily / CHASE domain / CHASE domain profile. / CHASE / CHASE domain / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...CHASE domain superfamily / CHASE domain / CHASE domain profile. / CHASE / CHASE domain / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tran, L.H. / Urbanowicz, A. / Jasinski, M. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA 2018/31/D/NZ1/03630 ポーランド
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2021
タイトル: 3D Domain Swapping Dimerization of the Receiver Domain of Cytokinin Receptor CRE1 From Arabidopsis thaliana and Medicago truncatula .
著者: Tran, L.H. / Urbanowicz, A. / Jasinski, M. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receiver domain of histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3672
ポリマ－71,3261
非ポリマー401
水543
1
A: Receiver domain of histidine kinase
ヘテロ分子

A: Receiver domain of histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7334
ポリマ－142,6532
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.189, 60.189, 80.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Receiver domain of histidine kinase


分子量: 71326.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sample was partially digested with thermolysin so only the receiver domain remained.
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11411168, MTR_8g106150, MtrunA17_Chr8g0392301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7LCC3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris (base), BICINE pH 8.5 0.03 MgCl2, 0.03 CaCl2 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9755 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→52.2 Å / Num. obs: 3859 / % possible obs: 62.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 67.43 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.9 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 296 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.129 / % possible all: 13.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3546精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EUK

4euk


解像度: 2.5→52.125 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 191 4.95 %
Rwork0.1734 --
obs0.176 3859 62.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数992 0 1 3 996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1251355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.441613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008177
LS精密化 シェル解像度: 2.5→52.125 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 191 -
Rwork0.1734 3668 -
obs--63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6997-2.7205-3.04663.47641.22155.22220.3396-0.16150.2031-0.4284-0.3423-0.6722-0.69050.7071-0.06870.5349-0.10730.01180.34050.17980.416112.6736-1.4813-2.4465
27.6365.24170.68528.4639-3.20836.8826-0.56591.0606-1.5052-0.65950.23650.05431.6488-0.40730.33090.7546-0.14030.06290.4555-0.08260.8029-12.4215-2.23653.174
30.5502-0.4722-0.21930.6330.03210.1946-0.2517-0.110.02810.2506-0.0869-0.4621-0.25420.14180.08031.09360.1643-0.36890.42890.08991.1548.9845-24.097-2.5865
46.0843-0.2764-0.69565.16841.40247.07380.2066-0.9821-0.32550.761-0.3954-0.15720.63420.43220.21470.4314-0.1767-0.15840.56610.27160.451913.122-13.0486.8084
54.9847-2.5457-0.96964.88110.77733.10490.1854-0.50050.1146-0.0804-0.313-0.9517-0.31841.1925-0.21840.3668-0.1863-0.1210.64050.27970.705820.9538-7.5814-0.1228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 920 through 971 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 972 through 994 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 856 through 861 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 862 through 892 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 893 through 919 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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