PDB-7p6h: Crystal structure of the endoglucanase RBcel1 E135Q in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p6h

タイトル

Crystal structure of the endoglucanase RBcel1 E135Q in complex with cellotriose

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / Transglycosylase / GH5_5 family / complex

機能・相同性

glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase activity / Glycoside hydrolase superfamily / alpha-cellotriose / Endoglucanase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Collet, L. / Dutoit, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Highlighting the factors governing transglycosylation in the GH5_5 endo-1,4-beta-glucanase RBcel1.
著者: Collet, L. / Vander Wauven, C. / Oudjama, Y. / Galleni, M. / Dutoit, R.

履歴

登録	2021年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p6h.cif.gz	302.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p6h.ent.gz	246.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7p6h_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p6h_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7p6h_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	7p6h_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7p6gC 7p6iC 7p6jC 4ee9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7p6h-2 4g3h-2 7a0t-1 2xzj-2 3avf-d 3avn-d 1vcu-1 3gja-2 3avl-d 5d8m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, RBcel1 E135Q variant is monomeric based on sized exclusion chromatography using a Superdex75 column.
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.740, 99.790, 149.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Endoglucanase

分子量: 36381.066 Da / 分子数: 2 / 変異: E135Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1JI15, cellulase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Reservoir: 0.1M Tris, 17.5% PEG600, pH7.4. Protein: 14 mg/ml in 20 mM sodium phosphate buffer, pH6.5. Drop: 2 ul reservoir + 2 ul protein + 0.4 ul 2 mM cellotriose + 0.2 ul microseeds.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.73→41.46 Å / Num. obs: 71941 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.12 % / B_iso Wilson estimate: 25.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.063 / Net I/σ(I): 14.59 / Num. measured all: 512215 / Scaling rejects: 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.73-1.77	6.421	1.485	1.41	31733	5313	4942	0.663	1.611	93
1.77-1.82	7.297	1.194	2.13	37587	5156	5151	0.793	1.284	99.9
1.82-1.87	7.284	0.879	3.04	36327	4989	4987	0.866	0.946	100
1.87-1.93	7.261	0.647	4.2	35506	4890	4890	0.91	0.697	100
1.93-2	7.276	0.499	5.38	34697	4769	4769	0.941	0.537	100
2-2.07	7.292	0.349	7.48	33076	4540	4536	0.968	0.375	99.9
2.07-2.14	7.266	0.252	9.59	31969	4406	4400	0.979	0.272	99.9
2.14-2.23	7.261	0.197	11.33	30912	4267	4257	0.987	0.212	99.8
2.23-2.33	7.246	0.149	13.91	29803	4120	4113	0.991	0.16	99.8
2.33-2.44	7.24	0.118	16.38	28214	3903	3897	0.993	0.128	99.8
2.44-2.58	7.239	0.102	17.84	26986	3742	3728	0.995	0.11	99.6
2.58-2.73	7.208	0.083	21.06	25400	3536	3524	0.996	0.089	99.7
2.73-2.92	7.12	0.07	23.88	23697	3335	3328	0.996	0.076	99.8
2.92-3.16	7.031	0.057	27.39	21959	3131	3123	0.997	0.062	99.7
3.16-3.46	6.951	0.05	30.99	20068	2893	2887	0.998	0.055	99.8
3.46-3.86	6.716	0.046	32.8	17503	2618	2606	0.998	0.05	99.5
3.86-4.46	7.044	0.039	35.62	16399	2330	2328	0.998	0.043	99.9
4.46-5.46	7.019	0.037	36.7	13996	1998	1994	0.999	0.04	99.8
5.46-7.73	6.877	0.037	35.82	10872	1584	1581	0.998	0.04	99.8
7.73-41.46	6.123	0.03	35.19	5511	930	900	0.998	0.034	96.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.78 Å	47.31 Å
Translation	3.78 Å	47.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20190315	データ削減
XSCALE	20190315	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EE9

4ee9

解像度: 1.73→41.46 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	3595	5 %
R_work	0.1666	68314	-
obs	0.168	71909	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.14 Å² / B_iso mean: 30.5354 Å² / B_iso min: 11.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.73→41.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5108	0	122	607	5837
B_iso mean	-	-	32.73	39.34	-
残基数	-	-	-	-	638

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.3757	121	0.3701	2300	2421	87
1.75-1.77	0.3718	135	0.3179	2574	2709	100
1.77-1.8	0.3146	137	0.2754	2595	2732	100
1.8-1.83	0.2606	140	0.2402	2651	2791	100
1.83-1.86	0.2651	134	0.2269	2573	2707	100
1.86-1.89	0.2396	138	0.2127	2617	2755	100
1.89-1.92	0.2384	138	0.2116	2616	2754	100
1.92-1.95	0.2645	136	0.2125	2592	2728	100
1.95-1.99	0.2859	141	0.2061	2663	2804	100
1.99-2.03	0.2011	135	0.182	2584	2719	100
2.03-2.08	0.2273	140	0.1684	2651	2791	100
2.08-2.12	0.1653	136	0.1669	2575	2711	100
2.12-2.18	0.1949	139	0.1657	2650	2789	100
2.18-2.24	0.201	137	0.1646	2598	2735	100
2.24-2.3	0.1723	139	0.1639	2651	2790	100
2.3-2.38	0.2008	138	0.1579	2619	2757	100
2.38-2.46	0.202	138	0.1638	2620	2758	100
2.46-2.56	0.2088	140	0.1669	2663	2803	100
2.56-2.68	0.2235	138	0.1653	2620	2758	100
2.68-2.82	0.2213	139	0.17	2643	2782	100
2.82-2.99	0.1792	139	0.1687	2646	2785	100
2.99-3.22	0.1994	141	0.1658	2671	2812	100
3.22-3.55	0.1622	141	0.1487	2681	2822	100
3.55-4.06	0.1632	141	0.1425	2683	2824	100
4.06-5.12	0.1535	145	0.1278	2741	2886	100
5.12-41.46	0.1752	149	0.1669	2837	2986	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8193	-0.0008	-0.0181	0.7224	-1.1612	1.5757	0.0276	-0.2391	-0.1681	0.1455	-0.0218	-0.2999	-0.0058	0.928	-0.1041	0.1036	-0.0081	-0.0123	0.3834	0.0482	0.2342	11.5679	5.2354	33.9614
2	2.0078	0.0974	0.0602	1.2729	-0.8837	2.6261	0.0599	-0.0907	0.052	0.0785	-0.0658	-0.0526	-0.5573	0.5584	-0.0378	0.1692	-0.0741	-0.0041	0.2151	0.0052	0.1451	6.1709	14.9032	30.645
3	1.428	0.3306	0.3468	1.9295	-0.4091	3.3811	0.0782	-0.0871	0.1472	0.0898	-0.0071	-0.0284	-0.6005	0.3141	-0.0282	0.2002	-0.0463	0.0329	0.1256	-0.0025	0.1537	2.0015	16.3862	26.0486
4	2.2846	0.6654	-0.1682	2.1011	-0.0147	3.3511	0.0237	0.1559	0.1281	-0.0764	0.0607	0.0477	-0.3134	-0.0661	-0.1204	0.1214	-0.0021	0.0022	0.1472	0.0253	0.1455	-3.3849	8.9112	20.2929
5	2.3098	0.6504	0.4795	2.8321	0.1115	1.3592	-0.0319	0.2722	0.1977	-0.3032	0.1643	0.3406	-0.2883	-0.5884	-0.1263	0.166	0.0455	-0.0123	0.2492	0.05	0.1988	-9.7176	9.5239	16.4302
6	1.073	-0.1604	0.0335	2.1318	-0.1803	0.0673	-0.0819	-0.1661	-0.2818	0.4404	0.1798	0.46	1.0136	-0.7749	-0.0742	0.5415	-0.1713	0.0221	0.3453	0.0681	0.3155	-11.3556	-11.0073	35.7798
7	1.6131	-0.11	-0.2522	1.6909	-0.0675	1.7374	0.002	-0.0054	-0.3711	0.0661	0.0379	0.068	0.8497	-0.0892	-0.0777	0.3048	-0.0268	-0.0143	0.1248	0.0115	0.216	-6.5599	-7.2532	22.3291
8	1.8228	0.3793	0.4276	1.9083	0.3954	0.6433	0.0163	-0.4319	-0.3169	0.3165	-0.152	-0.282	0.5303	0.5346	-0.0948	0.2369	0.0839	-0.0214	0.314	0.1274	0.2906	6.4627	-4.8169	35.6877
9	1.8771	-0.3106	-0.2079	3.2884	-1.3422	0.6497	-0.1354	0.4715	-0.5306	-0.5442	0.0337	-0.3168	1.0598	0.3954	-0.1533	0.5032	0.2272	0.0652	0.2589	-0.0182	0.3893	4.2971	-8.6309	17.6894
10	3.1038	1.2039	-0.1305	3.2575	-0.1464	3.1344	0.0204	0.3064	0.1497	-0.1609	0.061	0.333	-0.2626	-0.3228	-0.0716	0.2188	0.0553	0.0254	0.2216	0.0105	0.1964	-10.7379	8.8707	57.2765
11	1.5724	0.0888	-0.1926	1.7397	-0.5776	2.6285	-0.0588	0.1563	-0.1989	-0.0621	-0.0151	0.0289	0.1965	-0.1214	0.0507	0.1507	-0.0112	0.0423	0.132	-0.0533	0.1934	-5.4725	-4.9877	61.5729
12	2.4479	0.1349	-0.0677	1.6758	-0.9251	2.6143	-0.0609	-0.5195	-0.087	0.4827	0.042	0.1047	-0.3731	0.0651	-0.0089	0.3347	0.0009	-0.004	0.3181	0.0217	0.21	-0.4905	3.7612	78.7574
13	2.0724	-0.0117	0.196	2.2404	-1.08	3.0956	-0.0395	-0.0862	0.2899	0.4012	-0.0816	-0.1956	-0.7653	0.238	0.0056	0.3471	-0.0502	-0.0044	0.166	-0.0433	0.1819	1.3069	13.9168	71.2432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 64 )	A	41 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 158 )	A	65 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 159 through 176 )	A	159 - 176
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 177 through 199 )	A	177 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 219 )	A	200 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 220 through 269 )	A	220 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 270 through 297 )	A	270 - 297
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 298 through 320 )	A	298 - 320
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 40 )	B	1 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 41 through 176 )	B	41 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 177 through 219 )	B	177 - 219
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 220 through 318 )	B	220 - 318

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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