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- PDB-2xzj: THE ASPERGILLUS FUMIGATUS SIALIDASE IS A KDNASE: STRUCTURAL AND M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xzj
タイトルTHE ASPERGILLUS FUMIGATUS SIALIDASE IS A KDNASE: STRUCTURAL AND MECHANISTIC INSIGHTS
要素EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KFN / Exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Telford, J.C. / Yeung, J.H.F. / Kiefel, M.J. / Watts, A.G. / Hader, S. / Chan, J. / Bennet, A.J. / Moore, M.M. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Aspergillus Fumigatus Sialidase is a Kdnase: Structural and Mechanistic Insights.
著者: Telford, J.C. / Yeung, J.H. / Xu, G. / Kiefel, M.J. / Watts, A.G. / Hader, S. / Chan, J. / Bennet, A.J. / Moore, M.M. / Taylor, G.L.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
B: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9668
ポリマ－84,2352
非ポリマー7316
水20,6451146
1
A: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4834
ポリマ－42,1181
非ポリマー3653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4834
ポリマ－42,1181
非ポリマー3653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.800, 58.070, 94.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE / KDNASE


分子量: 42117.703 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 株: AF293 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4WQS0, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-KFN / 2,6-anhydro-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / (4S,5R,6R)-4,5-DIHYDROXY-6-[(1R,2R)-1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL]-5,6-DIHYDRO-4H-PYRAN-2-CARBOXYLIC ACID / 2-デオキシ-KDN


タイプ: D-saccharide / 分子量: 250.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H14O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CRYSTALLIZED PROTEIN LACKS FIRST 20 AMINO ACIDS (SIGNAL SEQUENCE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→12.4 Å / Num. obs: 70073 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCY

2xcy


解像度: 1.84→12.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 3.244 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26214 3469 5 %RANDOM
Rwork0.20053 ---
obs0.20361 65781 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20.08 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→12.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5926 0 48 1146 7120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9488318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5055772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.8622.867286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96715942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0331560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.53808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91926095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60732319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3314.52221
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.841→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 231 -
Rwork0.238 4346 -
obs--90.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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