PDB-7p5d: Variant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) mutant (s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p5d

タイトル

Variant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) mutant (serine 317 and 319 to alanine)

要素

Variant surface glycoprotein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Coat / Trypanosoma brucei / O-glycosylation / O-glycans / Immune Evasion / African trypanosome / antigenic variation / post-translational modification / VSG / parasite / sleeping sickness

機能・相同性

Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / plasma membrane / Variant surface glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome.
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C. ...

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2023年4月5日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site_anisotrop.id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._atom_site_anisotrop.id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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-
関連構造データ

関連構造データ	7p56C 7p57C 7p59C 7p5aC 7p5bC 6elcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.183, 129.183, 129.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3
Space group name Hall	I2b2c3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z+1/2,x #5: z,-x,-y+1/2 #6: -y+1/2,z,-x #7: -z,-x+1/2,y #8: -z+1/2,x,-y #9: y,-z,-x+1/2 #10: x,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z #12: -x,-y+1/2,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1 #18: -y+1,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1,y+1/2 #20: -z+1,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #23: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-803- HOH
2	1	A-828- HOH
3	1	A-840- HOH
4	1	A-845- HOH
5	1	A-846- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein

分子量: 53902.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Both Serine317 and Serine319 from the wild type VSG3 sequence have been mutated to alanine.
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb427.BES153.14, Tb427.BES65.13 / 細胞株 (発現宿主): VSG3SSAA
発現宿主:

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: B3GVK1

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 300mM NaCl, 100mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→40.85 Å / Num. obs: 66947 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1164 / R_pim(I) all: 0.02664 / R_rim(I) all: 0.1195 / Net I/σ(I): 20.08
反射シェル	解像度: 1.42→1.474 Å / 冗長度: 19.1 % / R_merge(I) obs: 2.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 6654 / CC_1/2: 0.455 / CC star: 0.791 / R_pim(I) all: 0.6492 / R_rim(I) all: 2.843 / % possible all: 99.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ELC

6elc

解像度: 1.42→40.85 Å / SU ML: 0.1597 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	3346	5 %
R_work	0.1742	63575	-
obs	0.1751	66947	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→40.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2597	0	72	246	2915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	2736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9667	3726
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0677	458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9161	433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.44	0.337	137	0.3112	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.44-1.46	0.3068	140	0.2869	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.3045	138	0.2735	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.49-1.51	0.2708	139	0.2518	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.51-1.54	0.2631	138	0.257	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.2581	138	0.2321	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2428	139	0.2103	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.243	139	0.1944	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2319	139	0.1937	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.2274	136	0.1839	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.75	0.1933	140	0.1755	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.1942	139	0.1711	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.2121	140	0.179	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1985	137	0.1837	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2184	139	0.1749	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.05	0.1694	140	0.1572	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.15	0.1834	140	0.1572	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.26	0.1798	140	0.1589	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.4	0.1803	139	0.16	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.4-2.58	0.2027	141	0.1609	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.84	0.1985	139	0.1637	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.26	0.175	142	0.1712	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-4.1	0.1684	141	0.1615	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-45.67	0.176	146	0.1741	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3800160867	1.55723407788	1.45178444429	1.76804011023	1.70339013358	1.79107025983	0.014010016499	-0.00746640277287	-0.126210499673	-0.0379282268425	0.0648693235712	-0.161327346305	-0.0559337716144	-0.0130405808322	-0.098727719145	0.181649901604	0.0159375366802	0.00420476676205	0.16614304721	0.00255873329205	0.196572503698	18.4679892518	23.3089112725	5.59559070569
2	2.56975434354	-1.01327753544	-1.23148503511	3.9809670131	-0.00575972863123	1.86648056715	-0.00383567156723	0.147041090147	0.128407878328	-0.410398496945	0.141867916606	0.110274534126	0.0281075161659	-0.176853332157	-0.139456675384	0.214206939547	-0.0265129583305	-0.022916533685	0.226456914344	0.0282306491145	0.131339041668	-4.36369017563	8.36585708779	-23.2997824849
3	3.91843999786	3.02220261895	3.54025403108	3.89479253037	4.35726933053	6.31852199111	-0.258480173194	-0.0459265950648	0.311539233624	-0.3706108115	-0.10365962028	0.368186329345	-0.16712213257	-0.137282416611	0.299455104144	0.193804080435	0.0145094016888	-0.0249483804087	0.150822975425	0.0279582788862	0.164229712571	-4.22870137068	4.57055930758	-11.7979418481
4	1.01112723273	1.10927043322	0.726696376238	2.53990289671	1.44177490381	2.1016232878	0.026063723673	0.0438937030574	0.0121316855689	-0.0965175482957	-0.0165402202101	0.0279213244809	-0.070608609502	-0.0465132677556	0.0207967201284	0.137340856613	0.0183643772252	0.0103873927964	0.133313218155	0.0157047427554	0.152045758972	23.6200326646	42.968790378	10.6043402014
5	0.477107367545	0.220032131913	0.09478427817	0.810072972532	-0.0839224745586	0.641933969126	0.0468875366472	0.0103468947879	0.0290671953744	0.103973395651	-0.0125285208088	-0.0111176178496	0.0140561578804	-0.038004463562	-0.0402662857795	0.199560986084	0.0100574135737	0.00295375383146	0.167904468585	0.00820700086141	0.177303024411	24.6237752598	39.8800225068	20.6420582579
6	1.4426471012	3.73293076151	2.17817406477	9.69392395196	5.79807167063	3.72599330486	0.0869344623949	-0.0327757028524	-0.0530752320351	0.0851102446766	-0.0739631180952	-0.106417830494	0.114822139371	-0.0690748095435	-0.0297174956675	0.196122546069	0.00694312494243	-0.0117643011605	0.176090453572	-0.00155048345904	0.193962554169	6.24954994042	9.47900348736	-1.83778583355

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 20 through 69 )	20 - 69	1 - 53
2	2	chain 'A' and (resid 70 through 135 )	70 - 135	54 - 111
3	3	chain 'A' and (resid 136 through 166 )	136 - 166	112 - 143
4	4	chain 'A' and (resid 167 through 242 )	167 - 242	144 - 220
5	5	chain 'A' and (resid 243 through 340 )	243 - 340	221 - 318
6	6	chain 'A' and (resid 341 through 389 )	341 - 389	319 - 367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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